Tak zwane Święte cesarstwo Rzymskie Narodu Niemieckiego, znajdowało się od 1438r pod władzą Habsburgów, lecz w rzeczywistości stanowiło dosyć luźny związek państw i państewek, świeckich jak i duchownych. Brak centralnych władz było główną cechą ustroju państwowego Rzeszy. Państwa połączone osobą cesarza, miały wspólny sejm- Reichstag, oraz utworzony w 1498 r Sąd Kameralny Rzeszy – Reichskammergericht. Początek reform zainicjował cesarz Maksymilian w 1495 roku, m.in. ogłoszono tzw. Pokój ziemski –Landfriede, mimo tego wiele reform nie zostało przeprowadzonych.
Gdy zmarł Maksymilian I o schedę po nim upomniał się oprócz wnuka Karola, Franciszek król Francji oraz Henryk VIII król Anglii. Jednak Karolowi udało się z pomocą Fuggerów zostać jednogłośnie wybrany 28 czerwca 1519 roku we Frankfurcie nad Menem na króla Rzeszy.
Zaraz po tym został skonfrontowany z postępująca reformacją, głównym problemem wewnątrz niemieckim tego okresu. Zapoczątkował ją mnich augustiański Marcin Luter, ogłaszając w Wirttenberdze 31 października 1517 roku 95 tez sprzeciwiających się sprzedawaniu odpustów przez Kościół, a później kontynuując swoje myśli wydając prace skierowane przeciwko stosunkach Kościoła do Państwa i nauki.
Na sejmie w Wormacji, sejm zażądał przesłuchania przybyłego nań Lutra. Ten swoich tez nie odwołał i opuścił miasto. Karol pod naciskiem Kurii Rzymskiej, mimo silnej opozycji podpisał 25 maja 1521 edykt skazujący Lutra na banicje, a jego dzieła na spalenie. Nie wszystkie państwa Rzeszy się temu edyktowi poddały.
Katolicy, przede wszystkim król, nie chciał przyjąć podziału wiary Rzeszy. Z początku lekceważył Lutra, nie chciał zaakceptować rozwoju wypadków, ponieważ dążył podobnie jak średniowieczni władcy do stworzenia uniwersalnego cesarstwa, potrzebny był, zatem uniwersalny Kościół. Karol protestantów nie potrafił jednak skoncentrować się na Rzeszy, ponieważ będąc również władcą Hiszpańskim prowadził wojny przeciwko Francji na terenie Włoch oraz w Burgundii. Po zwycięstwie we Włoszech(Sacco di Roma`27), papiez Klemens VII koronował go na cesarza(1530).
Strona protestantów nie posiadała żadnych form prawnych, żyła w ciągłym strachu rozpoczęcia wojny religijnej. Coraz więcej zwolenników Lutra prezentowało zradykalizowane formy jego nauki. Nikolaus Storch, czy Tomasz Muenzer, który zaraz za poglądami religijnymi, głosił całkowitą negację stosunków społecznych i koniecznością zmian drogą rewolucji.
W 1524 roku ziemie Rzeszy ogarnęła fala wojen chłopskich. Formułowane pod wpływem Muenzera programy powstańców powodują, że nawet Marcin Luter przechodzi na stronę panów i zachęca ich do rozprawy z powstańcami. W maju pod Frankenhausen dochodzi do zupełnej klęski chłopów. Zwycięstwo to jednak nie oznaczało spokoju. Rozłam zapoczątkowany przez Lutra pogłębiał się nadal.
Na sejmie w Spirze 19 czerwca 1529, Karol V zażądał żeby w sprawach religijnych nie wprowadzać żadnych zmian. Elektor saski Jan, Landgraf heski Filip, Jerzy Hohenzollern, Wolfgang ks. Anhalt oraz Ernest i Franciszek ks. Luneburg złożyła uroczysty protest.
W 1530 r. sejm Rzeszy zebrał się w Augsburgu. Podczas jego obrad cesarz Karol V próbował odnowić jedność religijną na obszarze Rzeszy. Protestanci przedstawili swą doktrynę w augsburskim wyznaniu wiary (Confessio Augustana) spisanym przez Melanchtona. Katoliccy teologowie (Faber, Johann Eck) przeciwstawili się poglądom protestantów w swym traktacie Confutatio. Karol V odrzucił konfesję augsburską i potwierdził edykt wormacki. Luteranie w ciągu siedmiu miesięcy mieli podporządkować się woli cesarza w sprawach religii.
W odpowiedzi na to książęta protestanccy zawarli związek obronny w Szmalklanden(27 luty 1531), Do związku przystąpiły wkrótce inne miasta. Groźba wojny domowej została oddalona z powodu zagrożenia tureckiego, rezultatem był tzw. pokój religijny w Norymberdze w lipcu 1532, który przerywał akcję przeciwko protestantom.. Turcy zostali powstrzymani pod murami węgierskiej twierdzy Koeszeg.
W 1546 roku wybuchła tzw. wojna szmalkaldzka(1546-47) zakończona całkowitym zwycięstwem cesarza. Nie doprowadziło to do stabilizacji Rzeszy. Na sejmie Augsburgu (1548), na polecenie cesarza, opracowano 26 tymczasowych przepisów (tzw. Interim augsburskie), mające uregulować stosunki polityczne i kościelne w Rzeszy.
Potęga Karola V przeraziła dotychczasowych jego sprzymierzeńców. Na czele protestantyzmu niemieckiego stanął książę Maurycy saski. Doprowadził on do ponownego zjednoczenia protestantów i uzyskał poparcie Francji, która zajęła lotaryńskie biskupstwa Metz, Toul i Verdun. W 1552 r., w obliczu przewagi protestantów, cesarz Karol V zawarł z Maksymilianem saskim traktat w Passawie (tzw. układ passawski). Anulował on postanowienia Interim oraz zapewniał wolność religijną księstwom i wolnym miastom Rzeszy, aż do rozstrzygnięcia sporów na przyszłym soborze narodowym. Upokorzenie związane z zawarciem układu passawskiego załamały Karola V. W 1554 r. przekazał on sprawy Rzeszy Ferdynandowi I. Wkrótce (w 1556 r.) abdykował, przekazując mu pełnię władzy.
W 1555 r. sejm Rzeszy w Augsburgu uchwalił pokój religijny, zwany augsburskim. Jego postanowienia przewidywały, że poddani muszą przyjąć wyznanie swego pana (zasada cuius regio, eius religio - dosł. czyja władza, tego religia). Jedynie miasta utrzymały na swym obszarze wolność religijną. Majątków kościelnych dotyczyło prawo o tzw. rezerwacjach kościelnych. Stwierdzało ono, iż książę-duchowny po zmianie wyznania musi zrzec się urzędu i traci tym samym prawo do wszystkich posiadanych dóbr przypisanych do jego godności kościelnej. Natomiast Declaratio Ferdinandea gwarantowała szlachcie i miastom na terytoriach kościelnych wolność wyznania. Pokój objął jedynie luteran i katolików, nie dotyczył natomiast kalwinistów. Rozliczne niejasności i sprzeczności wewnętrzne w postanowieniach pokoju augsburskim stały się zarodkiem przyszłych konfliktów.