Od wczesnego trzeciorzędu aż do pliocenu i plejstocenu środkowo-amerykańska fauna była oddzielona od kontynentalnej fauny Ameryki Południowej. Obecnie w Ameryce Środkowej występują gatunki roślin i zwierząt pochodzące zarówno z północy, jak i z południa. Na wąskim pasie lądu między Ameryką Północną, a Południową, tak samo jak na zaliczanych do Ameryki Środkowej wyspach karaibskich, wykształciła się znaczna rozmaitość gatunków. Niegdyś Ameryka Środkowa była całkowicie porośnięta lasem; obecnie ostatnie zwarte zbiorowisko leśne znajduje się we wschodnim Hondurasie, tuż przy granicy z Nikaraguą. Obszar ten objęto ochroną, tworząc Park Narodowy Patuca. Znalazło w nim ostoję wiele gatunków niegdyś bardzo licznie reprezentowanych, jak mrówkojad wielki, kwezal herbowy czy też tukan tęczodzioby. także jaguary oraz harpie, a więc zwierzęta wymagające znacznej przestrzeni, żyją w parku bez przeszkód. Wiele gatunków zwierząt i roślin Ameryki Środkowej nadal czeka na naukowe zbadanie. Szczególnie dużym bogactwem flory i fauny - około 9000 gatunków roślin, 218 gatunków ssaków, 930 ptaków i 390 gadów (z czego część stanowią endemity) - odznaczają się lasy tropikalne Panamy. Jedyny w Ameryce Środkowej przedstawiciel niedźwiedzi, niedźwiedź andyjski występuje w południowej Panamie, w rejonie Kanału Panamskiego. Sierść ma średniej długości, przeważnie czarną, a wyróżnia się charakterystyczną obwódką wokół oczu przypominającą okulary. Samice, ważące zaledwie 65 kg, znacznie ustępują samcom, osiągającym wagę 200 kg. Niedźwiedź andyjski wprawdzie może zamieszkiwać bardzo różne środowiska - od rejonów pustynnych po lasy monsunowe - jednak jego ulubioną przestrzenią życiową są chłodne, mgliste lasy górskie Boliwii oraz Kolumbii, gdyż tamtejsza roślinność zapewnia mu najbardziej urozmaicony pokarm. Mimo że jest drapieżnikiem, żywi się głównie figami, liśćmi, ziołami oraz małymi owadami. Niedźwiedź andyjski niezwykle zręcznie posługuje się narzędziami i za pomocą swych pięciu ostrych pazurów potrafi wykorzystywać np. spróchniałe w środku pnie drzew do wspinaczki. Poza tym jest wielkim samotnikiem i z wyjątkiem okresu godowego unika wszelkich kontaktów z innymi przedstawicielami swego gatunku. Młode, które przychodzą na świat po trwającej 6 miesięcy ciąży, ważą zaledwie 300 g i przez miesiąc przebywają pod opieką matki w jamie, gdzie się urodziły. Spotykany od południowych rejonów Ameryki Północnej po środkową Argentynę pekari obrożny należy do rodziny świniowatych parzystokopytnych. Gatunek zawdzięcza nazwę jasnej obwódce na szyi. Pekari żyje w grupach liczących do 15 osobników. Jego pokarm to korzenie, zioła, trawy, owoce, robaki oraz larwy owadów. Sylwetką, sierścią i ryjem przypomina świnie (od której różni się między innymi skierowanymi w dół kłami w górnej szczęce oraz gruczołem zapachowym na grzbiecie), niemniej pekari stanowią osobną rodzinę. Jaguar, którego tułów wraz z głową mierzy 2 metry długości, jest największym kotem Ameryki Środkowej. Zdarzają się również osobniki koloru czarnego większość jednak ma sierść rdzawożółtą, z białym brzuchem i czarnymi cętkami, dlatego też ten muskularny kot często bywa mylony z lampartem. Jego ulubione siedlisko to lesiste brzegi rzek, jak również mokradła. Środkowoamerykańska puma, zwana również kuguarem, wielkością przeważnie nie dorównuje osobnikom z Kanady i Patagonii. Waży około 110 kg. Wyróżnia się niezwykle małą głową, rozbudowanym tułowiem i długim ogonem. Pumy prowadzą samotny tryb życia. Terytorium samca obejmuje terytoria kilku samic. Po ciąży trwającej 90 dni na świat przychodzi około sześciorga młodych z sierścią pokrytą czarnymi cętkami.