Urodził się w rodzinie rolniczej we wsi Okopy na Podlasiu. Po maturze w 1965 roku wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Warszawie.
Na początku drugiego roku studiów został wcielony do wojska (pobór alumnów był jedną z szykan władzy komunistycznej wobec Kościoła). Odbywał służbę w specjalnej jednostce dla kleryków w Bartoszycach, gdzie wyróżniał się wielką odwagą w obronie przekonań religijnych. Wtedy rozpoczęły się także jego kłopoty zdrowotne.
W 1972 r. przyjął święcenia, a później pełnił posługę kapłańską w kilku parafiach archidiecezji (ostatnią była parafia św. Stanisława Kostki , w której był rezydentem).
Od sierpnia 1980 r. zaangażował się w powstające duszpasterstwo ludzi pracy ? pielęgniarek i hutników. W stanie wojennym organizował pomoc prześladowanym, a od stycznia 1982 r. odprawiał sławne Msze św. za Ojczyznę, podczas których wygłaszał religijno-patriotyczne kazania.
Wkrótce stał się obiektem jawnych i zakamuflowanych ataków władz ? nieznani sprawcy włamywali się do jego mieszkania, wrzucili tam ładunek wybuchowy, kilka razy niszczyli samochód. Był śledzony, nieustannie przesłuchiwany, uczestniczył w dziwnych wypadkach samochodowych. Ówczesny rzecznik rządu Jerzy Urban prowadził wobec niego oszczerczą kampanię.
19 października, w drodze powrotnej z Bydgoszczy został uprowadzony, torturowany i zamordowany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa. Jego zwłoki wyłowiono dopiero 30 października z zalewu na Wiśle k. Włocławka.
Mord na księdzu wywołał wstrząs i powszechne oburzenie społeczne. Pogrzeb 3 listopada 1984 roku zgromadził tysiące ludzi i przekształcił się w wielką manifestację.
W tzw. procesie toruńskim toczącym się od grudnia 1984 r. do lutego 1985 r. trzej oficerowie SB zostali skazani za zabójstwo, a ich przełożony za sprawstwo kierownicze zbrodni. Proces ten, podobnie jak dwa następne dotyczący tej sprawy, a obejmujące jako oskarżonych szefów resortu, nie ujawnił wszystkich okoliczności i inspiratorów zbrodni, co budzi do dziś liczne dyskusjeKapłan "Solidarności"
Od sierpnia 1980 związany ze środowiskami robotniczymi, aktywnie wspierał także Solidarność. W czasie strajku został wysłany do odprawiania mszy w Hucie Warszawa, w stanie wojennym w Kościele św. Stanisława Kostki organizował tzw. Msze za Ojczyznę. Swoją krytyką i sprzeciwem wobec systemu komunistycznego zyskał szerokie poparcie społeczne i popularność w Warszawie, a później także w innych miastach.
W czasie stanu wojennego wielokrotnie oskarżany przez władze PRL o zaangażowanie w działalność polityczną, stał się celem działań operacyjnych Służby Bezpieczeństwa. Został w końcu aresztowany w grudniu 1983, do procesu jednak nie doszło i objęła go amnestia z lipca 1984. W połowie 1984 postać ks. Popiełuszki stała się przedmiotem licznych ataków propagandowych i publicystycznych władz komunistycznych (zwłaszcza Jerzego Urbana, piszącego pod pseudonimem Jan Rem, który nazwał jego kazania seansami nienawiści[2]). Szykany i naciski władz, rosnące zagrożenie (np. upozorowany wypadek koło Gdańska) oraz kłopoty zdrowotne ks. Popiełuszki były przyczyną, dla której prymas Józef Glemp zaproponował mu jesienią 1984 wyjazd na studia do Rzymu, pozostawiając jednak decyzję samemu zainteresowanemu. Popiełuszko z propozycji nie skorzystał.