Dodatnie znaczenie pierwotniaków w przyrodzie
Niektóre z wiciowców żyją w symbiozie (we współpracy) z termitami (mieszkają u nich i trawią drewno, które zjadają termity),
Pierwotniaki orzęsków, zamieszkujące układ pokarmowy bydła, umożliwiają przyswojenie błonnika z pokarmów roślinnych spożywanych przez krowy, czy owce. Takie pierwotniaki nazywamy symbiontami,
Stanowią pokarm dla innych zwierząt (wchodzą np. w skład zooplanktonu),
Biorą udział w tworzeniu skorupy ziemskiej. Pancerzyki otwornic tworzą pokłady mułów na dnie oceanicznym, które po latach przekształcają się w skały wapienne,
Gatunki pierwotniaków o wapiennych pancerzach otaczających ciało utworzyły warstwy wapieni, zwanych otwornicowymi, wykorzystywane jako pokłady kredy.
Ujemne znaczenie pierwotniaków w przyrodzie
Pasożytują na roślinach i zwierzętach, powodując ich zgon,
Niektóre pierwotniaki są pasożytami wywołującymi groźne choroby: śpiączka afrykańska (wywołuje ją trypanosoma gambiense), malaria, czerwonka pełzakowata, owrzodzenie jelita grubego.