Najbardziej dostrzegalnym aspektem reformy była zmiana struktury szkolnictwa w Polsce. W marcu 1999 ten punkt w reformie popierało jedynie 54 % respondentów CBOSu.
Wiek szkolny pozostał bez zmian –od 7 lat . Zmieniła się natomiast długość nauki na poszczególnych szczeblach.
Według założeń twórców reformy zmiana struktury systemu szkolnego powinna służyć wprowadzeniu koniecznych zmian treści i metod nauczania we wszystkich typach szkół, zaś sieć gimnazjów gminnych, a więc szkół o lepszym wyposażeniu i wyżej kwalifikowanej kadrze nauczycielskiej, powinna również sprzyjać podnoszeniu poziomu cywilizacyjnego środowisk wiejskich i zapewniać młodzieży szerszy dostęp do liceów.
Nowa struktura systemu szkolnego obejmuje:
• placówki wychowania przedszkolnego - w tym roczne przygotowanie do szkoły dzieci 6-letnich, co nadal zostaje prawem każdego dziecka, ale nie obowiązkiem. Obecnie z przygotowania przedszkolnego korzysta 97% dzieci sześcioletnich;
• szkoły podstawowe sześcioklasowe z wewnętrznym podziałem na dwa cykle dydaktyczne: nauczanie zintegrowane w klasach I-III i nauczanie blokowe w klasach IV-VI;
• trzyletnie gimnazja - około 3,5 tys. gimnazjów;
• trzyletnie licea profilowane - licea te będą realizować kanon wykształcenia ogólnego, wspólny dla wszystkich uczniów, oraz kształcenie w danym profilu. Profil jest rozumiany jako rozszerzony program grupy przedmiotów ogólnokształcących lub przedmiotów i zajęć, określonych w podstawach programowych profili kształcenia zawodowego. Dotychczasowe licea sportowe i mistrzostwa sportowego przekształciły się w licea profilowane - sportowe;
• dwuletnie szkoły zawodowe - umożliwiające nabycie kwalifikacji zawodowych na poziomie robotnika wykwalifikowanego; kształcenie umiejętności praktycznych, które nie wymagają stosowania kosztownego wyposażenia technodydaktycznego, powinno być realizowane w szkole (w warsztatach lub pracowniach ćwiczeń). Kształcenie praktyczne wymagające zastosowania kosztownych stanowisk dydaktycznych - w centrach kształcenia praktycznego. Zakłada się również możliwość kształcenia praktycznego w przedsiębiorstwach i zakładach rzemieślniczych. Nauka w szkole kończy się zewnętrznym egzaminem z kwalifikacji zawodowych, w których określaniu powinni uczestniczyć przedstawiciele pracodawców. Programy nauczania dla 2-letniej szkoły zawodowej tworzone są na bazie podstaw programowych dla zawodów robotniczych, a w przyszłości na podstawie standardów kwalifikacji zawodowych.
• szkoły policealne (dwu-trzy- lub czterosemestralne - w zależności od tego, czy wybrany zawód jest zgodny z profilem ukończonego liceum), które umożliwią nabycie kwalifikacji zawodowych na poziomie technika; Twórcy reformy założyli, iż nie wszyscy absolwenci liceów profilowanych podejmą studia. Tym, którzy nie rozpoczną edukacji na poziomie wyższym, należało więc umożliwić zdobycie kwalifikacji zawodowych na poziomie średnim technicznym lub równorzędnym. Rolę tę spełnia nowa szkoła policealna. Szkoła policealna powinna być dopasowana do poziomów kompetencji zawodowych zdobytych w liceum profilowanym, a więc zróżnicowana pod względem programu i czasu jej trwania (od roku do dwóch lat - aby uzyskać tytuł technika). Jednoroczny cykl kształcenia przewidziany jest dla absolwentów liceów profilowanych zawodowo, jeśli wybrany zawód jest zgodny z profilem zawodowym, cykl dwuletni - dla pozostałych. Ponieważ w policealnych szkołach zawodowych ma miejsce wyłącznie kształcenie umiejętności zawodowych, można w nich zastosować inny niż obecnie, bardziej wydajny, sposób kształcenia. Powinien to być system kształcenia modułowego, którego liczne zalety zostały już sprawdzone i który umożliwia przenikanie z systemem późniejszego doskonalenia lub przekwalifikowania zawodowego. Moduły umiejętności zawodowych dzieli się na jednostki modułowe - mniejsze zadania - wymagające wiedzy umieszczonej obecnie w różnych przedmiotach nauczania, a także wykraczającej poza nie. Metodologia MES (Modules of Employable Skills) została opracowana przez Międzynarodową Organizację Pracy. Jest to koncepcja szkolenia zawodowego, oparta na Modułach umiejętności zawodowych, które jest zorientowane na:
o wyuczenie niezbędnych i wymaganych umiejętności dla danego stanowiska pracy lub zawodu,
o elastyczne podejście do nauczania, polegające m.in. na możliwości uczenia się w tempie dostosowanym do predyspozycji uczenia,
o nową rolę nauczyciela, polegającą na motywowaniu, wspieraniu i poradnictwie dla uczniów,
o elastyczne dostosowywanie modułowych programów szkoleniowych do zmiennych potrzeb rynku pracy.
Kształcenie modułowe jest kształceniem zintegrowanym. Nie ma podziału na zajęcia teoretyczne i praktyczne. Kształcenie umiejętności praktycznych powinno odbywać się w odpowiednio wyposażonych pracowniach. W takich pracowniach są usytuowane stanowiska ćwiczeniowe ("stacje dydaktyczne"), zapewniające możliwość realizacji celów kształcenia praktycznego i teoretycznego. Pracownie kształcące w modułach nie wymagających drogiego wyposażenia powinny być usytuowane w szkołach, natomiast kształcące w modułach wymagających wyposażenia specjalistycznego - dopasowanego do aktualnego stanu technologii w danej dziedzinie - w centrach kształcenia zawodowego (np. centrach kształcenia praktycznego i centrach kształcenia ustawicznego). Podobnie jak w szkołach zawodowych, edukacja w szkołach policealnych kończy się zewnętrznym egzaminem - zgodnym ze standardami dla danego zawodu.
• licea uzupełniające - dla absolwentów szkół zawodowych, którzy będą chcieli kontynuować edukację i uzyskać pełne średnie wykształcenie; formy: stacjonarne, wieczorowe i zaoczne;
• odrębnymi typami szkół pozostają szkoły artystyczne I i II stopnia.
• pięcioletnie jednolite szkoły wyższe i równoległe dwustopniowe studia – trzyletnie licencjackie i dwuletnie uzupełniające.
Powyższe typy szkół nie wyczerpują całego zestawu, gdyż obowiązująca ustawa o systemie oświaty daje ministrowi właściwemu do spraw kształcenia i wychowania prawo określenia dodatkowych rodzajów szkół. Wprowadzenie nowego ustroju szkolnego w żadnym wypadku nie powinno zahamować cennych inicjatyw tworzenia szkół autorskich i poszukiwania nowych rozwiązań organizacyjnych w szkolnictwie publicznym i niepublicznym.
Obecny system edukacji był tworzony w myśl zasady "od przedszkola do doktoratu" i wraz z kształceniem ustawicznym powinien stanowić jeden system.