U progu trzeciego tysiąclecia, wkraczając w rok jubileuszowy, Jan Paweł II przy każdej okazji stara się poruszać tematy związane z ekumenizmem. Inicjuje wiele spotkań duchownych z całego świata. Jest to wielkie wyzwanie dla ewangelizacji. Systemy religijne takie jak buddyzm czy hinduizm posiadają wyraźny charakter soteriologiczny, czyli zajmujący się problematyką zbawienia człowieka. Istnieje zatem paląca potrzeba, aby z okazji Wielkiego Jubileuszu ukazać jasno i głęboko prawdę o Chrystusie jako o jedynym Pośredniku między Bogiem a ludźmi i jedynym Odkupicielu świata, odróżniając Go wyraźnie od założycieli innych wielkich religii.
Już na zorganizowanym przez Ojca Świętego Wielkim Synodzie spotkali się duchowni z całego świata. W homilii na rozpoczęcie Papież podkreślił, że Synod pragnie wsłuchać się w to, co Duch Święty mówi do Kościołów, aby wiedzieć, jak głosić dziś Chrystusa w kontekście takich religii Azji jak hinduizm, buddyzm, szintoizm i wszystkie inne nurty myślenia i style życia, które były zakorzenione na tym kontynencie dużo wcześniej, zanim dotarło tu orędzie Ewangelii.
Jedną ze spraw poruszanych na owym Synodzie była inkulturacja chrześcijaństwa oraz relacje z innymi religiami i dialog z nimi. Jan Paweł II kilkakrotnie mówił, że Duch Święty działa we wszystkich religiach i we wszystkich ludziach, także w niewierzących.
Szczególnie trudne dla chrześcijan jest spotkanie z narodem żydowskim, nie tak dawno jeszcze uważanym za symbol niewiary. Żydzi byli przeklęci, odrzuceni, rozproszeni pośród narodów. W końcu ludzie, którzy ukrzyżowali Jezusa Chrystusa byli w przeważającej części żydami. I oto teraz sam Papież nazywa ich naszymi starszymi braćmi, naszymi braćmi umiłowanymi. To wielkie osiągnięcie idei ekumenizmu.
Chrystus nawoływał do jedności. Ale aż do ostatnich czasów Kościół był w stanie widzieć to dążenie do jedności jedynie w postaci powrotu braci odłączonych. Żył nie tylko w przeświadczeniu, że jest jedynym prawdziwym Kościołem, ale był również przekonany, że inne Kościoły są całkowicie pogrążone w błędzie, wynikającym z ich herezji czy rozłamów. Było czymś właściwym przyjąć te Kościoły, otworzyć im drzwi, do nich jednak należało zrobienie zasadniczego kroku, a mianowicie nawrócenie się. Taka forma ekumenizmu mogła przynieść tylko bardzo cząstkowe rezultaty, pozostawiając tu i tam ślady głębokiego niezrozumienia. Bo przecież nie można z góry zakreślić granic Ludu Bożego. Zna je tylko sam Bóg. Jest to prawdą szczególnie w odniesieniu do narodu żydowskiego, o którym święty Paweł nam przypomina, że nie został on przez Boga odrzucony. Jan Paweł II nazwie go nawet narodem pierwszego przymierza z Mojżeszem, które nigdy nie zostało odwołane. Bóg zawsze kocha naród żydowski, Pismo Święte stwierdza to w sposób absolutny. Takie stwierdzenie skłania nas do tego, byśmy dialog z Żydami umieścili w samym sercu wszelkich dialogów.
W roku 1986 podczas pierwszej, historycznej wizyty w synagodze rzymskiej, Jan Paweł II powie: Religia żydowska nie jest dla nas zewnętrzna, ale jest ona w pewnym sensie wewnętrzna wobec naszej religii. Łączą nas z nią zatem stosunki takie, jakich nie mamy z żadną inną religią. Można więc bez wątpienia powiedzieć, że w dialogu z judaizmem Jan Paweł II jest awangardą.
W tym samym roku w Asyżu miało miejsce inne, ważne ekumeniczne wydarzenie. Odbył się tam mianowicie Światowy Dzień Modlitw o Pokój, w którym wzięło udział 47 delegacji, reprezentujących, poza chrześcijaństwem, trzynaście religii świata. Ojciec Święty podkreślił przy tej okazji, że katolicy wraz z innymi chrześcijanami dzielą wiele przekonań, zwłaszcza w odniesieniu do tego, co dotyczy pokoju. Dodał, że wraz z religiami świata dzielą wspólne poszanowanie i posłuszeństwo sumieniu, które wszystkich wierzących uczy szukania prawdy, miłości i służenia wszystkim jednostkom i społecznościom, a tym samym uczy wprowadzania pokoju między jednostkami i między narodami.
W nowym millennium, to epoka ekumenizmu będąca owocem dojrzewania Kościołów chrześcijańskich do nowego stosunku najpierw do podzielonego chrześcijaństwa, a w rezultacie także do innych religii. Jan Paweł II niejednokrotnie podkreśla, jak ważnym elementem w życiu chrześcijanina jest tolerancja religijna i apostolstwo.
Zmiana mentalności Kościoła z apologetycznej na ekumeniczną przyniosła też zakwestionowanie powiedzenia świętego Cypriana z Kartaginy, że poza Kościołem nie ma zbawienia. Powiedzenie to, brane dosłownie i w takim sensie rozumiane przez wiele wieków, skierowane było bezpośrednio nie tyle przeciw poganom, co przeciw tym, którzy oddzielali się od Kościoła macierzystego tworząc nowe Kościoły.
Często poruszanym przez Ojca Świętego Jana Pawła II tematem jest sama istota Kościoła. Znaczenie słowa Kościół miało zawsze dwa wymiary. Jeden to organizacja widzialnej społeczności religijnej, a drugi to niewidzialna jedność ludzi z Bogiem i z Jezusem Chrystusem. My, jako chrześcijanie, wierzymy, że Jezus Chrystus przyszedł zbawić wszystkich ludzi. On sam powiedział, że ma owce, których jeszcze nie zgromadził w jednej owczarni. Wymiar duchowy jedności z Chrystusem to wymiar eschatologiczny. Kościół czyli synagoga, zgromadzenie wierzących wokół Chrystusa, ma ogarnąć w zmartwychwstaniu całą zbawioną ludzkość i jest z nią tożsamy. Jan Paweł II w swych podróżach do krajów innych niż chrześcijańska religii powtarza nieraz, że w owych religiach Duch Święty działa i prowadzi je.
Dialog ekumeniczny, który za pontyfikatu Jana Pawła II zyskał rangę głównego celu Kościoła jako zgromadzenia Ludu Bożego, może doprowadzić do szeregu uzgodnień doktrynalnych, do zbliżenia kultur i języków, a zarazem do zaakceptowania różnic tradycji kultury religijnej innych wspólnot kościelnych, a nawet innych religii. Zwróćmy uwagę na przykład na to, że katolików i prawosławnych najmniej dzieli teologicznie, a najwięcej kulturowo. Ewangelicy są natomiast kulturowo bliżsi katolikom, ale więcej jest między nimi różnic teologicznych, które zrodziły się z różnic filozoficznych i różnic struktury kościelnej. Sądzę, że Kościół katolicki musi dojść do uznania, że Kościołem Chrystusowym na ziemi są wszystkie Kościoły i wspólnoty chrześcijańskie razem wzięte.
Jan Paweł II wielokrotnie nadmienia, że w ekumenicznym dialogu nie chodzi o narzucanie kultury, ale o wspólne szukanie Prawdy i wzajemne wzbogacanie się. To natomiast, czy i kiedy znajdziemy wspólnie Chrystusa, czy stanie się to udziałem całych religii, czy poszczególne jednostki przejdą z jednej religii do drugiej, zostawiamy samemu Bogu.
Nie tak dawno Stolica Apostolska ogłosiła dokument o stosunku chrześcijan do Żydów. Jednym z głównych jego tematów była sprawa Holokaustu. Z pewnością nie jest to ostatni krok Papieża i Stolicy Apostolskiej w kierunku pojednania, o czym świadczy chociażby ostatnia wizyta Jana Pawła II w Rumunii, będąca naprawdę niezwykłym wydarzeniem o charakterze ekumenicznym.
Tak więc Jana Pawła II możemy śmiało uznać za tego następcę Świętego Piotra, który poczynił największe wysiłki na drodze ekumenizmu i pojednania religii i kościołów. Żaden inny papież nie odbył tyle podróży zagraniczny, nawet do najbardziej oddalonych zakątków globu. Żaden nie był też tak otwarty na inne wyznania i religia. Możemy być dumni z tego, że jest On naszym rodakiem.