Zbudowany jest ze stosów spłaszczonych cystern, w których białka i lipidy, a u roślin także polisacharydy utworzone w retikulum endoplazmatycznym są modyfikowane i sortowane, a następnie transportowane dalej (np. na zewnątrz komórki) w tzw. pęcherzykach sekrecyjnych odrywających się od cystern. U roślin w aparacie Golgiego syntetyzowane są polisacharydy potrzebne do budowy ściany komórkowej.