„Mistrz i Małgorzata” to powieść skłaniająca czytelnika do refleksji nad życiem i wartościami etycznymi. Przedstawiając stosunki społeczne panujące w Rosji, Bułhakow sprzeciwia się systemowi totalitarnemu i powszechnemu zepsuciu moralnemu społeczeństwa, w którym wyraźnie zarysowuje się korupcja i donosicielstwo.
Obywateli Moskwy, ukazanych w utworze, można podzielić na dwie przeciwstawne grupy. Pierwsza z nich to ludzie biedni, nic nie znaczący, nie mający wpływu na sytuację w państwie. Dążą oni do zaspokojenia jedynie podstawowych potrzeb i przeżycia do dnia następnego. Grupa druga to uprzywilejowana elita. Mają oni możliwość nie tylko ingerencji w życie polityczne kraju, ale są również objęci szczególnymi względami jeśli chodzi o obowiązujące prawo. Pomimo zakazu posiadania i posługiwania się obcą walutą na terenie Rosji, mogą oni korzystać z usług specjalnych sklepów, sprzedających towary luksusowe, płacąc właśnie zakazaną walutą. Owa elita mieszka w doskonałych warunkach i zupełnie nie liczy się z pieniędzmi, a sposród zwykłych ludzi wyróżnia ją posiadanie legitymacji partyjnych.
Brak równości społecznej to jednak nie jedyny problem poruszony w powieści. Dużo bardziej nieetyczny i destruktywny jest sposób, w jaki ludzie zyskują tzw. awans społeczny. Wysoką pozycję społeczną można bowiem zdobyć jedynie dzięki układom, nieuczciwości i łapówkarstwu. Często trzeba wyrzec się własnego „ja” – własnych poglądów, przekonań i wartości, którym się dotąd hołdowało. Doskonałym przykładem może być Iwan Nikołajewicz zwany Bezdomnym, który chcąc aby jego poemat został opublikowany w gazecie, musi ściśle dostosować się do zaleceń Berlioza i w rezultacie wyrażać poglądy, z którymi sam się do końca nie zgadza. Jest to ewidentna manipulacja czytelnikami, narzucanie im swojego punktu widzenia przez redaktorów i inne wpływowe osoby oraz niedopuszczanie obywateli do wyrażenia własnych opinii publicznie.
Bułhakow maluje obraz kraju, w którym człowiek nie stanowi żadnej wartości. Nie istnieje tu poszanowanie godności ludzkiej, ani prawa do prywatności, gdyż władzę sprawuje zdeprawowana policja, a swobodę wypowiedzi ogranicza cenzura. Każdy człowiek zmuszony jest dbać jedynie o siebie i zwykle nie liczy się z innymi.
W utworze możemy jednak odnaleźć bohaterów pozytywnych, takich jak Mistrz i Małgorzata. Mistrz jest człowiekiem, którego moralność nie została zepsuta przez system. Próbuje on być artystą i godnym człowiekiem, przeciwstawiając się systemowi. Chce pozostać wierny swoim ideałom i w rezultacie osiąga to, czego pragnął, czyli wieczny spokój.
Bułhakow snuje w utworze liczne rozważania filozoficzne na temat ludzkiej egzystencji, porusza problemy moralne, metafizyczne, religijne, jak na przykład istnienie Boga czy Szatana, psychologiczne i społeczno-polityczne. Wszystko to sprawia, że powieść „Mistrz i Małgorzata” jest często określana mianem powieści filozoficzno-etycznej.