La politica de equilibrio en que se basaba el sistema canovista tuvo su primera gran prueba poco despues de la muerte de su fundador: la guerra con los EE.UU y la perdida de los restos del antiguo imperio espańol.
Despues de la Paz de Zanjón (1878), que terminó 10 ańos de guerra,los problemas del independetismo cubano no desaparecieron. El Gobierno pretendia que habia dejado de ser colonia, y que era una provincia mas de Espańa. Sin embargo, entre los criollos continuaba habiendo una fuerte corriente nacionalista, mientras que el autonomismo ganaba adeptos entre la enorme masa de inmigrantes peninsulares que se habian establecido en la isla. Por otra pare los EE.UU se interesaban cada vez mas por Cuba que tenia una importanta estrategica posicion en el Caribe. Los inversores estadounidenses controlaban cada vez mayor porcentaje de la economia cubana, basada en grandes plantaciones de tabaco y de cana de azucar, y que vendia 90% de su producción en mercado norteamericano. EE.UU querian que Espańa le vendiese Cuba y Puerto Rico o que, al menos, declarase su independencia.
En los ańos 1878-95 los sucesivos Gobiernos espanoles no hicieron practicamente nada para atender las peticiones de autonomia. Estaban convencidos de que esta solo llevaria a la independencia. Ademas, los capitalistas espańoles con intereses en la isla presionaban para que Cuba se mantuviese indefinidamente bajo control de la metrópoli.
La guerra estalló en febrero de 1895 y rapidamente se extendió por gran pare de la isla. Caudillos nacionales ( como Maximo Gómez o Antonio Maceo) organizaron un sistema de partidas guerilleras que preocupaban y intranquilizaban a las tropas espańolas, obligadas a concentrarse en las ciudades y en fortificaciones en puntos estrategicos en el campo. Espańa tenia que continuamente enviar los refuerzos porque muchos soldados contraian rapidamente enfermedades tropicales. Durante muchos meses el Gobierno, apoyado por la opinión publica espanola, mantuvo una politica de fuerza que agravó las condiciones de vida de los cubanos. Cuando, en enero de 1898, aceptó el establecimiento de la autonomia en la isla. Era ya demasiado tarde.
Tambien en las islas Filipinas se habia iniciado, en 1896, un movimiento armado impulsado por el Katipunan (una organización independista). La rebelión se extendió rapidamente, pero aqui las autoridades espańolas actuaron con mayor acierto, y a finales del ańo siguiente se firmó la Paz de Biac-Na-Bató, que ponia fin al conflicto filipino.
Asi era la situación cuando, en febrero en 1898, acorazado norteamericano Maine llegó al puerto de La Habana con una misión claramente intimidatoria. A los pocos dias, el acorazado explodó y murieron 264 marineros. El Gobierno estadounidense acusó a los espanoles y el Congreso declaró la guerra a Espana.
Sin aliados en el exterior, el Gobierno de Sagasta se preparó para el conflicto que sólo podia concluir en catastrofe (la desigualdad de medios belicos). Los norteamericanos desembarcaron en la isla y la flota espańola fue destruida frenet a Santiago de Cuba. En Filipinas otra flota espańola fue destruida en batala de Cavite. Despues de todo esto era imposible continuar la guerra. El 10 de diciembre fue firmado el Tratado de Paris que entregó Cuba, Puerto Rico y Filipinas a los Estados Unidos. El resto del Imperio colonial, los archipelagos de Marianas, las Carolinas y las Palaos fueron vendidas a Alemania.