17 września tyły wyczerpanych wojsk polskich zaatakowała Armia Czerwona, zgodnie z wcześniejszymi postanowieniami traktatu z 23 sierpnia. Bardzo szybko zajęła Białoruś, Ukrainę i Litwę. W związku z takim obrotem sprawy Armia Polska, nie miała żadnych szans na obronę suwerenności kraju. Rząd polski udał się do Rumuni, a Wojsko polskie z wolna zaczęło kapitulować. Żołnierze radzieccy rabowali wszystko, co stało na drodze ich przemarszu. W ślad za regularną armią podążały oddziały NKWD. W atmosferze strachu
i terroru zostały przeprowadzone wybory do lokalnych zgromadzeń, które następnie wyraziły zgodę na przyłączenie Kresów wschodnich II Rzeczypospolitej do ZSRR. Rozpoczęła się pacyfikacja krajów uderzająca głównie w ziemian, działaczy politycznych, księży i urzędników państwowych. Więzienia zaczęły zapełniać się w zastraszającym tempie. Pod koniec 1939 roku rozpoczęły się masowe aresztowania Polaków. Dały one początek gehennie długich podróży w wagonach bydlęcych, brudzie i zimnie. Transporty po wielotygodniowych podróżach docierały do jednego ze 130 łagrów radzieckich, których w roku 1940 znalazło się 22 miliony ludzi. Polacy trafiali najczęściej, na półwysep kolski na Kołymę oraz na obszary południowej Ukrainy, wśród wielu setek obywateli wywiezionych z Polski, znaleźli się również jeńcy wojenni, którzy zostali zakwaterowani przede wszystkim w 3 obozach
w Starobielsku, Kozielsku i Ostaszkowie. Przykład wywózek i więzienia obywateli polskich, był typowym fragmentem polityki stalinowskiej, opartej na terrorze i dyskryminacji jednostki ludzkiej, jednak czego można się było spodziewać od tak zaawansowanego totalitaryzmu, który kwitnął w ZSRR. Generałowie w Kozielsku: Bohaterowicz, Minkiewicz, Smorawiński, Wołkowicki., 1 kontradmirał, ok. 100 pułkowników i podpułkowników, 300 majorów, ok.1000 kapitanów i rotmistrzów, ok. 2500 poruczników i podporuczników, powyżej 500 podchorążych, razem ok. 4500 osób. Starobielsk - ok. 4000 osób. Generałowie: Billewicz, Haller, Kowalewski, Łukowski, Sikorski, Plisowski, Sierski, Skuratowicz, ok. 150 pułkowników i podpułkowników, ok. 230 majorów, ok. 1000 kapitanów i rotmistrzów, ok. 2450 poruczników i podporuczników, osób cywilnych 52, razem ok. 3910 osób. Większość z nich byli to oficerowie rezerwy. Ostaszków - ok. 6500 osób. W Ostaszkowie było „tylko” 400 oficerów, wśród nich ok. 300 oficerów policji zmilitaryzowanej po wybuchu wojny.
Byli też oficerowie, podoficerowie i szeregowcy wywiadu, żandarmerii, Korpusu Ochrony Pogranicza, policji i staży więziennej. Prócz tego w Ostaszkowie było kilkudziesięciu duchownych, ziemian i sądowników. Podobnie jak oficerowie, inteligencja polska umieszczona w Ostaszkowie była uważana za szczególnie niebezpieczną i wymagającą wytępienia. W tych trzech obozach było umieszczonych prawie 15 tys. polskich jeńców, w większości oficerów. Z tych 15 tys. ocalało tylko 400 jeńców. Ocalał tylko 1 generał
Jerzy Wołkowicki. Reszta, czyli ok. 14500 polskich jeńców, spośród których przeszło 8000 przepadła bez śladu. Ok. 3% pozostało przy życiu, 97% zginęło. Jedynym kontaktem ze światem więźniów były wysyłane do rodzin nieliczne listy pełne żalu i smutku. Wszyscy jednak liczyli się z cenzurą przeprowadzaną przez NKWD. Starano się omijać ją w przeróżny sposób. Jeden z jeńców napisał nawet pod znaczkiem, że jest w niewoli i dużo rzeczy pisać nie wolno. Pomimo, że warunki w obozach były bardzo ciężkie, szczególnie zimą w Ostaszkowie, to morale polskich żołnierzy było bardzo wysokie. Nie mogli go nawet złamać ciągłymi przesłuchaniami oprawcy z NKWD. Prowadzona indoktrynacja, zmasowana propaganda nie przynosiły pożądanych efektów. Jedynym sposobem, jaki mógł przynieść rozwiązanie „pozytywne” dla Stalina było ciche wyeliminowanie żołnierzy polskich. Tak też się stało. Dowodem na to jest notatka komisarza bezpieczeństwa państwowego I rangi Ławrientija Pawłowicza Berii z 5 marca 1940 roku z podpisami stalinowskich przywódców o rozstrzelaniu, wiosną 1940 roku obywateli polskich. Została ona zaakceptowana jednogłośnie przez członków biura politycznego - Stalina, Woroszyłowa, Mołotowa, Mikojana, Kalinina, Kaganowicza i twórcę pomysłu - Berii. To też wszyscy oni ponoszą pełną odpowiedzialność prawną i polityczną za wykonaną później zbrodnię. Zbyt długo nie czekano również na realizację tego postanowienia, bardzo szybko przystąpiono do efektywnego działania.
Akcję powierzono specjalnym grupom NKWD, które przystąpiły do działania na początku kwietnia 1940 roku. Wszyscy egzekutorzy byli do tego bardzo dobrze przystosowani. Wieloletnia praktyka poparta dobrymi wynikami w tej ohydnej profesji dała im pełne zaufanie ze strony dowództwa NKWD. Jeńców z obozu w Kozielsku, przewieziono do Gniazdowa pod Smoleńskiem a stamtąd do lasu katyńskiego samochodami. Rozstrzeliwano ich nad otwartymi grobami (strzał w tył głowy). Inny scenariusz wydarzeń miała śmierć jeńców z obozów ze Starobielska i Ostaszkowa. Tych pierwszych przywieziono koleją do Charkowa i rozstrzelano w piwnicach tamtejszego urzędu NKWD. Więźniowie z drugiego obozu pojechali koleją do Kalinina, gdzie zakończyli życie w podobny sposób jak ich koledzy ze Starobielska. Przyjaźń niemiecko - rosyjska, potwierdzona traktatem z 28 września 1939 roku była traktowana przez Stalina bardziej poważnie niż przez Hitlera. Nieporozumienia sojuszników i żarłoczne zapędy terytorialne doprowadziły do coraz większych napięć i stawało się coraz bardziej jasne, że problem będzie możliwy tylko do rozwiązania na drodze konfrontacji zbrojnej. Hitler potraktował go bardziej poważnie, ponieważ znacznie szybciej przygotował plan ataku na ZSRR pod kryptonimem „Barbarossa”. W czerwcu 1941 roku nastąpił atak wojsk hitlerowskich na ZSRR, który bezsprzecznie wykazał wyższość armii niemieckiej. Hitlerowcy posuwali się naprzód bardzo szybko zajmując coraz większe połacie Związku Radzieckiego. Posunęliby się naprzód jeszcze dalej, bo ani sprzęt, ani żołnierz, ani organizacja wojsk radzieckich nie zdołałaby tego zmienić. Zmienił to natomiast odwieczny sojusznik Armii Radzieckiej, czyli zima. Niemcom udało się jednak objąć we władanie tereny, na których dokonano morderstwa polskich żołnierzy. 13 kwietnia 1943 roku, Niemcy podali wiadomość o odnalezieniu masowych grobów oficerów polskich w Katyniu pod Smoleńskiem. Nadawali temu odkryciu duży rozgłos licząc na pogrążenie ZSRR w oczach opinii międzynarodowej. Organizowali liczne wycieczki do miejsca zbrodni z III Rzeszy, z Generalnej Guberni czy nawet oficerów alianckich. Rząd polski poprosił Związek Radziecki o wyjaśnienia w tej sprawie. Stalin zbywał ich kłamstwami, wobec tego Polacy zwrócili się o bezstronne zbadanie sprawy do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża. Polski wniosek zbiegł się z wnioskiem III Rzeszy, ZSRR potraktował to jako zmowę i zerwał kontakty z rządem polskim. Dwumiesięczne ekshumacje doprowadziły do odnalezienia 4 tyś. zwłok, natomiast tożsamość ustalono ponad 3 tysięcy oficerów. Odkryto, iż ofiary układane były warstwami, przysypywane wapnem i ziemią, do 12 warstw w jednej mogile. Mogił było 8. Polski Czerwony Krzyż zajął się techniczną stroną ekshumacji. Niemcy chcąc uzyskać wiarygodny materiał propagandowy prowadzili prace zgodnie z zasadami medycyny sądowej. Powołali także komisję międzynarodową, złożoną z ekspertów dziedziny medycyny sądowej i kryminalistyki pod kierownictwem prof.. Navila ze Szwajcarii. Stan zwłok, wiek sosen posadzonych na mogiłach, zeznania nielicznych świadków oraz daty na listach znalezionych przy ofiarach, świadczą na zamordowanie wiosną 1940 roku. Przed egzekucją przeprowadzono szczegółową rewizję i zabrano straceńcom wszystkie wartościowe rzeczy zostawiając tylko dokumenty, listy czy zdjęcia. Po zakończeniu ekshumacji w czerwcu 1943 roku, oficerów zaopatrzono w numery identyfikacyjne i pochowano w bratnich mogiłach. Natomiast generałów: Bohatyrowicza i Smorawińskiego pochowano w osobnych grobach. Sytuacja na froncie wschodnim zmieniła się zasadniczo przed końcem 1942 roku. Znaczna pomoc techniczna z zachodu umożliwiła wojskom radzieckim kontrofensywę. Stalingrad, bitwa na łuku kurskim, była dobitnym tego przykładem. W tym czasie wojska radzieckie odzyskały większość terenów utraconych na początku wojny. Wśród których były również miejsca kontrowersyjnego zabójstwa oficerów polskich. Władze rosyjskie postanowiły wykorzystać ten moment, aby zatuszować niechlubne czyny NKWD, w związku z tym przeprowadziły ponowną ekshumację ciał. Już w dwa dni
po rozpoczęciu prac pod przewodnictwem prof. Budrenki władze radzieckie mogły z całą pewnością powiedzieć, że to Niemcy w 1940 r. zamordowali polskich oficerów. Zwłoki zostały po raz drugi ekshumowane, tylko po to by przygotowane na szczytach aparatury państwowej kłamstwo miało jakiekolwiek potwierdzenie. Do dziś grób nr 8, który ekshumowali radzieccy naukowcy nie został udostępniony niezależnym badaczom.
I tak powstało kłamstwo, które do końca rządów komunistycznych w Polsce stało się niepodważalnym dowodem w sprawie zbrodni katyńskiej. Wojna się skończyła, a sprawa mordu katyńskiego, nie zdołała jeszcze ujrzeć światła dziennego. Nie ma się, co dziwić ZSRR używał wszystkich możliwych środków, aby zataić jej przebieg. Już nieważne wówczas było, jakich metod się używa, liczyło się tylko to, aby były skuteczne. Rozumowano, bowiem wg zasady „ cel uświęca środki”. Jednym z takich przykładów było wznowienie pod koniec wojny przez rząd radziecki sprawy mordu katyńskiego na obradach w procesie norymberskim. Ciekawe jest jednak to, że oskarżono o to Niemców, którym chciano przyczepić jeszcze jedno ludobójstwo, tym razem w Katyniu. W tej rozprawie nie brali udziału polscy świadkowie, w związku z naciskami i ostrym sprzeciwem Anglików. Zeznania składały tylko strona niemiecka i radziecka. W dniu dzisiejszym wiemy, że Niemcy nie mogli kłamać, ponieważ zbrodni tej nie dokonali. Rosjanie natomiast kłamstwo wykorzystywali jako główny środek walki. Powołali oni specjalne komisje do obrony swoich tez - komisję Burdenki i Wyszenki. Do zadań tej drugiej należało niedopuszczenie w toku przygotowań do procesu i podczas jego trwania do jakichkolwiek publicznych dyskusji na temat wewnętrznej polityki ZSRR i stosunków radziecko-niemieckich przed i w czasie wojny, a także poruszania jakichkolwiek kłopotliwych problemów dla strony radzieckiej. Wyszenko uzgadniał swoje pominięcia z Mołotowem, a ten z kolei otrzymywał wytyczne bezpośrednio od Stalina. Strona radziecka preparowała dowody niewinności bez żadnych skrupułów. Wymyślając i produkując fakty do tego stopnia, że przeraziły one nawet członków radzieckiej komisji. Takim przykladem może być postawa Nikołaja Zorii, który pracując nad materiałami katyńskimi, uzmysłowił sobie prawdziwe oblicze zbrodni, które znał wcześniej z różnych informacji i z których jasno wynikało, że za morderstwo odpowiedzialne jest NKWD. To właśnie sprawiło, że odmówił dalszego fabrykowania dokumentów katyńskich, o czym zameldował swoim zwierzchnikom. Reakcja Moskwy była błyskawiczna 23.V.1946 r. znaleziono go martwego, najprawdopodobniej został zamordowany. Mimo wszystkich wysiłków ZSRR dowody Niemiec były mocniejsze. Oświadczenia komisji PCK, zeznania świadków były bardzo wiarygodne i trudne do zbicia. Jednym z nich było zeznanie płk. Ahrensa, który był domniemanym dowódcą niemieckich egzekucji w lesie katyńskim. Udowodnił on bowiem, że w czasie egzekucji, w ogóle nie było go wtedy na terenie Rosji. To zamroziło członków komisji radzieckiej. W ten sposób oskarżenie Niemców przez Rosjan zostało oddalone. Mimo to oficjalnie oświadczenie zostało zatajone na zachodzie. Było to na pewno niepotrzebne i było powodem nabrania przez sprawę niekorzystnego biegu. Całkowite odtworzenie zajść zbrodni katyńskiej jest niemożliwe, ponieważ przed wejściem Armii Czerwonej do Krakowa i aresztowaniami wśród opracowujących archiwum katyńskie wiele dokumentów zginęło. Niektóre skrzynie z dokumentami zaginęły całkowicie. Do końca nie jest jasne czy zniszczyli je Rosjanie czy też sami Niemcy. Sprawa katyńska do tej pory nie została wyjaśniona, jednak z biegiem lat i pogłębianiem się konfliktu pomiędzy wschodem i zachodem, czego efektem była „zimna wojna”, stosunek do prawdy o Katyniu nabrał innych barw. Znacznie do tego przyczynili się Polacy przebywający na emigracji, którzy w swoich publikacjach głośno wyrażali prawdę o tragedii polskich żołnierzy. Najbardziej znanym wśród nich był Józef Mackiewicz, który poprzez wiele lat udowadniał winę radzieckiego systemu. Jego książki wychodziły w wielu językach m.in. francuskim, angielskim, polskim i niemieckim. Rozumowanie społeczeństw ulegało zmianie, dowodem czego była ustawa wydana przez Kongres USA w 1951 roku, aby specjalna komisja kongresowa ustaliła prawdę o zbrodni katyńskiej. W jej składzie znaleźli się senatorowie polskiego pochodzenia. Przesłuchano setki osób. W wyniku ciężkiej pracy zgromadzono wiele akt dowodowych, nikt nie miał wątpliwości - wina ciąży na ZSRR. Do wspólnej pracy zaproszono nawet Rosjan, jednak ci nie przyjęli wezwania uznając to za nową prowokację w sprawie katyńskiej.
W tym samym czasie, gdy świat poznawał prawdę o Katyniu, w Polsce panowała zmowa milczenia. Nie można było rozmawiać, uczyć się, nawet myśleć o Katyniu. PRL całkowicie popierał twierdzenie Rosji w tej kwestii. Wydawano paszkwile okłamujące środowisko, wygłaszano kłamliwe wykłady, a mimo to prawda o tej zbrodni była pielęgnowana wśród Polaków. Z zachodu nielegalne dostarczano książki, które później powielano
i rozpowszechniano. Do najpopularniejszych z nich należały: „Biuletyn Katyński”,
„Dzieje sprawy Katynia” . ZSRR przez cały czas nie zmienił swojego punktu widzenia, zatwardziale głosząc swoją teorie. Nieco zmian wprowadził dopiero referat Chruszczowa wygłoszony w latach 70-tych i krytykujący rządy Stalina. Dopiero im bliżej lat 90-tych, sytuacja zaczęła zmieniać się na lepsze. W Polsce utworzono Niezależny Komitet Historyczny Badania Zbrodnii Katyńskiej, później powstała Polska Fundacja Katyńska i Federacja Rodzin Katynia. Stawało się wyczuwalne, że prawda musi zostać ujawniona, a Związek Radziecki chcąc nie chcąc będzie musiał przyznać się do zbrodni popełnionej przez NKWD. Coraz to nowe fakty wychodziły na jaw. Archiwa służb specjalnych nie były tak szczelne jak dawniej, a i opinia publiczna miała większą swobodę wypowiedzi. Na początku 1990 roku w Archiwum Specjalnym w ZSRR zaczęto intensywniej kserować dokumenty dotyczące polskich jeńców. Na początku lutego gotowe komplety zgodnie z zasadami tajnego obiegu przekazano do odtajnienia w Zarządzie Głównym Archiwum. Nie było to jednak proste, bowiem archiwum na to nie chciało się zgodzić. Dopiero interwencja KC KPZR posunęła sprawę do przodu. Przygotowano nawet kopię dokumentów dla W. Jaruzelskiego, które miał mu przekazać M. Gorbaczow. Materiały te związane z tzw. „Sprawą Katyńską” miały rangę dowodową. Wysocy urzędnicy partyjni reagowali na nie przeróżnie. Sekretarz KC Wadim Miedwiedniew, główne pochwały kierował do historyków za ich wytrwałość w pracy. Inni byli bardzo wstrząśnięci, że materiały takie się znalazły. Michaił Gorbaczow, gdy otrzymał kopię powiedział: „ Cóż w pewnym sensie to prezent dla generała Jaruzelskiego. Co ciekawe - wszystkie akta tej sprawy zostały zniszczone, nie zostawiono żadnych śladów, a teraz znalazły się w archiwum służb specjalnych. Mimo to nie przekazano W. Jaruzelskiemu całych dokumentów. Postanowiono poinformować polskiego prezydenta, że bezpośrednich dowodów (rozkazów i rozporządzeń), ściśle określających czas i winnych tragedii nie odnaleziono. Ujawniono natomiast materiały podważające wiarygodność Komisji Burdenki. Propozycja oszczędzenia wszystkich faktów została zaproponowana przez Walentina Falina, została przyjęta. I taka też grupę materiałów otrzymał W. Jaruzelski od M. Gorbaczowa 13.04.1990 roku. W tym samym dniu również Rosjanie oficjalnie przyznali się do zbrodni popełnionej na polskich oficerach - wiadomość ta została publicznie podana przez rosyjską agencję prasową TASS. Od tego momentu rozpoczęto wiele prac związanych ze sprawą katyńską. Historycy odnajdywali nowe dowody, a polskim wezwaniem w IX. 1990 roku było rozpoczęte oficjalne śledztwo rosyjskie w sprawie mordu w Katyniu. ( na podstawie rozporządzenia Gorbaczowa
o ustalenie prawdziwego przebiegu zbrodni). Rozpoczęcie śledztwa to jedna sprawa, druga to ukaranie winnych. Śledztwa nie wykazały winnych. Prokuratura wojskowa przesłuchała wiele osób także z dawnego aparatu NKWD w charakterze świadków, choć powinni oni odpowiadać jako oskarżeni o ludobójstwo. Dotyczy to m.in. szefa wydziału centrali do spraw jeńców Piotra Skorupienki. Na początku lat 90 dokonano przy pomocy miejscowej ludności ustalenie miejsca kaźni w Starobielsku (Charków) i Ostaszkowie ( Miednoje). Dokonano ekshumacji reszty grobów, a ciała złożono w zbiorowej mogile. Inaczej wyglądała sprawa powtórnych ekshumacji na terenie lasu katyńskiego, bowiem trudności robione przez Rosjan w tej kwestii nie pozwoliły na przeprowadzenie badań. W dniu dzisiejszym, po wielu żmudnych, ciężkich i niebezpiecznych badaniach wiadomo na pewno, że głównym jedynym i bezpośrednim winowajcą tego zajścia jest ZSRR. Ofiar radzieckich były miliony. ZSRR złamał wszelkie konwencje międzynarodowe związane z poszanowaniem godności człowieka, wśród których były także układy o godnym traktowaniu jeńców wojennych. Wtedy w 1940 roku w lesie katyńskim nie liczyło się żadne prawo, ani boskie, ani ludzkie, wtedy nad świeżo wykopanymi dołami nie istniało sumienie, ani jakikolwiek wyraz poszanowania drugiego człowieka. Jedynym wyrazem prawa i szacunku był pistolet trzymany w ręku żołnierza NKWD i przyłożony do głowy polskiego żołnierza.