Do najważniejszych zagrożeń gleby należą:
-Monokultury, które prowadzą do zaburzenia gleby,
-Wycinanie lasów o pożary roślinności wzmagające erozję gleby, co prowadzi do pustynnienia obszaru,
-Osuszanie podmokłych terenów i regulacja rzek obniżająca poziom rzek gruntowych,
-Zbyt intensywne nawożenie,
-Ścieki i różnego rodzaju opady niewłaściwie składowane,
-Intensywny wypas bydła prowadzący do erozji,
-Stosowanie chemicznych środków owadobójczych, chwastobójczych i grzybobójczych,
-Zajmowanie obszarów rolniczych pod budownictwo przemysłowe i mieszkalne.
Do gleby dostają się także zanieczyszczenia z powietrza i wód śródlądowych. Część z nich opada na glebę jako kwaśne deszcze, inne w postaci suchego opadu. W efekcie następuje duże nasilenie procesu zakwaszania gleb. Prowadzi to do zwiększonego wymywania z gleby składników pokarmowych, takich jak wapń, magnez czy potas. Zwiększa się także w roztworze glebowym ilość trujących metali, w tym głównie aluminium.
W konsekwencji degradacja gleb powoduje zmniejszenie ich urodzajności i skażenie żywności, zwłaszcza metalami ciężkimi. Właśnie na glebach kwaśnych metale ciężkie są łatwiej dostępne dla roślin i kumulują się w ich komórkach. Spożywanie takich roślin jest szkodliwe dla zwierząt, w tym też i dla człowieka. U wielu gatunków zwierząt, np. łosi, saren, zajęcy obserwuje się zwiększoną zawartość kadmu w wątrobie i nerkach. W wypadku człowieka spożywanie roślin z zawartością metali ciężkich jest również szkodliwe dla zdrowia, a nawet dla życia. Dlatego należy zrezygnować z uprawy roślin przeznaczonych do spożycia w pobliżu dróg o dużym natężeniu ruchu, składowisk odpadów oraz sąsiedztwie zakładów przemysłowych, szczególnie hut miedzi, cynku i ołowiu.
Innym źródłem zanieczyszczenia gleb jest nieodpowiednie nawożenie mineralne. Nadmiar nawozów działa szkodliwie na glebę i organizmy w niej żyjące. Narusza równowagę między naturalnymi składnikami gleby. Może prowadzić do zasolenia, zakwaszenia, nadmiernego wzrostu zawartości związków azotu i fosforu. Przy intensywnej uprawie roślin może dochodzić do tzw. zmęczenia gleby, które objawia się dużym spadkiem plonów i pogorszeniem ich jakości. Następuje ograniczenie pobierania przez rośliny substancji pokarmowych gleby oraz zmniejszenie ich odporności na choroby.
Do podstawowych form degradacji gleby zalicza się również erozję. Upraszczając, można powiedzieć, że jest to proces niszczenia powierzchni skorupy ziemskiej wywołany przez wiatr, wodę i lodowce. Dwa główne jej typy to erozja wodna, spowodowana głównie przez opady atmosferyczne, i erozja wietrzna, wywołana przez wiatr. Erozja doprowadza do zmniejszenia w glebie zawartości materii organicznej i substancji pokarmowych, pokarmowych także do pogorszenia jej struktury. Dlatego wycinanie lasów, zwiększanie terenów pól uprawnych, przeznaczenie nieodpowiednich obszarów pod uprawę (stoków silnie nachylonych), niewłaściwa orka wzdłuż stoków, nadmierne wypasanie bydła i owiec to tylko niektóre przyczyny erozji.
Wymienione zagrożenia gleby mogą być przyczyną utraty środowiska życia dla wielu roślin i zwierząt, a w konsekwencji ich zagłady, powodują także zaburzenia w funkcjonowaniu ekosystemów, zakłócając równowagę biologiczną.
W ekosystemie leśnym sygnałem zmian w środowisku są uszkodzenia drzew. Lasy iglaste rosną zazwyczaj na glebie bardziej kwaśnej i są mniej odporne na kwaśne deszcze. Ściółka tych lasów rozkłada się bardzo wolno, a gleba jest uboga w substancje odżywcze i ma niewielkie możliwości zobojętniania kwaśnych opadów. Do zakwaszonej wody w glebie przenika wiele pierwiastków metali (np. glin, cynk, kadm, rtęć i ołów). Taki kwaśny roztwór zawierający trujące metale zabija wiele organizmów glebowych, m.in. grzyby żyjące w symbiozie korzeniami drzew.
Najwrażliwszym drzewem jest jodła.
U świerka pierwszym objawem uszkodzeń jest zmiana koloru igieł na żółte i brązowe. Później obserwuje się wypełnianie pędów zastępczych. Dalsze zmiany są związane z obumieraniem korzeni i osłabieniem odporności pnia na złamanie. U sosny również występuje przebarwienie igieł i przerzedzenie korony. Buk jest drzewem, które także doznaje dużych uszkodzeń. Uszkodzone drzewa wcześniej tracą liście, na ich korze tworzą się pęknięcia i guzy, zmienia się też typ rozmieszczenia gałęzi. Wraz z wodą deszczową zanieczyszczenia przedostają się do gleby. Zbyt duża kwasowość gleby zakłóca pobieranie wody przez rośliny, ogranicza ich wzrost i powoduje obumieranie lub osłabianie drzew.
Takie drzewa są atakowane przez szkodniki, charakteryzują się również większą wrażliwością na niekorzystne zmiany klimatu (silne mrozy, długotrwałe susze). Przykładem może być klęska ekologiczna lasów sudeckich, wywołana silnym zanieczyszczeniem powietrza, zakwaszeniem gleby, skażeniem wód podziemnych fluorem, siarkowodorem i związkami azotowymi. Na tak zmienionych glebach niemożliwe jest odnawianie się drzewostanów.