Reformacja uszczupliła sferę wpływów kościoła katolickiego. Zapanowała ona w większej części Niemiec i Szwajcarii, w Anglii, Niderlandach Północnych oraz w krajach skandynawskich. Silne były jej wpływy w Czechach, na Węgrzech, we Francji i w Polsce. Ostoją katolicyzmu pozostały wyłącznie południowe kraje romańskie: Włochy, Hiszpania i Portugalia.
Postępy reformacji udowodniły, że przeprowadzenie reform w kościele katolickim jest niezbędne. Tylko wzmocniony wewnętrznie, atrakcyjny intelektualnie kościół może skutecznie stawić czoło reformacji. Rozpoczęto więc dzieło odnowy.
Podjął je zwołany w 1545r. do Trydentu sobór, który z przerwami obradował przez 18 lat (1545-1563).
Sobór trydencki potępił protestantów jako heretyków, sformułował jasno dogmaty katolickie i pod klątwą zakazał poddawania ich w wątpliwość, złożył wyznanie wiary obowiązujące katolików. Ujednolicił też liturgię obowiązującą w kościele katolickim.
Sobór ograniczył znacznie swobodę działania i decyzji biskupów i synodów krajowych, przekazując bezpośrednio papieżowi wiele spraw, które dotąd podlegały ich kompetencji. Po soborze zreorganizowano i rozbudowano kurię rzymską.
Jeszcze w XIIIw. została powołana specjalna instytucja do zwalczania herezji, zwana inkwizycją. Podejrzanych o niezgodne z nauką kościoła poglądy inkwizytorzy chwytali, badali za pomocą tortur, po czym przekazywali władzom świeckim, które skazywały heretyków na ciężką pokutę lub wieloletnie więzienie, a opornych na śmierć przez spalenie na stosie.
Na mocy decyzji papieża z 1543r. sporządzono spis dzieł sprzecznych z doktryną katolicką. Spis ten nosił nazwę "Indeks ksiąg zakazanych".
Zakon jezuitów został założony przez hiszpańskiego oficera Ignacego Loyolę. W Towarzystwie Jezusowym obowiązywała iście wojskowa dyscyplina, każdego jezuitę obowiązywało ślepe posłuszeństwo wobec przełożonych od najniższego do najwyższego stopnia.
Towarzystwo Jezusowe było zakonem elitarnym. Podstawowym celem działalności jezuitów była obrona interesów katolicyzmu i papiestwa oraz walka z reformacją. Jezuici obejmowali funkcje spowiedników, kaznodziejów i doradców panujących oraz wpływowych przedstawicieli klasy panującej.
Jezuici zakładali i prowadzili szkoły średnie (kolegia) i wyższe (akademie). Głównym celem szkół jezuickich było wychowywanie młodzieży w duchu nietolerancji religijnej i uległości wobec kościoła.