Odbudowa zjednoczonego Krolestwa Polskiego zwiekszyla zapotrzebowanie na wyksztalconych prawnikow. Dotychczas Polacy musieli jezdzic na uniwesytety za granice, przede wszystkim do Wloch, do Padwy i Bolonii. Ale na studiowanie za granice stac bylo tylko garstke najbardziej zamoznych. Kazimierz Wielki postanowil temu zaradzic. W 1364 r. wystawil nastepujacy dokument:
,,My, Kazimierz, z Bozej laski krol Polski i Ziemi Krakowskiej, Sandomierskiej, Sieradzkiej, Leczyckiej, Kujawskiej, Pomorskiej i Ruskiej, pan i dziedzic, pragnac goraco i tak jak jest naszym obowiazkiem, abysie rzecz pozyteczna i wszelka pomyslnosc rodzaju ludzkiego poszerzala, baczac na to, co lepsze, i nie watpiac, ze to duchowienstwo i poddanym krolestwa naszego pozytek przyniesie, postanowilismy w miescie naszym Krakowie wyznaczyc, obrac, ustanowic i urzadzic miejsce, gdzie by studium generalne w kazdym dozwolonym wydziale kwitlo, a dla przyszlosci na wieczne czasy ntym pismem jego istnienie zapewnic chcemy. niechze wiec tam bedzie nauk przemoznych perla, aby wydawala mezow znakomitych dojrzaloscia rady, swietnych ozdoba cnot i bieglych w roznych umiejetnosciach. Nechajo tworzy sie orzezwiajace zrodlo, a zjego pewnosci niech czerpia wszyscy pragnacy napoic sie naukami. Do tego miasta Krakowa niechaj zjezdzaja swobodnie i bezpiecznie wszyscy mieszkancy nie tylko naszego krolestwa ikrajow przyleglych, ale i inni z roznych czesci swiata, ktorzy pragna nabyc te przeslawna perle wiedzy.''
Dalej nastepowalo szczegolowe wyloczenie uprawnien wykladowcow i studentow Akademii wraz z zareczeniem krolewskim, ze przywileje te beda przestrzegane po wsze czasy.
W 1370r., a wiec w kilka lat po tej fundacji, Kazimierz Wielki zszedl z tego swiata, zanim Akademia nabrala rozmachu. Zostala odnowiona na mocy testamentu krolowej Jadwigi, ktora zmarla w 1399r. Jej maz Wladyslaw Jagiello wykonal ja ostatnia wole w 1400r. Od tego czasu uczelnia dziala do dzis. Dopiero w XIX w. nazwano ja Uniwersytetem Jagiellonskiem. W czasach staropolskich znana byla wylacznie jako Akademia Krakowska.
W XIX w. i w poczatkowych XVI w. cieszyla sie europejska renoma. Dzialali wtedy wybitni prawnicy, jak Stanislaw ze Skarbimierza oraz Pawel Wlodkowic, matematycy i astronomowie, wsrod ktorych wymienic nalezy Wojciecha z Brudzewa, nauczyciela Mikolaja Kopernika, teolog Jan z Ket, humanista walczacy o prawa takze dla chlopow Jan z Ludziska.
W polowie XVI w. Akademia stracila na znaczeniu, gdyz nie przyjmowala idei renesansowych. Mimo to w pierwszej polowie XVII w. miala wsrod swych profesorow wybitne postacie, jak matematyk i astronom Jan Brozek. W polowie tego wieku, w czasie wyniszczajacych wojen, uczelnia podupadla. Jeszcze Jan III Sobieski opiekowal sie nia, ale po jego smierci nastapil powazny kryzys, przelamany dopiero reforma przeprowadzona przezHugona Kollataja.
U schylku XIX w., w Galicji, nalezacej do Austrii, ale cieszacej sie samorzadem, Akademia odzyskala dawna swietnosc - juz jednak jakp Uniwersytet Jagiellonski.