Co roku w grudniu przez południowy Pacyfik przepływa w kierunku wybrzeża Ekwadoru i północnego Peru łagodny prąd ciepłej wody. Pod nim, głęboko pod powierzchnią oceanu płynie na północ chłodny Prąd Peruwiański. Dawno temu rybacy nazwali ten napływ ciepłej wody "El Nińo", co po hiszpańsku znaczy "chłopczyk". Nazwę tę tłumaczy się również jako "dzieciątko" ponieważ zwykle zjawisko to pojawia się w okresie Bożego Narodzenia.
Z nieznanych powodów co trzy lub cztery lata następuje w równikowych rejonach środkowego i wschodniego Pacyfiku większe niż zwykle nagrzanie wód. To silne i długotrwałe nagrzanie trwające od 14 do 18 miesięcy wywiera tak silny wpływ na pogodę na świecie, że obecnie nazwę "El Nińo" zarezerwowano nie dla prądu, ale dla tego właśnie zjawiska.
W grudniu ciśnienie atmosferyczne nad południowo-wschodnim Pacyfikiem jest zazwyczaj wysokie. Wiąże się to z opadaniem powietrza i niżem nad Indonezją, wskazującym na unoszenie się powietrza w tamtym rejonie. Kiedy nadchodzi El Nińo, sytuacja odwraca się. Ciśnienie powietrza nad południowo-wschodnim Pacyfikiem spada, gdyż powietrze nad nim unosi się, aby opaść nad Indonezją i Australią - tam ciśnienie wzrasta. El Nińo jest więc częścią gigantycznej wahadłowej cyrkulacji w układzie ocean - atmosfera, której przebieg odkrył w latach dwudziestych XX wieku Gilbert Walker. Zjawisko to znane jest jako "cyrkulacja Walkera".
Wiejące nad Pacyfikiem północno-wschodnie i południowo-wschodnie pasaty zbiegają się zwykle w strefie równikowej. W rezultacie powstaje tam wiatr wiejący na zachód, pędzący przed sobą wody powierzchniowe, które są znacznie cieplejsze niż woda głęboko pod nimi. Poziom zachodniego Pacyfiku wzrasta wskutek tego o około 30-70 centymetrów i o podobną wartość obniża się poziom Pacyfiku wschodniego. Umożliwia to zimnej wodzie wypłynięcie na powierzchnię wzdłuż wybrzeża Ameryki Południowej.
Chłodne, bogate w substancje odżywcze wody Prądu Peruwiańskiego stanowią znakomite łowiska. Ogromne ławice małych sardeli, wykorzystywanych do przemysłowej produkcji karmy dla zwierząt, tworzą w Peru i Ekwadorze podstawę przemysłu rybnego.
Kiedy pojawia się El Nińo, następuje odpływ ciepłych wód powierzchniowych Pacyfiku na wschód. Wiąże się z tym zmiana kierunku równikowych wiatrów wschodnich, które zaczynają wiać z zachodu. Wspomagają one przepływ na wschód, co sprzyja nagromadzeniu się ciepłej wody wzdłuż wybrzeży Ameryki Południowej oraz wstrzymaniu unoszenia się wód z głębszych rejonów oceanu. Brak tych bogatych w substancje odżywcze wód stanowi dla rybaków katastrofę. Podczas El Nińo w roku 1972 przemysł rybny został niemal doprowadzony do upadku, a w latach 1982-1983 połowy spadły do 50 procent normalnej wysokości.
Takie zmiany w rozkładzie ciśnienia i wiatrów wywierają olbrzymi wpływ na pogodę nad całym Pacyfikiem. Zazwyczaj wysokie ciśnienie nad środkowym Pacyfikiem i wybrzeżem Ameryki Południowej powoduje wyjątkowo suchą pogodę, natomiast niskie ciśnienie przynosi chmury i intensywne opady deszczu w rejonie Pacyfiku zachodniego. Kiedy nadchodzi El Nińo, układ ten odwraca się. Zmieniają się nawet zwyczaje cyklonów tropikalnych. W latach 1982-1983 Tahiti i leżące w pobliżu wyspy, zwykle nie nawiedzane przez cyklony, zostały zaatakowane przez sześć niszczycielskich huraganów. Dach nad głową straciło wówczas 25 000 ludzi.
Podczas El Nińo w latach 1982-1983 rekordowe susze dotknęły część Australii, czego skutkiem były pożary buszu i straszliwe burze pyłowe, oraz Indonezji, gdzie nastąpił głód. W tym samym czasie potężne opady deszczu nad wschodnim i środkowym Pacyfikiem spowodowały katastrofalne powodzie i osunięcia się mułu na andyjskich wyżynach Ekwadoru, Peru i Boliwii.
Kiedy trwa El Nińo, cała światowa cyrkulacja atmosferyczna odczuwa wpływ zasilenia atmosfery przez olbrzymie ilości dodatkowego ciepła i wilgoci, pochodzących z parowania cieplejszego niż zwykle oceanu. W roku 1983 zimowe sztormy, które zwykle nawiedzają północne wybrzeża Ameryki Północnej, przesunęły się na południe, przynosząc burze i deszcze w Kalifornii. Niezwykle mokra i wietrzna pogoda panowała również na Florydzie i na Kubie. Za suszę, która dotknęła środkowo-zachodnie rejony Ameryki Północnej w roku 1988, obwinia się również El Nińo. W latach 1986-1988 odsunął on chmury deszczowe daleko od tego rejonu.
Względne ogrzanie oceanów i wahania ciśnienia są odczuwane również w równikowych rejonach Atlantyku i Oceanu Indyjskiego. Oddziaływanie El Nińo rozciąga się więc na inne części świata. Straszliwa susza w południowej Afryce w roku 1982 oraz spotęgowanie suszy w Etiopii w latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XX wieku to również skutki El Nińo. Przyczynę powstawania El Nińo do dziś okrywa mgła tajemnicy. Gdybyśmy zdołali lepiej zrozumieć te procesy, potrafilibyśmy znacznie poprawić trafność prognoz pogody na miesiące lub nawet całe pory roku. Moglibyśmy wówczas skuteczniej przeciwdziałać najbardziej niszczycielskim konsekwencjom ich nadejścia.