Charakteryzują się dużą niejednorodnością, wynikającą ze zróżnicowania warunków panujących w zbiornikach wodnych.
Organizmy występujące w zbiornikach wodnych można podzielić na kilka grup ekologicznych:
– plankton – organizmy drobne, biernie unoszone przez wodę, dzieli się je na fitoplankton i zooplankton;
– nekton – zwierzęta aktywnie pływające w wodzie;
– bentos – organizmy denne autotroficzne i heterotroficzne;
– neuston – drobne organizmy żyjące na granicy wody i atmosfery;
– pleuston – organizmy pływające po powierzchni wody, głównie rośliny;
– psamon – organizmy związane z wilgotnym piaskiem przybrzeżnym.
W morzach wyróżnia się trzy strefy biotyczne: litoral, pelagial, abysal.
Litoral, czyli strefa przybrzeżna, sięga do głębokości ok. 200 m i obejmuje szelf kontynentalny. Charakteryzuje ją duża ilość światła. Jest to strefa o największej różnorodności gatunkowej, zwłaszcza w rafach koralowych w strefie równikowej, o bardzo dużej produktywności,
W litoralu rozróżnia się eulitoral i sublitoral. Eulitoral jest strefą górną, dobrze oświetloną, w której warunki ekologiczne ulegają znacznym zmianom, m.in. na skutek falowania. Stąd w obrębie eulitoralu wyodrębnia się strefę pływów. W zależności od rodzaju dna występują tu kraby, omułki, ostrygi, pąkle, ślimaki, zielenice, brunatnice, krasnorosty – często o znacznych rozmiarach – oraz trawa morska. Sublitoral charakteryzuje się mniejszym dopływem światła, ale bardziej stałymi warunkami. Strefę litoralną można też dzielić na strefę pływów oraz strefę nerytyczną, gdzie występuje wiele gatunków ryb, koralowce, gąbki, szkarłupnie, małże, ślimaki, wiele z tych organizmów należy do bentosu.
Pelagial to strefa otwartej toni wodnej. Dzieli się na epipelagial (strefa fotyczna) oraz batypelagial (strefa afotyczna), gdzie światło dociera w bardzo małej ilości. Dlatego też w strefie afotycznej brak jest fotoautotrofów. Strefa ta sięga do głębokości 1000-1700 m.
Fotoautotrofy reprezentowane są przez plankton roślinny. Faunę, uboższą niż w litoralu, stanowi zooplankton, pleuston oraz nekton. Wśród organizmów aktywnie pływających wyróżniają się walenie, mątwy, kryl, ryby, (np. śledzie, makrele, tuńczyki).
Abysal jest strefą głębinową. Ze względu na brak światła nie występują w niej rośliny. Stąd abysal jest zależny od innych stref. Cechują go najbardziej jednorodne warunki środowiska abiotycznego. Liczba gatunków jest mniejsza niż w innych strefach, reprezentowana m.in. przez mięczaki, szkarłupnie, ryby, często ze zdolnością do bioluminescencji, zredukowanymi oczami, gigantyzmem różnych narządów. Wokół gorących źródeł występują bakterie chemosyntetyzujące.
Poza wymienionymi strefami wyróżnia się takżę bental, czyli obszar dna zbiornika wodnego, występujący w każdej ze stref. Jest zamieszkiwany przez bentos o specyficznym składzie gatunkowym, zmieniającym się wraz z głębokością.
W morzach i oceanach wyróżnia się bentos batialny, obejmujący stok i szelf kontynentalny oraz abysalny (w jeziorach litoralny i profundalny).
Do wód słodkich należą jeziora, stawy oraz wody bieżące.
W jeziorach abysal występuje rzadko (np. jezioro Bajkał). Pelagial często ograniczony jest tylko do epipelagialu. Batypelagial, zwany tutaj profundalem, występuje tylko w głębokich jeziorach, powyżej 400 m głębokości. Wiele jezior posiada tylko litoral, który jest bardzo zróżnicowany i obejmuje roślinność o różnym stopniu zanurzenia w wodzie.
W litoralu jeziora wyróżnia się:
– pas roślinności błotnej (np. skrzyp bagienny),
– pas szuwarów (np. trzcina pospolita),
– pas roślin o pływających liściach (np. grzybień biały, rzęsa wodna),
– pas roślin całkowicie zanurzonych w wodzie (np. moczarka kanadyjska, ramienice).
W litoralu występuje też wiele bezkręgowców, reprezentowanych przez pijawki, ślimaki, małże, owady i ich larwy, skorupiaki. Ponadto liczne są ryby (np. szczupak, okoń, karaś, lin), żaby i ptactwo wodne.
W strefie pelagicznej jeziora przeważa zooplankton i fitoplankton oraz ryby (np. sieja, sielawa, sandacz). Pojawia się też ptactwo wodne w poszukiwaniu pożywienia.
W profundalu brak jest fotoautotrofów, stąd występują tylko liczne saprofityczne bakterie, rureczniki oraz ryby denne.
Wody bieżące różnią się od jezior występowaniem prądu, który warunkuje strefowość rzek. Wpływa także na inne czynniki abiotyczne i biotyczne, np. zawartość O2.
Wyróżnia się bieg górny, środkowy i dolny rzeki.
W biegu górnym o wartkim prądzie i dobrym natlenieniu brak jest planktonu. W czystej wodzie występuje m.in. wypławek i pstrąg.
W biegu środkowym spotkać można m.in. larwy ważek, chruścików, a spośród ryb brzanę i okonia.
Bieg dolny rzeki jest wolny, wody są żyzne, o małej zawartości tlenu. Występuje tutaj leszcz, lin, płoć.