Wśród wielu zwierząt kopytnych koń pojawił się w trzeciorzędzie. W ubiegłym wieku istniały jeszcze wielkie stada dwóch dzikich przodków konia domowego, ale w ciągu kilkudziesięciu lat ich liczebność została zredukowana do zaledwie garstki osobników.
Pierwszy prymitywny koń (Eohippus hyracotherium) pojawił się w eocenie. Eohippus zamieszkiwał lesiste tereny Ameryki Północnej. Był mniej więcej wzrostu lisa, miał cztery palce w kończynie przedniej i trzy w tylnej. Wielopalczasta kończyna była odpowiednio przystosowana do życia na terenach bagnistych. Uzębienie było jeszcze pełne z niewielkimi siekaczami i kłami. Zęby trzonowe niezbyt duże, gładkie. Dieta Eohippusa składała się z owoców i miękkich liści, traw oraz krzewów. Jego sierść była prawdopodobnie nakrapiana albo paskowana, dzięki czemu upodabniał się do otoczenia. Został sklasyfikowany jako kopytny ssak roślinożerny pochodny. W Ameryce Eohippus ewoluował poprzez Orohippusa i Epihippusa.
Przodkowie konia zasiedlali kontynent eurazjatycki, który oddzielił się w okresie kredy od innych części pierwotnego kontynentu, Pangei, w dolnym zaś eocenie zaczął się dzielić się na Amerykę Północną i Eurazję. Skamieniałe szczątki pierwotnych koni zostały odkryte w tym samym czasie w Europie i Ameryce Północnej, gdzie nadano im różne nazwy. Richard Owen nazwał Hyracotherium zwierzęta odkryte w Europie nieco wcześniej niż amerykański paleontolog O. Ch. March nadał swoim zanleziskom nazwę Eohippus: "koń początkowy".
Warunki panujące w Ameryce Północnej były przyczyną przekształcania się konia. Drobne zwierzęta, żyjące pod osłoną lasu, wykształciły dłuższe kończyny, aby móc się poruszać szybciej po otwartym terenie, i stały się o wiele większe. Konieczność szybkiego poruszania się po twardej ziemi, spowodowała redukcję ilości palców. Nastąpiła również radykalna zmiana uzębienia, rozwój twardszych zębów przystosowanych do żucia trawy.
37 milionów lat temu (późny eocen) pojawiły się trzy nowe typy koniowatych Haplohippus, Mesohippus i Miohippus. Ostatnie dwa były bardziej rozwinięte i wykazywały największe podobieństwo do wspólczesnego konia. Mesohippus był nieco większy od Epihippusa, miał dłuższe nogi i szyję. Posiadał po trzy palce w przednich i tylnych kończynach oraz uzębienie lepiej przystosowane do pasienia się. Miohippus był znacznie większy. Miał dłuższą czaszkę. W okresie wczesnego miocenu, rodzina koniowatych podzieliła się na dwie główne gałęzie i trzecią znacznie mniejszą. Pierwsza określona jako Anchitiheris. Mniejsza, trzecia gałąź była linią karłowatych koni zwanych Archeohippus. Druga, główna gałąź koniowatych okazała się główną gałęzią koniowatych. Zęby w bardzo dużym stopniu przystosowały się do żucia i rozdrabniania pokarmu, stały się dłuższe i uzyskały zdolność do stalego wzrostu w miarę ścierania się koron. Te konie były dobrze przystosowane do biegania. Na skutek zaniknięcia miękkich poduszek na ich stopach, zwierzęta zaczęły chodzić wyłącznie na trzecim palcu. Wydłużenie pyska skutkowało powiększeniem odległości pomiędzi nim a oczami. Pozwoliło to na jednoczesne pasienie się i wypatrywanie zgrożenia ze strony drapieżników, tak jak u współczesnych koni. Opisane dotyczą Parahippusa, który szybko przekształcił się w pasącego się konia (Merychippus gunteri).
W miocenie pojawił się na stepach duży kuc Merychippus, który miał jeszcze trzy palce, ale opierał się o ziemię tylko palcem środkowym. Boczne palce były wyraźnie mniejsze i podlegały uwstecznieniu. Miał duże, złożone zęby trzonowe, pokryte szkliwem, dzięki temu zęby były jeszcze lepiej przystosowane do trawiastego pokarmu. Miał około metra wzrostu. Posiadał również większy mózg i dłuższy pysk. Ruch kończyn odbywał się wyłącznie do przodu i do tyły bez rotacji bocznych. W ciągu późnego miocenu, około 15 milionów lat temu, Merychippus dał początek dziewiętnastu nowym gatunkom, które można podzielić na trzy linie. Przedstawicielem pierwszej był Hipparion, który rozprzestrzenił się po Azji, Europie i Afryce i wyginął 400 000 lat temu. Protohippines należący do drugiej linii, w skład której wchodziły również Protohippus i Calippus. Trzecia linia wywodziła się od Merychippus primus, która droga ewolucji stała się prawdziwie wczesnym koniem. Około 5 milionów lat później z Merychippusa wykształcił się Pliohippus, który był prawie identyczny z współczesnym koniem, ale nie przekształcił się w niego. Krótko potem powstał Astrohippus i Dinohippus, który posiadał szczególne cechy konia, w budowie kopyta i uzębienia. Uważa się, że to właśnie on dał począteg Equus.
Człowiek poznał i miał wpływ jedynie na rodzaj Equus. Koegzystujący z człowiekiem Equus stenonis uważany jest za przodka koni wszystkich innych gatunków. W środkowym plejstocenie żył koń z Mosbach (Equus mosbachensis), koń Taubacha ( Equus taubechensis) i koń Abela (Equus abeli) żyły w górnym plejstocenie. Nieco później pojawiły się konie domowe, czyli Equus caballus. Konie wymarły w obydwu Amerykach około 10 000 lat temu , a następnie zostały tam reintrodukowane już jako zwierzęta domowe dopiero przez hiszpańskich konkwistadorów, a następnie koloniśtów. W Europie i Azji trwała ewolucja czterech prymitywnych ras koni, które żyły w odmiennych warunkach środowiska. W Azji występował koń stepowy Equus przewaski. Na zarośniętych równinach, położonych dalej na zachód żył Equus przewalskii gmelini, czyli tarpan. Zaś w Europie Północnej był ciężki, powolny koń, Equus przewalskii silvaticus, zwany też koniem leśnym lub dyluwialnym. Na terenach północno-wschodniej Syberii występował inny prymitywny koń, zwany tundra.
Koń Przewalskiego (Equus przewalski poliakov) odkryty został w 1881 roku przez Rosjaninia polskiego pochodzenia N. M. Przewalskiego. Dziś spotykamy go w ogrodach zoologicznych, gdzie jest rozmnażany, aby można było w przyszłości zrealizować plan wprowadzenia go do naturalnego środowiska w Mongolii. Charakterystycznymi elementami jego pokroju są: ciężka głowa z małymi, wysoko osadzonymi oczyma o tzw. garbonosym profilu. Mają bułane umaszczenie z ciemną pręgą wzdłuż grzbietu, szorstką, sterczącą grzywę i niekiedy prążki zebroidalne na nogach. W odróżnieniu od konia domowego ma 66, a nie 64 chromosomy.
Tarpan (Equus przewalski gmelini antonius) pochodzi z terenu Polski, jest lżejszy i szybszy od konia Przewalskiego. Sierść maści bułanej, jaśnieje na zimę. Być może istnieje związek między tarpanem a przodkami konia arabskiego. Koń ten jest praktycznie wymarłą rasą.
Koń leśny (Equus przewalski silvaticus) był grybokościstym, wolno poruszającym się zwierzęciem, dobrze przystosowanym do skubania paszy. Szerokie kopyta ułatwiały mu poruszanie się w bagiennym terenie, a gruba, gęsta sierść miała maskujące ubarwienie (jabłkowite). Obecnie wymarły. Uznaje się go za protoplastę europejskich ras pociągowych.
Tundra jest uważany za przodka lokalnie żyjących jakuckich kuców. Kuce mają długą sierść maści siwej. Nie ma dowodów na to, że koń z tundry odegrał istotną rolę w kształtowniu współczesnych ras.
Po przeprowadzeniu szczegółowej analizy kości wczesnych raz koni, ich uzębienia i innych cech, naukowcy doszli do wniosku, że jeszcze przed udomowieniem konia w Eurazji, mniej więcej 5-6 tysięcy lat temu, istniały cztery podgatunki Equusa. Nazwano je: kuc typu 1, kuc typu 2, koń typu 3 i koń typu 4.
Kuc typu 1 pochodził z północno-zachodniej Europy. Miał 120-122 cm wysokości w kłębie. Był twrdy i odporny na wilgotny i zimny klimat. Podobne są kuce exmoor oraz inne brytyjskie. Typ 1 posiadał niewielką głowę z prostym profilem, szerokie czoło i małe uszy.
Kuc typu 2 pochodził z północnej Eurazji. Miał 140-142 cm wysokości w kłębie. Bardzo odporny na zimno i trudne warunki atmosferyczne. Typ 2 miał masywną budowę, ciężką głowę o garbonosym profilu. Współczesnym odpowiednikiem jest kuc highland.
Koń typu 3 pochodził ze środkowej Azji, miał około 145cm wysokości w kłębie. Odporny na ekstremalne gorąco i chłód pustynnego klimatu. Charakteryzował się cienką skórą, szczupłą szyją oraz delikatnymi uszami, długa i wąską kłodą i ściętym zadem. Te typowe cechy możemy zauważyć u konia achałtekińskiego.
Koń typu 4 pochodził z zachodniej Azji. Uważany za przodka konia arabskiego. Miał 100-110 cm wysokości w kłębie, delikatną i szczupłą budowę ciała. Niezwykle odpornyna upał, miał dobre kości, małą głowę o wklęsłym profilu i wysoko osadzony ogon. Jego cechy można dostrzec u niezwykle atrakcyjnego miniaturowego konia kaspijskiego.
Proces ewolucji przebiegający od Eohippusa do konia dzisiejszego trwał miliony lat. Współczesne wierzchowce nadal się rozwijają, lecz te zachodzące zmiany reulowane są przez człowieka. To on decyduje o selekcji hodowlanej. Duży wpływ na ukształtowanie się współczesnego konia, miały konie arabskie, berberyjskie i hiszpańskie.
Wszytkie konie należą do rodziny Equidae- koniowatych, oraz do nowoczesnego rodzaju Equus, wewnątrz którego są zakwalifikowane do Equus caballus i podzielone na rasy. Możemy wyróżnić rasy naturalne i sztuczne. Do tej pierwszej zaliczamy zwierzęta, które drogą naturalnej selekcji wytworzyły zespół charakterystycznych cech niezbędnych do przeżycia i przekazują je kolejnym pokoleniom. Rasy sztuczne to takie, które są stworzone przez człowieka.
Wyróżniamy trzy typy krwi- gorąca, zimna i ciepła. Gorącokrwiste to konie o dobrej budowie, są szybkie i mają gwałtowny temperament. Pochodzą z klimatu pustynnego, więc są odporne na ekstremalnie wysokie temperatury. Zimnokrwiste to ciężkie konie pociągowe, które pochodzą z północnej Europy. Konie te są potężne, mocno zbudowane, ale o spokojnym i cierpliwym charakterze. Typowymi przedstawicielami dla tej krwi są suffolk punch, shire. Ciepłokrwiste, zwane również półkrwistymi, to mieszanka zimnokrwistego z gorącokrwistym. Przedstawicielami tej grupy są konie trakeńskie lub duński koń półkrwi.
Przy klasyfikacji koni możemy wziąć pod uwagę maść konia. Zmnienność maści jest uwarunkowana genetycznie, zależy odwzajemnego ułożenia 39 genów. Dzikie konie były umaszczone tak samo- bułano. Dopiero w wyniku hodowli udomowionych koni, mogły powstać różne maści. Konie bułane to takie, które mają jasnożółtą sierść na pigmentowej skórze. Grzywa i ogon są szaroczarne lub czarne. U większości koni występuje również ciemnobrązowa pręga na grzbiecie. Kasztanowata to brązowożółtawe zabarwienie sierści, a grzywa i ogon są tej samej barwy lub jaśniejszej. U kasztanowatych koni występuje ciemna skóra. Rozróżnia się odcienie: jasnokasztanowata, złotokasztanowata, kasztanowata, brynatnokasztanowata i ciemnokasztanowata. Konie gniade mają brązową sierść, a grzywa i ogon czarne, a nogi ciemniejsze od kłody. Możemy wyróżnić: jasnogniadą, gniadą, ciemnogniadą i skarogniadą. Maść kara- kłoda, kończyny, grzywa i ogon o jednolicie czarnym zabarwieniu. Rozróżnia się odcienie: kruczy- z połyskiem i wroni- bez połysku. Maść siwa- pigmentowana (ciemna) skóra pokryta białymi i czarnymi włosami. Z wiekiem konie siwieją i stają się coraz bielsze. Rozróżnia się ocienie maści siwej: ciemnosiwa, jabłkowita, jasnosiwa, siwa hreczkowata (brązowe plamki na białej sierści). Istnieje również maść biała (rzadko występująca), konie mają jasną (różową), niepigmentowaną skórę, białą sierść, grzywę i ogon. Palomino, czyli maść izabelowata, sierść złotawa, grzywa i ogon są jaśniejsze (prawie białe). Srokata, inaczej pinto, na całym ciele występują nieregularne białe łąty na tle innej maści. Można rozróżnić odcienie: gniadosrokate, kasztanowosrokate, karosrokate i siwosrokate. Tarantowata, na tle maści siwej rozsiane są nieregularne plamy maści karej, gniadej lub kasztanowej.