Marcin Luter tak wyjaśnia sprawę spowiedzi: “Spowiedź zawiera w sobie dwa elementy. Jeden to to, że wyznaje się grzechy, drugi to to, że otrzymuję się absolucję lub odpuszczenie grzechów od spowiednika jak od samego Boga i że się nie wątpi, lecz mocno wierzy, iż grzechy są odpuszczone przez Boga w niebie”. Również w jednej ze swoich tez pisze: “W żaden sposób nie można pod wyrazem ,,pokutujcie' rozumieć Sakramentu pokuty, to jest spowiedzi i zadośćuczynienia, które kapłan sprawuje”. Już podczas przybijania tej tezy do drzwi kościoła w Witenberdze dnia 31 X 1517 r. słowa te były oczywistą herezją. Również inne propozycje Lutra nie zgadzały się z oficjalną nauką Kościoła. Kwestiami spornymi były przede wszystkim interpretacja Biblii – Luter chciał, aby każdy wierzący interpretował Biblię na swój sposób (sola Scriptura) i dlatego nie są wcale potrzebne kryteria rozumienia natchnionych tekstów, podawane przez tradycję i autorytet wspólnoty Kościoła. O prawidłowym rozumieniu Pisma Świętego wg Lutra decyduje prywatny osąd. W ten sposób Luter odrzucił naukę katolicką, że cała prawda objawiona dociera do nas przez Pismo Święte i Tradycję Kościoła co jest sprzeczne nie tylko z Biblią, ale i z historią Kościoła pierwszych wieków (porównaj Mt 7,24-25). O doktrynie sola Scriptura nigdzie nie ma mowy w Piśmie Świętym, nie da się jej w żaden sposób z Biblii wywnioskować. Pan Jezus nigdy nie obiecał apostołom autorytatywnej Księgi, natomiast obiecał autorytatywny Kościół (Mt 16,18; 1Tym 3,15)
kwestia dobrych uczynków – Luter twierdził, że dobre uczynki nie są koniecznie (sola fide) do zbawienia potrzebne, zaś Kościół jasno mówi, że “wiara bez uczynków martwą jest”. Twierdzenie Lutra jest sprzeczne z nauczaniem św. Pawła który mówi o wierze działającej przez miłość (Ga 5,6).
Jeśli chodzi o sakramenty, które ustanowił Chrystus i przekazał Kościołowi, to w protestantyzmie ich znaczenie zostało zredukowane do samego symbolu. Natomiast w Kościele katolickim sakrament jest rozumiany jako widzialny znak niewidzialnej obecności Chrystusa.
W związku z doktryną Kościoła ewangelickiego podstawową zmianą moralno-społeczną było lekceważenie dobrych uczynków i sakramentu pokuty, co w rezultacie prowadziło do zepsucia i życia w grzechu. Doprowadziło to również do powstania bardzo różniących się między sobą interpretacji tekstów Pisma Świętego, co było przyczyną powstania wielu zwalczających się odłamów protestantyzmu. Bez kontynuacji tradycji pierwotnego Kościoła protestantyzm zaczął się jawić jako skrzydło bez ptaka, lub gałąź bez drzewa.
W świetle tych faktów jasnym i oczywistym wnioskiem staje się potępienie człowieka który te herezje głosił i wprowadzał ludzi w błąd. Sprawiał, że żyli oni w grzechu, doprowadził do podziałów między katolikami i wojen religijnych.