Panowanie Kazimierza Wielkiego
Wczasach panowania Kazimierza III Wielkiego zostały założone obok Krakowa dwa niezależne miasta: w 1335 otrzymała prawo miejskie osada na wiślanej wyspie poniżej Wawelu, która od imienia króla przyjęła nazwę Kazimierz. Dokumentem z 1366 król lokował kolejne miasto pod Krakowem, koło starego (z XII w.) kościoła Św. Floriana, stąd zwane Florencją, z czasem zaś Kleparzem. W przeciwieństwie do Kazimierza, otoczonego murami i wodami Wisły, Kleparz nie miał własnego systemu obronnego i był miastem otwartym. Dokumentem z dnia 12 V 1364 Kazimierz Wielki funduje w Krakowie pierwszą wyższą uczelnię - Studium Generale, czyli Akademię Krakowską, opartą na włoskich wzorach, utrzymywaną przez skarb królewski. Jesienią tegoż roku doszło w Krakowie do zjazdu królów i książąt, a w imieniu miasta słynną ucztę dla gości (którzy otrzymali w prezencie kosztowne, złote naczynia stołowe) urządził w swoim domu rajca Mikołaj Wierzynek.
Panowanie dynastii Jagiellonów
Wieki XV i XVI to okres największego rozwoju miasta - czasy panowania Jagiellonów. Osiedlają się w Krakowie liczni kupcy, rzemieślnicy, architekci i uczeni. Najsłynniejsi przybysze, którzy wpisali się w dzieje Krakowa, to: W. Stwosz, F. Kallimach, J. Decjusz, Bonerowie (J. Boner, S. Boner), B. Berrecci. Wieki XVII i XVIII przynoszą jednak zahamowanie rozwoju i powolny upadek Krakowa. Punktem zwrotnym było przeniesienie rezydencji królewskiej do Warszawy w 1609, pogłębiają ten proces wojny i długotrwałe pobyty wojsk szwedzkich 1655-1657, 1702-1703, 1705, później pruskich i rosyjskich. W 1734 odbywa się w Krakowie ostatni pogrzeb królewski i ostatnia koronacja na Wawelu (Augusta III).