Wraz z napływem kolonistów do obu Ameryk, kontynenty zaczęli zasiedlać także europejscy misjonarze. Ich pojawienie się w Nowym Świecie niosło za sobą zarówno pozytywne, jak i negatywne skutki.
Chrześcijańscy duchowni niszczyli kulturę pradawnych plemion indiańskich, które uważali za pogańskie i zabobonne. Tubylcy byli chrzczeni masowo i pod przymusem. Misjonarze, pod pretekstem szerzenia wiary dopuszczali się okrucieństw i wykorzystywali naiwnych Indian.
Jednak europejska "ewangelizacja" przyniosła wymierne korzyści rdzennym amerykanom. Prowadzący działalność głównie w Ameryce Południowej Zakon Jezuitów założył "Państwo Indiańskie". Liczyło ono około 150 tys. osób, z czego większość stanowili ochrzczeni Indianie z plemienia Guarano. Żyli oni w zorganizowanych społecznościach, zarządzanych przez indiańskie samorządy, choć władzę zwierzchnią sprawował Zakon Jezuitów. Niestety rozwój prężnie rozwijającego się państewka przerwali zaborczy Hiszpanie i Portugalczycy, zaniepokojeni jego rozwojem.
Po kilku wiekach od wspomnianych wydarzeń, możemy stwierdzić, że chrześcijaństwo w obu Amerykach, głównie w Południowej, ma się naprawdę dobrze. Przykładowo w Meksyku istnieje Sanktuarium Matki Boskiej z Guadelupe, otaczane wielką czcią.