Po przyjęciu przez sejm znowelizowanej ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej 5 III 1999 istniały już pełne podstawy prawne do przyprowadzenia lustracji osób pełniących funkcje publiczne, do ścigania przestępców za czasów hitlerowskich i komunistycznych oraz do wglądu obywateli w gromadzone przeciw nim w czasach PRL materiały. Stało się to również przedmiotem ostrych rozgrywek politycznych, w których jedni chcieli skompromitować ideę lustracji drudzy zaś wykorzystać przeszłość w bieżącej walce politycznej.
W kwietniu 1999 wale ta rozpoczęła Konfederacja Polski Niepodległej-Obóz Patriotyczny A Słomki, którzy złożyli do Sądu Lustracyjnego wnioski o wszczęcie postępowania przeciw posłom SLD z Cimoszewiczem i Millerem na czele oraz wniosek o postępowanie w sprawie premiera Buzka. Po zbadaniu sprawy rzecznik interesu publicznego Nizieński, stwierdził że nie ma podstaw do oskarżeń przeciw premierowi natomiast pozostałe sprawy i niektóre inne nabrały biegu. M.in. wszczęto postępowanie przeciw ministrowi obrony R Mroziewiczowi co wywołało w sierpniu 1999 roku gwałtowny protest Gazety Wyborczej, która krytykowała samą ideę lustracji. Wstrząsem dla całej koalicji rządowej była sprawa wicepremiera Tomaszewskiego przed sądem lustracyjnym stanął również Cimoszewicz wraz z ambasadorem RP w Izraelu. Gazeta Wyborcza w związku z tym nasiliła kampanie antylustracyjną, twierdząc iż akcja ta nie ma na celu bezpieczeństwa kraju, ale wyłącznie rozgrywki polityczne. Kampania ta osiągnęła apogeum na początku lipca 2000 w chwili gdy zgodnie z prawem lustracji poddać się mieli kandydaci na urząd prezydenta. Oskarżeniom i politycznym emocjom, którym znów przodowała Gazeta Wyborcza, nie było końca. Pod koniec października 2000 sąd uznał za kłamcę lustracyjnego byłego premiera Oleksego. Stanowiło to pośrednie potwierdzenie podejrzeń, które doprowadziły do jego odejścia z rządu na początku 1996(19 XII 1995 minister spraw wewnętrznych A Milczanowski złożył w Prokuratorze Wojskowej wniosek o wszczęcie postępowania przygotowawczego zarzucając Oleksemu współpracę z obcym wywiadem). Jednak Oleksy uznał wyrok za „haniebny” i zapowiedział apelację . Cimoszewicz został uznany za niewinnego kłamstwa lustracyjnego.