Jeszcze w trakcie kampanii wrześniowej rozpoczęto organizowanie podziemnego wojska i władz politycznych. Jedna z inicjatyw wyszła od gen. Michała Tokarzewskiego-Karaszewicza. Po konsultacjach z przedstawicielami głównych partii, na początku października 1939r. powstała tajna organizacja wojskowo-polityczna pod nazwą Służba Zwycięstwu Polski (SZP). Gen. Sikorski rozwiązał SZP i na jej miejsce powołał na początku grudnia 1939r. nową organizację Związek Walki Zbrojnej (ZWZ), podporządkowany ściśle rządowi emigracyjnemu. W przeciwieństwie do SZP, która miała jak najszybciej organizować akcje bojowe i sabotażowe, ZWZ zakładała dłuższy okres przygotowawczy. ZWZ miał być organizacja ściśle wojskowa. Na jej czele stanął gen. Kazimierz Sosnkowski. Komendantowi przebywającemu we Francji podlegać mieli płk. Stefan Grot-Rowecki (obszar niemiecki) i gen. Tokarzewski-Karaszewicz (obszar radziecki).
W lutym powołano do życia Polityczny Komitet Porozumiewawczy (PKP)w celu harmonizowania przygotowań wojska i społeczeństwa do walki o niepodległość. W czerwcu 1940r. PKP przekształcono na Główny Komitet Polityczny (GKP).
Klęska Francji i przeniesienie polskiego rządu do Londynu zbiegły się ze zmiana systemu dowodzenia armią podziemną. W czerwcu 1940r. gen. Roweckiego mianowano komendantem głównym ZWZ. We wrześniu 1940r. uzgodniono kandydaturę Ratajskiego na delegata rządu RP na kraj. Delegat miał być łącznikiem miedzy rządem a krajem i współpracować ze stronnictwami. Społeczeństwo polskie przezwyciężało stopniowo szok po klęsce wrześniowej, a także po załamaniu się Francji wiosna 1940r. Zdając sobie sprawę z tego, ze walka o niepodległość potrwa nie miesiąc, ale lata, najbardziej świadome kręgi tego społeczeństwa organizowały opór przeciw okupantom oraz przygotowywały się do odzyskania wolności. Środowiska bliskie sanacji zorganizowały Tajną Organizację Wojskową (TOW.). Ponadto stopniowo powstawały inne związki konspiracyjne jak Tajna Armia Polska (TAP) czy Szare Szeregi. ZWZ nie podejmowała w zasadzie akcji zbrojnych na szerszą skale, wiedząc ze ma marne szanse skupiała się na organizowaniu sieci konspiracyjnych, gromadzeniu broni, szkoleniu i wywiadzie. W ramach szkolenia wojskowego zorganizowano regularne szkoły podchorążych rezerwy i podoficerów. Akcje ośmieszającą okupanta hitlerowskiego prowadziła Organizacja Małego Sabotażu utworzona pod dowództwem Aleksandra Kaminskiego.
Ważna dziedzina pracy konspiracyjnej była informacja i propaganda. Wśród setek tytułów, na plan pierwszy wysuwały się pisma: „Biuletyn Informacyjny” i „rzeczpospolita Polska”. Prasa ta informowała o rozwoju sytuacji europejskiej, kreśliła wizje przyszłości i podtrzymywała na duchu.