W fazie jasnej następuje absorpcja światła przez cząsteczki chlorofilu zgrupowane w dwóch rodzajach kompleksów, zwanych fotosystemami (fotosystem I i fotosystem II), z których każdy składa się z 300-400 ciasno upakowanych cząsteczek chlorofilu, powiązanych z białkami. Fotosystemy wbudowane są w błonę tylakoidów i nieznacznie różnią się budową, czego konsekwencją są niewielkie różnice w absorpcji światła (fotosystem I pochłania światło o maksimum absorpcji 700 nm, fotosystem II o maksimum 680 nm). Absorpcja światła przez cząsteczki chlorofilu powoduje ich elektronowe wzbudzenie. Podczas powrotu elektronów do stanu podstawowego energia przekazywana jest z jednej cząsteczk i na drugą. Zebrana w ten sposób energia zostaje na końcu przekazana do tzw. centrum reakcji, powodując wybicie elektronów. Wybite elektrony z fotosystemu II są przechwytywane przez pierwotny akceptor, który przekazuje je na kolejne przenośniki elektronów o wzrastającym potencjale oksydoredukcyjnym. Natomiast fotosystem II uzupełnia niedobór elektronów dzięki rozkładowi (fotolizie) wody, która zachodzi przy udziale enzymu zawierającego mangan:
Faza jasna fotosyntezy
Energia uwalniana podczas transportu elektronów (w kolejnych reakcjach redox między przenośnikami) jest wykorzystywana do przeniesienia protonów ze stromy chloroplastu do wnętrza tylakoidów. Powstały gradient protonów umożliwia syntezę ATP przez zlokalizowaną w błonie tylakoidów syntazę ATP. Ponieważ do syntezy ATP wykorzystywana jest energia świetlna, stąd ten typ fosforylacji określany jest jako fosforylacja fotosyntetyczna. Transportowane elektrony docierają do fotosystemu I, uzupełniając w nim niedobór elektronów, który powstał podobnie jak w fotosystemie II (absorpcja fotonu → wzbudzenie cząsteczek chlorofilu → wybicie elektronu). Elektrony wybite z fotosystemu I są przenoszone na NADP+, powodując jego redukcję do NADPH+H+.
Synteza ATP zachodzi na drodze fosforylacji fotosyntetycznej, czyli przy udziale światła. Jeśli transport elektronów odbywa się od H2O do NADP+, w czym uczestniczą fotosystemy II i I, mówimy o fosforylacji niecyklicznej. Natomiast w fosforylacji cyklicznej występuje zamknięty obieg elektronów wybitych z fotosystemu I i do niego wracających przez układ przenośników. Podczas takiej fosforylacji nie zachodzi fotoliza wody i redukcja NADP+, następuje jednak synteza ATP. Fosforylacja taka odbywa się w warunkach niedoboru wody, braku NADP+ lub braku fotosystemu II (np.u bakterii purpurowych).