Apoptoza, czyli zaprogramowana śmierć komórki, dzięki temu mechanizmowi usuwane są zużyte lub uszkodzone komórki. Można ją przyrównać do zaplanowanego 'samobójstwa' komórki w organizmie wielokomórkowym mające na względzie dobro całego organizmu. Apoptoza jest zjawiskiem naturalnym w rozwoju i życiu organizmów. Apoptoza polega na kurczeniu się komórki poprzez utratę wody. Szybkie zmiany w jądrze komórkowym mają charakter zorganizowany - chromatynajądrowa ulega kondensacji, a DNA zostaje pocięte przez endonukleazy. Następuje dezintegracja cytoszkieletu. W procesie apoptozy organelle komórkowe pozostają jednak nienaruszone. Są one usuwane z komórki wraz z fragmentami chromatyny w tzw. ciałkach apoptycznych, pęcherzykach powstałych w wyniku zmian w strukturze błony komórkowej. W większości przypadków są one następnie fagocytowane przez komórki żerne. Wyjątkiem są np. ciałka apoptyczne soczewki oka, które zawierają zamiast cytoplazmy z organellami białko krystalinę. Apoptoza nie wywołuje stanu zapalnego. Czynnikami powodującymi apoptoze mogą być: bodźce fizjologiczne {np. niedobory hormonów, czynników wzrostu}; występowanie cytokin {cząsteczki produkowane przez układ immunologiczny, np. interferon}; oddziaływania międzykomórkowe - na skutek przekazywania błędnych informacji o podziałach komórkowych.