Zagłada grozi jednej czwartej wszystkich roślin na Ziemi. Faktyczna liczba ta jest jednak prawdopodobnie znacznie wyższa, ponieważ tysięcy gatunków jeszcze nie opisano. Główne zagrożenie to degradacja środowiska naturalnego, urbanizacja oraz nowoczesne metody uprawy pól, związane z wykorzystywaniem pestycydów. Dwie trzecie roślin, w tym wiele gatunków ginących, rośnie w tropikach, w zagrożonych zagładą lasach deszczowych. Często niebezpieczeństwem są dla nich kolekcjonerzy oraz sprowadzane przez człowieka roślinożerne zwierzęta, takie jak kozy, oraz inne rośliny, wypierające gatunki rodzime. Dla wielu gatunków zagrożeniem są kolekcjonerzy dzikich roślin, sprowadzający je do prywatnych ogrodów w Europie czy Ameryce Północnej. W ten sposób niemal zupełnie wyginęły rzadkie storczyki z Ameryki Południowej czy Azji południowo-wschodniej. W Portugalii i w Turcji każdego roku wykupuje się z ziemi i eksportuje miliony cebulek. Jedna trzecia gatunków roślin zagrożonych wyginięciem rośnie na wyspach. Palmie Hyophorbe lagenicaulis grozi szczególne niebezpieczeństwo, ponieważ występuje ona tylko na jednej wysepce nieopodal Mauritiusu. Rośliny wyspiarskie są bardzo wrażliwe na zmiany klimatyczne, choroby, degradacje środowiska i konkurencję z gatunkami prowadzonymi przez człowieka. Na wielu odludnych wyspach rzadkie rośliny padają ofiarą zwierząt roślinożernych, przywiezionych przez europejskich żeglarzy. Zagrożeniem są dla nich także rośliny ogrodowe, zagłuszające miejscową roślinność. Najpoważniejszym zagrożeniem dla roślin jest niszczenie ich siedlisk; wycinka lasów, osuszenie terenów podmokłych, nadmierny wypas zwierząt i zamienianie obszarów trawiastych w pola uprawne. Ludzie niszczą siedliska na coraz większą skale z powodu wzrostu liczebności populacji i coraz większe zapotrzebowanie na nowe tereny. Lasy deszczowe wycina się w alarmującym tempie, zwłaszcza w takich krajach, jak Filipiny. Wraz z roślinami giną miliony żyjących wśród nich zwierząt.