Mikołaj Kopernik urodził się w Toruniu 19 lutego 1473 roku w rodzinie kupca Mikołaja i Barbary z domu Watzenrode. Gdy miał 10 lat został osierocony, a jego wychowaniem zajął się brat matki Łukasz Watzenrode, późniejszy bisup warmiński. Dzięki staraniom wuja Kopernik skończył w 1491 roku naukę w szkole św. Jana w Toruniu i rozpoczął studia na Akademii Krakowskiej, które skończył w 1495 roku.
W 1496 roku rozpoczął studia prawnicze w Bolonii, w roku 1500 odbył praktykę prawniczą w kancelarii papieskiej w Ryzmie, a w roku następnym uzyskał zgodę na rozpoczęcie kolejnych studiów medycznych w Padwie, kontynuując studia prawnicze. W 1503 roku w Ferrarze został doktorem prawa kanonicznego, a w Padwie skończył studia medyczne i uzyskał prawo do wykonywania praktyki lekarskiej.
Około 1510 roku podał główny zarys heliocentrycznej teorii budowy świata w rozprawie znanej pt. "Commentariolus". Pod koniec roku 1510 osiedlił się we Flomborku, siedzibie kapituły warmińskiej, jako kanonik tej kapituły (mianowany już w 1497 r.); tu prowadził obserwacje astronomiczne i pisał swe główne dzieło pt. "De Revolutionibus Orbium Coelestium" ("O obrotach sfer niebieskich"), wydanym w 1543 r., w którym zawarł opis heliocentrycznego układu planet (w którym planety wraz z Ziemią krążą wokół Słońca). Stało to w opozycji do powszechnie akceptowanego przez około półtora tysiąca lat systemu geocentrycznego (w którym wszystko, włączając Słońce i planety, miało krążyć wokół Ziemi), opracowanego przez aleksandryjskiego astronoma Ptolemeusza.
Zmarł we Fromborku 24 maja 1543 roku. Został pochowany w podziemiach katedry fromborskiej, w pobliżu ołtarza należącego do jego kanonii.
Kongregacja Indeksu wydała w 1616 roku dekret potępiający "De Revolutionibus Orbium Coelestium". Dopiero w 1828 roku decyzją papieża Piusa VII dzieło Kopernika zostało usunięte z indeksu dzieł zakazanych.