Dokładna data urodzenia Jana Kochanowskiego nie jest znana. Napis na nagrobku poety w Zwoleniu głosi, że poeta zmarł 22 sierpnia 1584 roku w wieku 54 lat, urodził się więc najprawdopodobniej w 1530 roku. Jednak jego biografia, pochodząca z 1612 roku informuje, że autor Odprawy posłów greckich urodził się w Sycynie w 1532 roku. Z kolei dzieło Stanisława Niegoszewskiego Ad Petrum Miscovium... Epigrammata Ioanni Kochanovio... z 1584 podaje, że Kochanowski zmarł mając 42 lata. Według Janusza Pelca najprawdopodobniejszą z tych dat jest jednak 1530 rok
Ojcem Jana był Piotr Kochanowski, średniozamożny ziemianin, który najpierw pełnił rolę komornika radomskiego, a później sędziego sandomierskiego. Matką poety była Anna Białaczowska, która w Dworzaninie polskim Łukasza Górnickiego została scharakteryzowana jako stateczna pani i bardzo trefna. Poeta miał rodzeństwo – Kaspra, Piotra, Mikołaja, Andrzeja, Jakuba, Stanisława, oraz Katarzynę, Elżbietę, Annę i Jadwigę, a także rodzeństwo przyrodnie (pierwszą żoną ojca była Zofia, córka Jana Zasady) – Druzjannę i Stanisława (zwanego "pierwszym" ze względu na wiek). Ojciec Jana Kochanowskiego zmarł w 1547 roku.
Wysoki poziom intelektualny panujący w domu rodzinnym prawdopodobnie wpłynął na fakt, że zainteresowania literackie wykazywał nie tylko Jan Kochanowski, ale i jego młodsi bracia: Mikołaj i Andrzej. Pod tym względem dom Kochanowskich wyróżniał się na tle okolicznej szlachty