Geneza dzieli się na przyczyny pośrednie i bezpośrednie.
Pośrednie:
- różnice językowe i etniczne miedzy polskimi właścicielami dóbr ziemskich, a podporządkowaną im ukraińska ludnością włoską.
- Uposledzenie prawosławia do katolicyzmu (polacy-katolicy, ukraińcy-prawosławni, dyskryminacja ich wiary)
- Konflikt miedzy dążeniem Kozaków do wolności, a dążeniem magnaterii kresowej do jak największego podporządkowania kozaków.
- Problem z określeniem statusu i problemu z rejestrem.
Bezposrednie:
W ostatnich latach panowania Władysław IV zaczął planować udział w RP w koalicji antytureckiej. Zamierzał zaatakować Chanat Krymski i powstrzymać najazdy tatarskie niszczące wsch. Kresy państwa. Perspektywa udziału w wielkiej wojnie i osiągnięcia korzyści z nią związanych (zwiększenie rejestru, rozszerzenie zakresu wolności, bogate łupy). Wywołała euforie u kozaków. Wojna nie była na rękę magnaterii kresowej, która nie chciała aby kozacy zdobyli większą swobodę. Szlachta, także była przeciwna wojnie, ponieważ bała się jakiejkolwiek wojny.
-jesienią 1646 przeprowadzono sejm, na którym zmuszono króla, aby wyrzekł się planów wojennych i zmniejszył rejestr. Ta decyzja odebrała kozakom całą radość związaną z polepszeniem ich bytu. Niechęć Kozaków do Polski narastała.
1648- wybuchło powstanie pod wodzą Bohdana Chmielnickiego (należał do zwolenników utrzymania wzorowych stosunków z królem na Ukrainie i za spokojem. Po powrocie na Ukrainę był pisarzem wojsk zaporowskich i gospodarzył się na swoim. Czapiński najechał na gospodarkę Chmielnickiego, zgwałcił jego żonę, zabił synka a samego Bohdana wziął do więzienia. Gdy wyszedł z niewoli szukał sprawiedliwości w sadach, jednak jako Ukrainiec nie znalazł jej. Wyjechał więc na Sicz i wybuchło powstanie, które dzieliło się na 3 części.
I etap powstania (01-10 1648)
II etap powstania (1649-1651)
III etap powstania (1652-1658)
I Kozacy wspomagani przez Tatarów (wysłano husarię) pokonali wojska koronne nad Żółtymi Wodami, pod Korsuniem i pod Piławcami i doszli do Lwowa i Zamościa. Polacy zbagatelizowali powstanie i ponieśli klęski. Zwycięstwo Kozaków spowodowało powstanie. Żydzi adminiostrowali Ukraińców ich dobrami. Tę ciężką sytuację pogłębiła śmierć króla Władysława IV w 1648. Przeprowadzono wolną elekcję. Nowym królem został brat Władysława Jana Kazimierza. Na elekcji walczyły ze sobą dwa obozy, które dążyły do rozwiązania problemu Kozaków. Dwa ugrupowania:
1) Liberale ugrupowanie (kanclerz Ossoliński i Bracłowski A. Kisiel)
2) Radykalne ugrupowanie (Jeremii Wiśniowiecki)
Król był za drugim rozwiązaniem –siłowym.
II Armia polska zostaje oblężona pod twierdzą ZBARAŻ (największa twierdza Polska), głównym celem twierdzy było zatrzymanie ataku Tatarów i Ukraińców. Jan Kazimierz z przychodzi z odsieczą. Jan Kazimierz i Chmielnicki podpisali ugodę Zborowską (pod Zborowem) (tymczasową). Wytyczono 3 wojska Ukraińskie.
1) kijowskie
2) czermichowskie
3) bracławskie
Chmielnicki otrzymał tytuł hetmana i król zobowiązał się do zwiększenia rejestru Kozaków.
1651- bitwa pod Beresteczkiem trwała 3 dni, zakończyła się klęska kozaków. Podpisano kolejną ugodę w Białej Cerkwi- doszło do zmniejszenia rejestru kozaków i okrojono województwa Ukraińców.
III rozpoczął się klęską armii koronnej pod Bahotem- doszło do integracji Rosji, która chciała rozszerzyć swoje wpływy na Ukrainę. W Peresławiu poselstwo rosyjskie zawarło ugodę z radą kozacką o przyłączenie Ukrainy naddnieprzańskiej do Rosji i poddaniu Kozaczyzny zwierzchnictwu cara.
Ugoda prejesławska wywołała natychmiast wojnę polsko-rosyjską. Rosjanie wkroczyli na Litwę, zajęli Smoleńsk, Wilno i Grodno. Najazd Szwedzki na Polskę wstrzymał jednak postępy wojsk rosyjskich. Rosja nie chciała dopuścić do wzmocnienia Szwecji przy morzu bałtyckim. Zawarła więc rozejm z Polska i zaatakowała szwedzkie inflanty. Ukraina stała się terenem międzynarodowej rywalizacji. Kozacy poszukiwali odpowiednich sojuszników. Chmielnicki porozumiewał się ze Szwecją i Siedmiogrodem w sprawie rozbioru RP i utworzenia niezależnego państwa na Ukrainie. Następca Chmielnickiego, hetman kozacki Jan Wyhowski, doprowadził do ugody z Polską w Hadziaczu w 1658r. Przewidywała ona, iż województwa kijowskie, czernihowskie i bracławskie utworzą Księstwo Ruskie z własnym hetmanem, trybunałem, prawosławną akademia w Kijowie oraz wolnościami szlacheckimi dla starszyzny kozackiej.
Ludność Ukraińska nie ufała już żadnym porozumieniom z polską.
1660- Wyhowski został obalony, a wojska rosyjskie zaatakowały Ukrainę.
W kolejnej wojnie polsko-rosyjskiej hetman wielki koronny Jerzy Lubomirski odniósł zwycięstwo pod Połąką i Cudnowem, odzyskując prawie całą Ukrainę. Zniszczenie państwa, pusty skarb, brak możliwości utrzymania wojska spowodowały, iż wysiłek militarny nie został wykorzystany politycznie.
1667- RP i Rosja zawarły rozejm w Andruszowie i dokonały podziału Ukrainy.