Niektóre organizmy żywe czerpią energię wyłącznie z beztlenowego rozkładu związków organicznych, czyli fermentacji lub rozkładu związków nieorganicznych, na przykład azotanów lub siarczanów Takie organizmy mogą żyć w środowisku całkowicie pozbawionym tlenu. Przykładem jest żyjąca w naszym organizmie Escherichia coli, bytująca w naszym przewodzie pokarmowym, oddycha (uzyskuje energię), redukując azotany do azotynów; inna bakteria, z rodzaju Desulfovibrio, redukuje siarczany do siarkowodoru. Bakterie mlekowe, występują w rozkładających się szczątkach roślinnych, mleku, jogurcie, a u ludzi w jamie ustnej i pochwie, fermentują cukry do kwasu mlekowego. Organizmy oddychające tlenowo też mogą - na krótki czas lub w wybranej części ciała - przestawić swój metabolizm na beztlenowy. Dzieje się tak wtedy, gdy zapotrzebowanie na energię zbiega się z chwilowym brakiem tlenu, czyli kiedy powstaje tzw. dług tlenowy. W komórkach mięśni, także ludzkich, oddychanie beztlenowe pojawia się przy zwiększonym wysiłku fizycznym, a jego produkt - kwas mlekowy - powoduje "zakwasy". Dla roślin nagle pozbawionych tlenu, przestawiających się na oddychanie beztlenowe, produkty fermentacji - etanol, aldehyd octowy, kwas mlekowy, w większych ilościach są toksyczne i przyspieszają śmierć, wywołaną brakiem tlenu. Oddychanie beztlenowe, jako mało wydajne, jest wystarczające tylko dla małych, wolno metabolizujących organizmów. Pozostałe muszą pozyskiwać energię w najbardziej wydajny sposób, czyli przez oddychanie tlenowe.