Pierwotniaki są najstarszymi zwierzętami świata.

Określenie czasu ich powstania jest praktycznie nie możliwe. Przyczyna jest prosta- niemal zupełny brak możliwości zachowania się szczątków kopalnych. Zwykła logika każe nam przepuszczać,że pojawiły się najpóżniej w dolnym prekambrze. Najprawdopodobniej najstarszymi są wiciowce. Tezę taką wysunął E.Pescher jeszcze w 1914r.,ponieważ grupa ta wykazuje szereg cech pierwotnych. Przede wszystkim przejawia znaczące podobieństwa do glonów. Jest możliwe,że wśród przodków wiciowców doszło do rozdziału strategii życiowych. Generalnie część"wybrała" autotrofizm-z nich powstały rośliny zielone,reszta przeszła na całkowity heterotrofizm(może przy nim poprostu pozostała?). Z tych ostatnich eukariontów wykształciły się niezależne od siebie grzyby i zwierzęta. Świadectwem tego rozejścia się dróg ewolucyjnych są do dzisiaj egzystujące gatunki,tzw.miksotroficzne, zdolne do odżywiania się, auto- albo heterotroficzne,w zależności od warunków.
U pierwotniaków heterotroficznych nastąpiło uformowanie konstrukcji biologicznej,charakterystycznej dla zwierząt. Ewolucja zachodziła wśród tych form dwukierunkowo:
1)przez rozwijanie możliwości adaptacyjnych pojedynczej komórki. W ten sposób powstały różne grupy zwierząt określanych dzisiaj jako pierwotniaki(łac. PROTOZOA)
2)przez wytworzenie konstrukcji wielokomórkowej i rozwijanie możliwości, jakie daje specjalizacja różnych komórek jednego organizmu. W ten sposób powstały zwierzęta wielokomórkowe
(łac. METAZOA).
Obie strategie mają swoje zalety i wady. Jeśli jednak za miarę sukcesu ewolucyjnego uznać liczbę form(gatunków),to okazuje się, że druga możliwość jest znacznie lepsza(szacunkowo 1,5-2 milionów gatunków). Pierwotniaków jest zaledwie(?) około 30 tysięcy gatunków.
Z wiciowców w drodze uproszczenia budowy powstały zarodziowce (mają prostszą budowę komórki,a wić pojawia się u nich tylko w stadium gamet). Wielu badaczy łączy zarodziowce i wiciowce w jedną jednostkę: SARCOMASTIGOPHORA. Prawdopodobnie z wiciowców powstały także sporowce. Świadczy o tym podobieństwo w budowie gamet, a także to,że większość przedstawicieli obu grup jest hoplonatami,tzn. mają tylko pojedynczy komplet chromosomów.
Najwyżej uorganizowanymi pierwotniakami są bez wątpienia orzęski. One także wzieły swój początek od prymitywnych wiciowców. Orzęski są przykładem tego,co można maksymalnie osiągnąć w układach jednokomórkowych. Pierwotniaki te posiadają bowiem bardzo sprawny aparat ruchu-rzęski. Ich budowa nie odbiega jednak od konstrukcji wici. Należy sądzić,że aparat rzęskowy powstał poprostu po przez zwielokrotnienie liczby wici. Duże zdolności adaptacyjne orzęsków wynikają też z posiadania złożonego aparatu jądrowego. Pierwotniaki te mają dwa różniące się jądra, wyspecjalizowane w pełnieniu odmiennych funkcji. Jedno odpowiedzialne jest za rozród, drugie za czynności wegetatywne. Wnętrze ich komórek także jest bardziej skąplikowane niż u innych pierwotniaków. Poza tym przechodzą specyficzny cykl życiowy, w którym nie ma klasycznego stadium gamet.
Prostota konstrukcji biologicznej pierwotniaków ma jednak poważną wadę: otóż zwierzęta te są nierozerwalnie związane ze środowiskiem wodnym. Przy małych rozmiarach mają bardzo dużą powierzchnię względną. Powoduje to,że na powietrzu ich ciało natychmiast wysycha. Jeśli dodać do tego wspomniane wcześniej ograniczenia w możliwościach specjalizowania komórki, otrzymamy obraz najprostszych zwierząt.