Na tron niemiecki wybrany został Konrad II. Koronę przyjął w 1027 r. Doprowadził do umocnienia władzy cesarskiej w Niemczech i we Włoszech, a następnie zaatakował Polskę. Zmusił Mieszka II do rezygnacji z korony królewskiej. Doprowadził do uznania zwierzchnictwa niemieckiego przez Czechy i Węgry. To sprawiło, że wzrosło znaczenie i autorytet cesarski, a wraz z tym pojawiła się przewaga cesarza nad duchowieństwem. Kościół w XI wieku jest coraz bardziej zepsuty moralnie. Na porządku dziennym są takie zjawiska jak: symonia - kupowanie urzędów i godności kościelnych i nikolaizm – zerwanie z zasadą celibatu. Do godności duchownych przywiązanie były majątki ziemskie. Te majątki nadawał cesarz /król/, ale zanim je nadał kandydat na biskupa składał przysięgę wierności. To zjawisko nosi nazwę inwestytury.
Powszechne stało się kupowanie godności, było to opłacalne. Symonia pozwoliła Henrykowi III na obsadzenie wszystkich biskupstw i opactw ludźmi uległymi. W ten sposób biskupi, opaci stali się wykonawcami planów cesarskich. Czas Henryka III nazywano okresem cezaropapizmu. Zerwanie z celibatem doprowadziło do dziedziczności urzędów i majątków. Ta sytuacja wywołała potrzebę zmian, reform. Głównym ośrodkiem, centrum reform był klasztor w Cluny. Ogłoszono tam zasadę uniezależnienia władzy kościelnej od władzy świeckiej. Podjęto walkę z symonią, wzywano do zachowania celibatu.
Pierwszym krokiem, który miał doprowadzić do uniezależnienia władzy kościelnej od świeckiej była reforma wyboru papieża. Do XI w. wyboru dokonywał „lud rzymski”. W praktyce w XI w. papieża wybierał cesarz i feudałowie niemieccy. To określono jako wybór papieża głosami „ludu rzymskiego”. Reforma wyboru szła w tym kierunku, by biskupa wybierało zamknięte grono kardynalskie. Papieżem wtedy był Mikołaj II. Klasztor w Cluny propagował współpracę Kościoła i cesarstwa, głosił równość ich władzy, z tym, że władza cesarska miała dotyczyć spraw cywilnych, a władza Kościoła – religijnych.
Nasilenie akcji reformatorskiej Kościoła to czas, gdy papieżem jest Grzegorz VII z Cluny. Głosił on równość władzy, wzywał do zgody. Nieoficjalnie zajął stanowisko odmienne. Świadectwem tego jest notatka skierowana do najbliższych współpracowników – Dictus Papae. Według tego dokumentu władza kościelna jest wyższa od władzy państwa. Grzegorz VII wskazywał w tym dokumencie postulaty Kurii Rzymskiej wobec cesarstwa:
o papież dysponuje insygniami cesarskimi,
o każdy władca, cesarz winien całować papieskie nogi,
o papież może detronizować cesarzy,
o postanowienia papieskie nie mogą być przez nikogo zmienione,
o papież nie może być przez nikogo sądzony,
o papież ma prawo zwalniać poddanych z przysięgi wierności niegodnemu władcy.
Te wytyczne określa się mianem papocezaryzmu. Papież Grzegorz VII wydał surowe nakazy tępienia symonii, pod groźbą kary, nakazywał zachowanie celibatu pod groźbą klątwy, wykluczenia z Kościoła. Zakazywał przyjmowania inwestytury z rąk świeckich. To nie spodobało się cesarzowi, którzy widział w biskupach urzędników cesarstwa. Dlatego Henryk IV zwołał synod do Wormacji. Synod uznał reformy Grzegorza VII za nielegalne. Cesarz dysponował armią i miał nadzieję, że papież ugnie się pod groźbą siły. Papież nie ugiął się, ale rzucił na cesarza klątwę.
Możnowładcy niemieccy zagrozili detronizacją cesarza, jeśli nie pojedna się z papieżem i nie wyprosi zdjęcia klątwy. Grzegorz VII zwolnił poddanych z przysięgi niewiernemu władcy. Henryk IV musiał wyprosić u papieża zdjęcie klątwy, ale ten zwlekał ze spotkaniem. Do spotkania doszło w 1077 r. w Toskanii w Canossie. Cesarz musiał kilka dni wyczekiwać pod zamkiem na papieża. Papież mu przebaczył, cofnął klątwę, a cesarz wrócił do Niemiec i rozprawił się z tymi, którzy wystąpili przeciw niemu. Zniszczył opozycję. W Rzymie zdetronizował Grzegorza, a papieżem wyznaczył biskupa Rawenny. Grzegorz VII musiał iść na wygnanie, próbował rzucił klątwę na Henryka, ale klątwa nie odniosła tym razem skutku. Grzegorz VII zmarł na wygnaniu w Salerno.
Jego śmierć nie zakończyła walki z cesarstwem. Autorytet głowy Kościoła wzrastał, a gdy na tronie zasiadł papież Urban II wrócono do idei reform. Ta idea zyskiwała coraz większe poparcie. Trzeba było zawrzeć kompromis.
Po Urbanie II papieżem był Paschalis, a cesarzem został Henryk V. Cesarz zaproponował papieżowi, że jest gotów zrezygnować z mianowania biskupów i opatów, ale dostojnicy kościelni oddadzą ziemię nadaną im przez cesarza. Papież zgodził się na to. Jednak na to nie zgodzili się dostojnicy i cesarz uwięził papieża. Uwięził też towarzyszących papieżowi biskupów. W więzieniu, pod przymusem, papież uznał zależność od cesarstwa. Po wyjściu z więzienia uznał układ na nieważny. Wybuchła wówczas walka, która wyczerpywała obydwie strony. Pojawiły się głosy o kompromisie.
W 1122 r. zawarto kompromis na synodzie w Wormacji. Podpisano konkordat. Henryk V i papież Kalikst II ustalili, że wyboru biskupów i opatów będzie dokonywała specjalna kapituła. Wybór będzie zatwierdzany przez papieża. Tak powołany dostojnik kościelny będzie składał przysięgę wierności cesarzowi i otrzyma od niego lenno. W ten sposób Kościół, duchowieństwo uniezależniło się od cesarstwa.