Reformacja i kontrreformacja na ziemiach polskich

Przez niemal całe średniowiecze, od Lizbony po wschodnie krańce chrześcijańskiej Europy, występowały różnego rodzaju antykościelne, antychrześcijańskie bądź antypapieskie bunty. Ich przywódcy kwestionowali m.in. prawo papieży do zwierzchnictwa nad kościołami chrześcijańskimi, jednak Watykanowi zawsze udawało się prędzej czy później pokonać podobne rewolty. Wyjątek stanowiły Czechy, gdzie u schyłku średniowiecza popularność zdobył husycyzm. Dopiero w XVI w kryzys wewnętrzny w Kościele doprowadził w wielu krajach Europy do powstania niezależnych od Watykanu odłamów chrześcijaństwa, które to wydarzenia dały początek reformacji. Jej przyczyn w Polsce należy się doszukiwać w demoralizacji polskiego duchowieństwa. Co prawda księża świeccy w zasadzie umieli czytać i przynajmniej słabo pisać, ale analfabeci trafiali się wśród braci- laików i mniszek. Biskupi staropolscy właśnie na przełomie XVI i XVII wieku osiągnęli najwyższy poziom wykształcenia, 21% z nich mogło się legitymować dyplomem wyższej uczelni, niektórzy znali wiele języków, posługując się oczywiście łaciną. Byli jednak wśród duchownych ludzie o wątpliwej moralności i słabo wykształceni, zwłaszcza przed reformami Soboru Trydenckiego. Celibat łamany był nagminnie. Wsród wyższego duchowieństwa pojawiały się również przypadki symonii. Prawie legendarnym przykładem renesansowego biskupa może być Andrzej Zebrzydowski, uczeń Erazma z Rotterdamu. Ten dobrze wykształcony człowiek był jednak chciwym na zaszczyty i pieniądze karierowiczem. Pod koniec życia objął biskupstwo krakowskie, gdzie bezlitośnie łupił swoich poddanych, obracając się w otoczeniu pięknych kobiet. Ponoć zwykł mawiać: „Wierz i w kozła, byleś płacił dziesięcinę”. Zebrzydowski sympatyzował początkowo z protestantami, aby potem przekształcić się w gorącego orędownika kościoła narodowego.
Biskupi katoliccy byli nie tylko duchownymi, lecz i mecenasami sztuki, pełnili również najwyższe urzędy w państwie jako senatorzy. Ich rola w sejmie pełnym antyklerykalizmu nie była jednak łatwa, dodatkowo obowiązywała ich zależność wobec króla i wobec papieża. Chociaż postulowano o ich usunięcie z izby senackiej, nigdy do tego nie doszło.
Bogactwo poszczególnych duchownych zwiększała kumulacja beneficjów. Takie praktyki pogłębiały kryzys kościoła, gdyż zdarzało się, i to nierzadko, że jakiś prałat zbierał dochody z kilku beneficjów, nie pełniąc wcale funkcji kapłańskich i żyjąc jak wielki magnat. Również w zakonach nie działo się najlepiej. W tych bogatych jak bernardyni czy bożogrobcy wprowadzono godności opatów- komendatariuszy. Pogorszyło to stosunki wewnętrzne panujące w klasztorach. Niższe duchowieństwo było niezadowolone z sytuacji materialnej i nie czuło się związane z Kościołem. Dodatkowo dystans między Kościołem a wiernymi z niższych stanów społecznych stwarzały kwestie językowe. Wprawdzie kazania dla ludu głoszono w językach polskim, litewskim czy niemieckim, ale do drugiej połowy XVI wieku pieśni i liturgia kościelne sprawowane były po łacinie. Spora część chłopców uczyła się w szkołach parafialnych, bardziej jednak katechizmu i śpiewu kościelnego niż czytania i rachowania. Było to zgodne z panującym wówczas poglądem, że zbawienie jest ważniejsze niż oświata. Wielkie jednak znaczenie miała działalność Kościoła na tym polu, gdyż to jemu podlegała większość szkół w królestwie. Nauczyciele w szkołach parafialnych byli często nazywani klechami, która to nazwa była obraźliwym określeniem księży. W pierwszej połowie XVI wieku podupadła nie tylko szkolna, ale i charytatywna działalność Kościoła.
Dodatkowo, a może przede wszystkim duchowieństwo nie tylko posiadało szereg przywilejów (liczne ulgi podatkowe, zwolnienie z obowiązku wysyłania żołnierzy ze swoich dóbr w przypadku wojny), ale i chciało przyporządkować sobie szlachtę. Szczególnie drażniło Sarmatów uprzywilejowani prawne Kościoła. Sądy kościelne karały nie tylko księży, ale i zwykłych obywateli za odstępstwa od wiary katolickiej, uchylenia się od płacenia dziesięcin, kradzieże mienia kościelnego, ale i rozstrzygały sprawy małżeńskie, obyczajowe czy spadkowe. Społeczeństwo obciążone było dodatkowo dziesięciną, musiało również płacić na rzecz papieża świętopietrze (denar na głowę rocznie). Mieszczaństwo uważało, że potępiający lichwę Kościół ogranicza ich możliwości wzbogacania się. Ponieważ ani biskupi, ani kler nie przejmowali się pracą duszpasterską, więc chłopstwo wracało do religii pogańskich i wiary w przesądy. Mimo to wśród Polaków panowała duża, choć niezbyt głęboka religijność. Wprawdzie osoby Boga Ojca i jego Syna były dla ówczesnych abstrakcyjne, to kult Matki Boskiej i świętych był silny. Sytuacja wyznaniowa przed reformacją w Rzeczypospolitej przedstawiała się następująco: katolikami byli Polacy, Niemcy i Litwini. Niewiele mniejszą grupę stanowili prawosławni Rusini. Współistnieniu obu wyznań towarzyszyły wieczne utarczki. Do czasów Zygmunt Augusta panowie prawosławni nie mieli równego z katolikami dostępu do Rady Wielkiego Księstwa Litewskiego. Kościół prawosławny w Rzeczypospolitej był słabo zorganizowany i stosunkowo ubogi. Z innych religii znaczniejsza w Koronie była religia żydowska. Żydzi spotykali się z dużą tolerancją w ówczesnej Polsce, rozwijali szkolnictwo na poziomie szkół katolickich. Bywali często nadwornymi lekarzami czy bankierami królewskimi. Co prawda, stara rajczyni krakowska Katarzyna Weiglowa musiała w 1530 roku oświadczyć, że wyrzeka się i przeklina religię żydowską, a dziewięć lat później za jej szerzenie na sejmikach została spalona na Rynku Krakowskim, jednakże był to raczej odosobniony przypadek. Jeśli zaś chodzi o inne wyznania przedreformacyjne, nie miały one większego znaczenia. Byli to mahometańscy Tatarzy i narodowy chrześcijański ale monofizyczny (uznający dominacje boskiej natury w Chrystusie) kościół ormiański.
Ruch reformacyjny w Europie, a szczególnie na niemieckich ziemiach rozprzestrzeniał się bardzo szybko. Granica między Rzeszą Niemiecką a Koroną była otwarta, więc luterańskie „nowinki” mogły docierać do ówczesnych Polaków łatwo. Pozbawiona obrzędowości liturgia protestancka zniechęcała przyzwyczajonych do niej Polaków, tym bardziej, że obrazy czy rzeźby, których protestanci nie chcieli widzieć w zborach, dla ogromnej ilości niepiśmiennych chłopów były jedynym, oprócz kazań duchownych, źródłem wiary. Najważniejszym czynnikiem w niechętnym przyjmowaniu nowej wiary był jednak stosunek protestantów do władzy królewskiej. Luter popierał silną władzę państwową, co było sprzeczne z interesami szlachty. Ponadto, Zygmunt Stary już 24 lipca 1520 roku wydał edykt w Toruniu przeciw innowiercom, a w 1525 roku przeciw różnowiercom wschowskim (Luteranie). Co prawda, dokumentu tego nie realizowano ze zbytnią gorliwością, ale to nie ostatni edykt tego typu wydany przez Zygmunta Starego. Prócz tego naród niemiecki nigdy nie był przez Polaków szczególnie lubiany. Należy jednak pamiętać, że mieszczaństwo polskie, zwłaszcza z terenów Prus Królewskim i Wielkopolski było prawie w całości narodowości niemieckiej, a i w dużych miastach jak w Krakowie, Wilnie czy Lwowie nasi zachodni sąsiedzi stanowili znaczący procent ludności. Mieszczaństwo to utrzymywało ścisłe związki handlowe, kulturowe, ale i rodzinne i osobiste z miastami niemieckimi, w których reformacja się narodziła. Co prawda, oświata w XVI wieku podupadła, ale często oprócz synów szlacheckich, kształciły się i dzieci chłopów czy mieszczan. Otwierało to, przynajmniej w teorii (a czasem i w praktyce) bramy wyższych uczelni Europy Zachodniej.
Praktycznie natychmiast jednak reformacja ogarnęła Śląsk, Brandenburgię, Pomorze i Prusy Krzyżackie. Stąd równie szybko (około 1519-1520) przeszła do Prus Królewskich i Wielkopolski, obejmując Gdańsk, Toruń oraz Elbląg, gdzie w przeciągu dwudziestu lat zdominowała katolicyzm. Wspólnoty luterańskie powstały również w Krakowie, w Poznaniu, Lwowie czy w Wilnie. Znaczna ilość duchownych przejęła poglądy Lutra i wystąpiło przeciw hierarchii kościelnej porzucając parafie, klasztory i zrzucając celibat. W ślad za „Słowikiem z Wittembergii”- jak o Lutrze mówili zwolennicy, krytykowano wszystko: majątki kościelne, sprzedawanie odpustów, życie klasztorne, język łaciński w liturgii oraz sakramenty. Pierwszym luteraninem w Rzeczypospolitej jawnie wyznającym swoje poglądy był w 1518 roku gdański dominikanin Jakub Knade. Znany również był humanista szwedzki Joachim Vadiano, który szerzył naukę Lutra w Krakowie i Poznaniu, sekretarze królewscy Just Ludwik Decjusz i Mazur Jan Zambocki. Niektórzy zresztą byli bardziej radykalni niż sam Luter.
Ku reformacji zaczęło się skłaniać wojujące z Polską od 1519 roku państwo Zakonu Krzyżackiego z Albrechtem Hohenzollernem na czele Wielki Mistrz i jego brat książe Jerzy Karniowski kontaktowali się osobiście z Lutrem. To wojnie polsko- krzyżackiej, zakończonej tak zwanym Hołdem Pruskim 10.04.1525 roku Książe Albrecht wraz ze swoim państwem przyjął oficjalnie luteranizm i jako władca sekularyzowanych już Prus Książęcych stał się lennikiem króla polskiego. Było to pierwsze na świecie państwo protestanckie zarazem niezależne od Rzeszy. Oprócz niewątpliwych dobrych stron układu krakowskiego dużym minusem stało się powątpiewanie władców katolickim na czele z papieżem w prawowierność Polski. W Rzymie przerwano nawet proces beatyfikacyjne królewicza Kazimierza- brata Zygmunta I. Jednakże w Prusach pod wpływem nowej idei chłopi zaczęli myśleć o wolności ewangelicznej. Powstanie niemieckich i staropruskich chłopów rozpoczęło się nocą z 2/3 września 1525 roku we wsi Kaynem. Jego przywódcą został tamtejszy młynarz Kasper. Tysiące chłopów zagroziło Królewcowi, w którym prawie nie było wojska. Dzięki pomocy litewskiej i polskiej księciu Albrechtowi na czele 2,5 tysięcznej armii udało się zażegnać niebezpieczeństwo- 30.10 Pod Lauthen zmusił do kapitulacji oddziały buntowników, a ich przywódcę ścięto.
Zapalna sytuacja panowała też w Gdańsku, gdzie z dużymi nadużyciami rządziła potężna rodzina Ferbergów spokrewniona z biskupem, Maurycym Warmińskiem. Od 1522 roku narastało tam wierzenie pospólstwa i plebsu, które w trzy lata później zmieniło się w bunt pod wodzą kowala Piotra Koeninga. Obalono Radę Miejską, a zwycięskie pospólstwo sformułowało w tzw. „ Artykułach Gdańskich” projekty reform. Domagano się życia społecznego według zasad Chrystusa i wyboru urzędników wedle posiadanych kwalifikacji, a nie zamożności. Były też postulaty dotyczące spraw religijno-moralnych, jak np.: utrzymywanie ze środków publicznych starych i chorych mnichów(i zgromadzenie ich w jednym klasztorze), zredukowanie liczby duchownych i utrzymywanie ich ze środków publicznych, zniesienie cechów i bractw duchownych, a także ceremonie katolickich- postów, mszy, nabożeństw za zmarłych i kropienia woda święconą, głoszenia Słowa Bożego. Według zaleceń i przyzwolenia ludu miano wyganiać nierządnice z miasta. Utworzono nową Radę Miasta z mniej skompromitowanych patrycjuszy i przedstawicieli pospólstwa. Jednakże po stronie obalonej władzy stanął Zygmunt Stary, który w 1526 roku krwawo się z rewolucją rozprawił. Luteranizm w Gdańsku był jednak tak głęboko zakorzeniony, że represje spowodowały jego osłabnięcie, ale nie zanikł.
Tymczasem luteranizm zdobywał Niemcy i Europę. Wpływom tym podlegało też Księstwo Szczecińskie. Reformacja opanowała większość Śląska, w pierwszym rzędzie tereny zamieszkałe przez Niemców. Konsystosz luterański (najwyższe ciało kościelne) mieścił się w Brzegu, gdzie znajdowały się również szkoły kształcące pastorów. Opolszczyzna pozostała wierna katolicyzmowi. Wyjątkiem na skalę ogólnopolską stało się Księstwo Cieszyńskie zamieszkane w większości przez Polaków. Tamtejszy Książe Wacław II Adam zaraz po objęciu władzy (1545) rozpoczął sekularyzację dóbr klasztornych i ewangelizację kraju. Na rok przed śmiercią (1578) ogłosił luterański porządek kościelny. Jego syn Adam Wacław przyjął katolicyzm i odtąd przez 15 lat prześladował protestantów. Jednakże hasła reformacyjne przyjęły się w Księstwie bardzo głęboko, zwłaszcza wsród stanów niższych.
Połowa lat trzydziestych XVI w przyniosła próby osiedlania się na ziemiach polskich anabaptystów – radykalnego nurtu reformacyjnego odrzucającego chrzest dzieci. Chociaż nurt nie był spójny, wspólnymi postulatami nowochrzczeńców było zrezygnowanie z przedmiotów kultu ( obrazy, ołtarze, świątynie) oraz konieczność zasadniczej zmiany życia społecznego w celu powrotu do ideałów pierwotnego chrześcijaństwa. Ruch narodził się pośród zwolenników Urlicha Zwingllego w Szwajcarii, ale ze względu na radykalizm potępiali go Zwinglli, Luter i Kalwin, a bliski współpracownik Lutra- Melanchton żądał dla nich kary śmierci. Anabaptyści osiedlali się na Śląsku, w Wielkopolsce ( okolice Międzyrzecza i Wschowy) oraz na Lubelszczyźnie ( Kraśnik). Zwykle nie pozostawali długo w jednym miejscu ze względu na niechęć miejscowych władz.
W tym samym okresie rozpoczął się pierwszy etap antyklerykalnej walki politycznej szlachty z ruchu egzekucyjnego. Protestantami byli: Mikołaj Rej, bracia Mikołaj i Jakub Filipowscy (margrabiowie krakowscy). Mówi się też, że zwolennikiem reformacji był przywódca wojny kokoszej, kasztelan krakowski Marcin Zborowski. Postulowano częściową sekularyzację dóbr kościelnych i zniesienie obowiązku płacenia zaległej dziesięciny. W tym zakresie szlachta odniosła połowiczne i raczej doraźne sukcesy. Udało się za to zawiesić jurysdykcję duchownych nad szlachtą, ale stało się to dopiero w 1563 roku. Lata czterdzieste i pięćdziesiąte to okres największego oporu Sarmatów przeciw opłatom na rzecz Kościoła.
Wśród ludności rdzennie polskiej reformacja początkowo zyskiwała niewielu zwolenników. Nieco lepiej rzecz się miała na Litwie. W Małopolscy działał Jakub z Ilży, który doprowadził do wywołania tumultów religijnych w Krakowie. Pozostawił po sobie również wielu uczniów.
W latach czterdziestych zasadnicze znaczenie dla szlachty miały wyjazdy do uniwersytetów niemieckich. Szczególnie popularny był luterański Uniwersytet Lipski. Zamożniejsi kształcili się w Wittemberdze, a ubożsi w Królewcu. Sympatyków reformacji można było spotkać nawet w Padwie.
W tym okresie głośna stała się sprawa Jana Łaski Młodszego, bratanka zmarłego prymasa Polski, tytularnego biskupa weszpreńskiego, który w 1540 roku ożenił się z córką tkacza z Niderlandów. Pozbawiono go majątku, co zmusiło go do wyrzeczenia się nauki Lutra. Wyjechał potem do Niemiec, gdzie w 1543 roku regentka Fryzji Wschodniej, Anna Oldemburska nominowała go na zwierzchnika wszystkich kościołów w tym księstwie. Łaski stał się tamtejszym pionierem reformacji, a ponieważ odniósł sukces arcybiskup Tomasz Crammer zaprosił go w siedem lat później do Anglii, gdzie otrzymał od Edwarda VI tytuł superintendenta zborów dla cudzoziemskich protestantów uciekających przed prześladowaniami. Łaski zreorganizował zbory w duchu kalwińskim, postulował demokratyzację życia religijnego, napisał katechizm, na którym opiera się ten obowiązujący w kościele ewangelicko-augsburskim. Działał również na dworze księcia Albrechta i innych książąt niemieckich w celu utworzenia wielkiej koalicji przeciw papieżowi i cesarzowi, co jednak się nie udało. W 1553 roku z powodu represji „Krwawej Mary” Łaski opuścił Anglię, a trzy lata później wrócił do Polski. Przywitała go tu wrogość duchowieństwa, jednak Zygmunt August pozwoli mu zostać w królestwie. Łaski snuł koncepcję przekształcenia kościoła polskiego w kościół narodowy, oparty na silnej władzy królewskiej, do czego jednak nie doszło. Wówczas starał się zjednoczyć polskich protestantów, jednakże z powodu niechęci luteran zamiary te nie zostały zrealizowane. Zajął się więc reorganizacją zborów małopolskich, ale wkrótce zmarł (1560 rok). Miał też brać udział w przekładzie Biblii Brzeskiej, ale nie jest to pewne. Łaski był jedynym polskim działaczem reformacyjnym o znaczeniu europejskim. Jego podobizna widnieje na Pomniku Reformacji w Genewie.
Wracając do lat czterdziestych XVI wieku, ważnym wydarzeniem było założenie ok. 1542 roku w Krakowie koła sympatyków reformacji, tzw. Koła Trzecieskiego, do którego należeli między innymi: Andrzej Trzecieski Starszy, Wawrzyniec Discordia i Jan Koźmińczyk (kaznodzieje Zygmunta Augusta), Franciszek Lismanin, Bernard Wojewódka, Andrzej Zebrzydowski, Andrzej Frycz Modrzewski oraz Jakub Uchański. Koło przeżywało okres największego rozkwitu w 1545 roku, a rozpadło się w dwa lata potem wraz ze śmiercią założyciela. Skrytym sympatykiem reformacji był kanclerz wielki koronny Tomasz Sobocki. Protestantami byli również kasztelan poznański i starosta generalny Wielkopolski Andrzej Górka oraz wojewoda ruski i kasztelan radomski Piotr Firlej.
Reformacja, a szczególnie kalwinizm przeżyło swój rozkwit za panowania Zygmunta Augusta, chociaż dopiero w latach 1556-65 wydeklarowały się konkretne wyznania. Ostatni z Jagiellonów był człowiekiem renesansu- kochał piękne klejnoty i piękne kobiety. Słynął z mądrości politycznej, ale i z niezdecydowania, w sprawach religijnych był raczej obojętny. W 1549 roku Jan Kalwin zadedykował mu jedną ze swoich książek, a w 5 lat później to samo uczynił brazylijski twórca teorii tolerancji wyznaniowej Celio Secondo Curione. W latach 1557-59 Zygmunt August zagwarantował miastom pruskim wolność wyznania augsburskiego, ten sam przywilej w 1561 roku otrzymały Inflanty. Trudno się dziwić, że czasy jego panowania sprzyjały rozwojowi reformacji. Nie trwało to jednak przez cały ten okres- dążąc do uznania Barbary Radziwiłłówny królową, Zygmunt August pokłóci się z większością różnowierczej szlachty i związał się z duchowieństwem. Pomimo to polski Kościół przeżywał największy kryzys w historii, ale i zbór kalwiński z powodu rozumu ariańskiego w latach sześćdziesiątych podupadł i już nigdy nie wrócił do dawnej świetności. Pod koniec panowania ostatniego Jagiellona przygasł również ruch egzekucyjny. Wiele zyskał za to ogół szlachty polskiej: współudział w rządach, tolerancję wyznaniową i zwolnienie od jurysdykcji kościelnej. Rosła pańszczyzna chłopska. Dopełnieniem wszystkiego stała się zaraza, która ponoć zabiła Zygmunta Augusta i Andrzeja Frycza Modrzewskiego.
Luteranizm wśród ówczesnych Polaków szybko zanikał. Jednym z ostatnich reformatorów w tym okresie był Paweł Vergerius. Końcowym zrywem polskiego luteranizmu była konfesja przedłożona królowi na sejmie w 1555 przez proboszcza konińskiego Stanisława Lutomirskiego. Głównymi ośrodkami zanikającego wyznania były Bojarowo i Grodzisk w Wielkopolsce Toruń oraz Węgrów na Podlasiu. Ostatnimi wybitni działacze to Eustachy Trąbka i Erazm Gliczner.
Bracia czescy nieprzyjęci przez luteran pruskich, osiedlali się w latach 1516 – 1560 głównie w Wielkopolsce, pozyskując do swej wiary niektórych magnatów, jak np. Leszczyńskich, szlachtę i mieszczan polskich, a także niemieckich. Głównymi ich ośrodkami były Leszno i Ostroróg. Bracia czescy byli bardzo pracowitymi rzemieślnikami, co ułatwiało im nawiązać kontakt z miejscowym mieszczaństwem. Z powodu różnic ideałów społeczno – moralnych, trudniej było znaleźć im wspólny język z tamtejszą szlachtą. W 1555 roku bracia czescy zawarli w Koźmirku ugodę z protestantami małopolskimi i usiłowali kierować polską reformacją, jednak unia w dwa lata później rozpadła się z powodu niechęci szlachty i wrogości Jana Łaskiego.
W latach czterdziestych XVI wieku w Koronie zaczęli pojawiać się kalwini, którzy w następnym dziesięcioleciu stali się wiodącą siłą protestantyzmu polskiego. Na zachodzie Europy kalwinizm był prądem po części mieszczańskim, zwalczającym silną władzę państwową i popierającym wszelkie ruchy wyzwoleńcze. Na wschodzie Starego Kontynentu przyjął się głównie w Koronie i na Węgrzech. W 1550 roku odbyło się pierwsze na ziemiach polskich nabożeństwo kalwińskie w Pińczowie. Pięć lat później na zjeździe w Gołuchowie k. Kalisza większość protestantów opowiedziała się za kalwińskim pojmowaniem sakramentów. W 1552 roku Szymon Zakcjusz wprowadził kalwinizm na Litwie.
Wspólną cechą łączącą kalwinizm i szlachtę polską był „demokratyzm” i niechęć do władzy centralnej. Panowie ówcześni jako patronowie stwarzali iluzję, że ucieleśniają wszystkich wiernych i pod pozorem demokratyzacji uzależnili od siebie ministrów (duchownych kalwińskich) i swoją wiarę usiłowali narzucić poddanym. Szlachta zasiadała nierzadko w radzie senioralnej zboru, a więc zajmowała się finansami parafii, co prowadziło do licznych nadużyć. Stał się więc kalwinizm typową religią szlachecką, która nie wzbudzała zainteresowania u chłopów. Dodatkowo po synodzie w Książu Wielkim w 1560 roku kaznodzieje plebejscy zostali odsunięci od faktycznego kierowania zborem. W stosunku do chłopów panowie kalwińscy byli często gorsi niż katoliccy, ponieważ zmuszali ich do pracy w święta, zagarniali płacone przez nich dziesięciny i zmuszali do konwersji.
Szczyt rozwoju kalwinizmu przypadł na ostatnie lata życia Jana Łaskiego (1556 – 1560), którego ze względu na duży autorytet słuchała większość protestanckiej szlachty, a czasem nawet i król. Niektórzy historycy twierdzą, że gdyby Łaski żył kilkanaście lat dłużej, Polska byłaby prawdopodobnie krajem ewangelicko- reformowanym.
Kalwinizm polski zorganizował w 1561 roku nieudaną wyprawę na Mołdawię w celu ewangelizacji tych ziem, poprzez osadzenie na tamtejszym tronie greckiego awanturnika Jakuba Heraklidesa zwanego Basilikosem.
Rzadko w czasach reformacyjnych budowano nowe świątynie, przeważnie zmieniano już istniejące kościoły katolickie na zbory, co uważane było za profanację i przebiegało w różny sposób. Ta procedura rozpoczęła się już pod koniec panowania Zygmunta Starego. Charakterystycznym zjawiskiem lat sześćdziesiątych XVI wieku była profanacja hostii. Większość budynków sakralnych wzniesionych przez innowierców pochodzi z XVII wieku, kiedy to z dekretu Zygmunta III Wazy musieli oni oddać przywłaszczone sobie kościoły.
Protestantyzm miał w Polsce wielu zwolenników, jednak serce polskiej reformacji biło w Małopolsce: w Krakowie, na Ponidziu i w okolicach Lublina. Kalwinizm podzielił się na prowincje: małopolską ( która w 1560 roku podzieliła się na dystrykty: pińczowski, pierwszy krakowski ze zborem w Kazimierzy, drugi krakowski ze zborem w Pałecznicy, wodzisławski, krakowsko-wielicki, podgórski, sandomierski, radomski i sanocki, potem jeszcze na oświęcimsko- zamorski, ruski, lubelski, bełski, chełmski, kujawski) i drugą litewsko- podlaską. Natomiast luteranizm na ziemiach polskich był słabo zorganizowany.
Pod wpływem protestantów i ruchu egzekucyjnego pojawiła się koncepcja kościoła narodowego. Już około 1555 roku jej zwolennicy żądali języka polskiego w nabożeństwie, zniesienia celibatu księży, komunii wiernych pod dwoma postaciami i zwołania w Koronie synodu narodowego. Głównym twórcą idei był Andrzej Frycz Modrzewski. Następnym krokiem miało być zwołanie soboru narodowego, czego domagano się na burzliwym sejmie piotrkowskim ( 1562-63). Rok później król wysłał w tym celu kasztelana sandomierskiego Stanisława Maciejewskiego do Rzymu, jednakże jego misja zakończyła się niepowodzeniem, o co zabiegał Stanisław Hozjusz. Zwolennicy kościoła narodowego szansy upatrywali w Zygmuncie Auguście, a konkretniej w jego zamiarze rozwiedzenia się z Katarzyną Habsburżanką. Ich plany pokrzyżowała śmierć królowej. W parę miesięcy później umarł Zygmunt August.
O arianach pisano bardzo wiele, ale nie bardzo wiadomo od czego pochodzi ich druga nazwa chrystianie: czy od naśladownictwa Chrystusa, czy od ponownego chrztu. Nazywano ich też fotynianami, braćmi polskimi, nurkami, socynianami, ebionitami, samosatenianami itd. W pierwszej połowie XVI wieku nowożytny nurt antytrynitarzy narodził się we Włoszech, stamtąd przybył i rozwinął się w Rzeczypospolitej. Arianie pochodzili przeważnie z ziem polskich, chociaż wpływy obce (głównie włoskie niemieckie) odegrały dużą rolę w tworzeniu tego ruchu. Nie można zapomnieć, że bracia polscy wyodrębnili się bezpośrednio z kalwińskiego zboru małopolskiego w latach 1562-65, a więc wywodzili się z francusko – szwajcarskiej gałęzi reformacji. Ostateczny rozłam z kalwinizmem przypieczętowała dysputa piotrkowska z 1562 roku, a dwa lata wcześniej protestancki synod w Księżu potępił braci polskich. Wpływ na etykę twórców arianizmu wywarli bracia czescy, a na ich dogmatykę silnie oddziaływała religia mojżeszowa. Różniący się w wielu poglądach bracia polscy zgadzali się w czterech kwestiach: odrzuceniu dogmatu Trójcy Świętej, stawianiu etyki ponad dogmatyką ( niektórzy głosili nawet, że zbawiony może być człowiek uczciwy, wierzący w złe dogmaty), radykalnym uproszczeniu obrzędów religijnych i bojkotowaniu przedmiotów kultu oraz w kwestii tolerancji religijnej. Różne były metody dochodzenia przez arian do głoszonej prawdy. Początkowo myśleli raczej irracjonalnie i biblistycznie, traktując Pismo Święte bardzo literalnie, jako bezwzględny miernik i drogowskaz, ale już Szymon Budny i Faust Socyn mówili o racjonalnym spojrzeniu na Biblię. Włoski uczony głosił umiarkowanie, odrzucał poglądy utopijne i postulował pokój. Negował znaczenie śmierci Jezusa na krzyżu, a zbawienie przypisywał etyce postępowania, nie zaś wierze. Dowodził również nielogiczności dogmatu o grzechu pierworodnym. Po jego śmierci racjonalizm rozwijał się nadal, stopniowo zbliżając się ku deizmowi i nawet do filozofii świeckiej.
W latach sześćdziesiątych XVI wieku nastąpiło wśród arian zamieszanie w rozumieniu antytrynitaryzmu: pojawili się trydeiści uznający osoby Trójcy Świętej jako trzy oddzielne bóstwa, dyteiści, którzy nie uznawali Ducha Świętego i wiodący prym unitarianie wierzący tylko w Boga Ojca. W 1558 roku pojawił się w szeregach arian anabaptyzm. Nowochrzczeńcy ariańscy tym tylko różnili się od reszty, że w czasie chrztu zanurzali się całkowicie w wodzie.
Najważniejsze w ideologii arian było potępienie podstaw prawnych stosunków między panem a chłopem, a także renty feudalnej. Zdarzały się jednak przypadki szlachty ariańskiej najpierw dającej plebejuszom wolność, a potem ją im w okrutny sposób zabierającej. Dziedzice wyznający antytrynitaryzm byli z reguły tolerancyjni, chociaż zdarzały się przypadki niszczenia przedmiotów kultu katolików.
Z plebejską ideologią łączyło się u braci polskich nie docenienie nauki świeckiej. W prawdzie uczeni ariańscy zasłużyli się dla języka polskiego, jednak do szkół wyższych mieli raczej nie przychylny stosunek. Zerwali z tym jednak pod koniec XVI wieku. Zakładali szkoły stojące na wysokim poziomie( jak np. gimnazjum humanistyczne w Lewartowie). Około 1601 roku powstała półwyższa Szkoła Rakowska. Szkolnictwo ariańskie było w zasadzie świeckie, kładło nacisk na język ojczysty z dużym działem nauk etyczno- obywatelskich oraz matematycznych. Bracia polscy, choć byli nieliczną organizacją, odegrali ogromną rolę w polskiej kulturze poprzez swoją działalność oświatową, drukarstwo, a także literaturę.
W latach 1570- 1620 w Rzeczpospolitej działało od 65 do 100 zborów ariańskich, potem jeszcze mniej. Zbory znajdowały się głównie na Sądecczyźnie, Lubelszczyźnie, Wołyniu i Białorusi. Nie możliwe jest określenie liczby braci polskich w XVI wieku, kiedy to należała do nich część mieszczaństwa i chłopstwa. Około 1620 roku było ich od kilkunastu do 20 tysięcy, a w połowie XVII wieku już jakieś 10 tysięcy. Są to oczywiście w skali Rzeczpospolitej liczby marginalne, nie mniej jednak arianie stanowili silna organizację.
Arianizm swoje okresy świetności miał około 1570 i 1620 roku. Potem było już tylko gorzej, z każdą wojną, czy wolną elekcją ubywało braciom polskim sił i mogli już tylko piórem walczyć o tolerancję. W 1638 roku, pod pretekstem sprofanowania krzyża przez studentów zlikwidowano Akademię Rakowską. Usiłowano ich wyrzucić z ziem polskich już w 1564 i w 1566 roku, ale udało się to dopiero po najeździe szwedzkim. W czasie potopu odstąpiła od Jana Kazimierza większość szlachty, to samo zrobili arianie, którzy jednak szczególnie gorliwie poparli luterańskiego Karola Gustawa i kalwińskiego księcia Siedmiogrodu Jerzego III Rakoczego. Po odparciu Szwedów, w odwecie za poparcie udzielone im przez protestantów w 1656 roku spalono Leszno. A w dwa lata później sejm skazał braci polskich na wygnanie.
Wróćmy jednak do szesnastowiecznej reformacji. Interesująco kształtował się stosunek do niej dwóch zasadniczych stronnictw w Rzeczpospolitej – szlachty i magnaterii. Znaczna część świeckich magnatów w drugiej połowie XVI wieku była różnowiercami, jednak większość jednocześnie wspierała katolickich Habsburgów. Na czoło opiekunów reformacji na Litwie wysunęli się bracia Mikołaj Czarny (który wprowadził i umocnił kościół ewangelicko – reformowany na Litwie i umacniał pozycję kalwinizmu na polskich ziemiach, ponadto był twórcą potęgi Radziwiłłów) i Mikołaj Rudy Radziwiłłowie, braci polskich popierał inny wielki magnat, Jan Kiszka. Szlacheckie stronnictwo egzekucyjne walczyło natomiast z Kościołem, a czasem i z protestantami (np. z Mikołajem Radziwiłłem Czarnym).
W Rzeczpospolitej w drugiej połowie XVI wieku istniało co najmniej 700 zborów, z czego ponad 420 kalwińskich i więcej niż 140 luterańskich. 14 maja 1570 roku doszło do podpisania między braćmi czeskimi, luteranami, a kalwinami porozumienia zwanego zgodą sandomierską. W obradach nie brali udziału arianie, ponieważ nie uznali dogmaty o Trójcy Świętej. Postanowiono uznać wzajemne sakramenty oraz kaznodziejów. Planowano wspólne synody. Stworzono projekt konstytucji gwarantującej protestantom zrównanie prawne z katolikami i prawosławnymi, zniesienie jurysdykcji Kościoła nad osobami świeckimi, wolność wyznania czy darowanie zaległych dziesięcin. Co prawa w 1555 roku obóz protestancki przedłożył królowi na sejmie wspólne wyznanie wiary, ale niedługo potem doszło do rozłamu ariańskiego. Z planów połączenia się wyznań ewangelickich nic nie wyszło, ale na synodzie w Sandomierzu postanowiono m.in.:
- odrzucenie i wyklęcie ze społeczności protestanckiej arian
- każde wyznanie zachowało własną dogmatykę i obrzędowość, a tylko poświadczono sobie prawowierność
- w nauce o Eucharystii przyjęto za luteranami, że Ciało i Krew Chrystusa są istotnie udzielane pod postaciami wina i chleba.
Zgoda sandomierska to pierwszy polski akt ekumeniczny. Przygotowywała grunt pod konfederację warszawską.
Projekt konstytucji gwarantujący szlachcie wolność wyznania został jednak przez sejm odrzucony. Tymczasem 7 lipca 1572 roku zmarł Zygmunt August. W obliczu owej elekcji obóz protestancki znalazł się bez żadnych gwarancji dla swojego wyznania. Stąd na żądanie szlachty ewangelickiej sejm konwokacyjny powołał specjalną komisję pod przewodnictwem biskupa Stanisława Karnkowskiego, która 28 stycznia 1573 roku opracowała akt konfederacji warszawskiej, która w sprawach religijnych postanawiała:
- bezwarunkowy i wieczysty pokój między wyznaniami;
- szlachcie, mieszczaństwu i innym wolnym obywatelom zagwarantowano pełne równouprawnienie niezależnie od wyznania.
Niektórzy historycy przyjmują, że szlachcie przyznano władzę cuius regio, eius religio, ale odrzucono ten zapis na wniosek szlachty sandomierskiej. Najwięcej kontrowersji budzi ostatni zapis „Tam in spiritualibus, quam in secularibus”. Jedni uważają, że chodzi tu o pełnię władzy w rzeczach wiary, inni twierdzą, że tylko o władzę feudalną w duchownych i świeckich dobrach. Konfederacja nie mówiła nic o tolerancji wyznaniowej dla chłopów, faktycznie byli jednak podlegli w tych sprawach dziedzicom. Akt konfederacji odrzuciła większość polskich biskupów na czele z Jakubem Uchańskim, a także szlachta mazurska, natomiast podpisał się pod nim biskup krakowski Franciszek Krasiński. Konfederacja warszawska sprawiła, że w XVI- wiecznej Europie Rzeczpospolita zyskała miano „azylu dla heretyków”, natomiast współcześni historycy określają ją mianem „państwa bez stosów”.
W 2003 roku akt konfederacji wpisano na listę UNESCO Pamięć Świata.
Ostatnim spektakularnym zwycięstwem reformacji było zaprzysiężenie tolerancji przez gorliwego katolika Henryka Walezego, które wymusił na nim kanclerz wielki koronny Jan Firlej. Podczas zamieszania w trakcie składania przysięgi miał powiedzieć „Iurabis rex, promisisti” - Przysięgniesz, Królu, obiecałeś. Według innej wersji wyraził się jeszcze ostrzej (Si non iurabis non regnabis – Jeśli nie przysięgniesz, nie zostaniesz krolem). Henryk nie miał wielkiego wyboru, a więc przysiągł, a jego następca Stefan Batory zrobił to bez większych oporów. Książe Siedmiogrodu (któremu w otrzymaniu tronu polskiego pomogły działania arian) był władcą tolerancyjnym. Wydał specjalny dekret dla umorzenia tumultów religijnych w Krakowie. Mawiał też ponoć „Ja panuję nad ludźmi, a Bóg nad sumieniami”. Mimo to Batory był gorliwym katolikiem, to m.in. dzięki niemu Kościół polski przyjął uchwały soboru trydenckiego, wspierał również działalność jezuitów i z Sykstusem V współtworzył ligę antyturecką. Jego następca Zygmunt III Waza nie był już tak tolerancyjny. Co prawda na początku panowania przestrzegał postanowień konfederacji warszawskiej, 2/3 wybranych przez niego senatorów stanowili protestanci i patronował spotkaniom ewangelików z prawosławnymi( które do niczego nie doprowadziły), ale był przeciwny idei zjednoczenia się wyznań protestantów. Kiedy stracił szanse na tron w Szwecji zaczął bardzo żywo wspierać kontrreformację oraz działania Jezuitów. Miał nawet plany rekatolizacji Szwecji i Moskwy (co prawda tą ostatnią zajął, ale nie na długo). Za czasów panowania jego syna, Władysława IV sejm zamknął szkołę ariańską w Rakowie i zburzono zbór protestancki w Wilnie, ale król nie miał z tymi wydarzeniami nic wspólnego. Wręcz przeciwnie, usiłował doprowadzić do porozumienia między katolikami a protestantami. Natomiast jego brat Jan II Kazimierz w 1654 roku uchwalił dekret przeciw cudzoziemskim protestantom, za jego panowania sejm wygnał arian z Rzeczpospolitej, a w 1668 roku zakazał konwersji z katolicyzmem.
Schyłek reformacji rozpoczął się już pod koniec panowania Stefana Batorego, ale niespokojne lata 1591 (kiedy to tłum krakowski zniszczył dwa zbory protestanckie) i 1592 przyśpieszyły jej koniec. W 1595 roku doszło do rozłamu między luteranami a kalwinami. W 1606 roku pod hasłami antyklerykalnymi i antykrólewskimi rozpoczął się Rokosz Zebrzydowskiego, któremu sekundowało wielu protestantów. Skutki buntu były dla nich niemalże tragiczne, w 1608 roku masowym zjawiskiem okazała się wśród nich konwersja na katolicyzm. W okresie potopu szwedzkiego konieczność walki z okupantem pogodziła szlachtę i Kościół. W pierwszej połowie XVIII wieku nasiliły się działania kontrreformacyjne. Tylko arianie byli tak dobrze zorganizowani jak Jezuici. Zupełny upadek protestantyzmu nastąpił po najeździe Szwedów. Co prawda Luteranie zawarli w 1678 roku w Lesznie porozumienie z Kalwinami zwane amica complanatio, ale był t tylko łabędzi śpiew polskiej reformacji. W dobie Oświecenia z polskiej reformacji pozostały już tylko szczątki. Pod koniec XVIII wieku na 12 milionów mieszkańców kraju tylko około 1,7 % z nich (200 tys.) było protestantami, pozostało już tylko 160 zborów, z czego 100 niemieckich. Rosnąca nietolerancja społeczna doprowadziła do zamieszek religijnych w Toruniu w 1724 roku, podczas których ewangelicy splądrowali kolegium jezuickie. W wyniku zajść skazano na śmierć dziewięciu protestantów i dwóch protestanckich burmistrzów Torunia na śmierć. W pierwszej połowie XVIII wieku sejm zakazał publicznego odprawiana nabożeństw protestanckich, wykluczył różnowierców z sejmu i senatu, nie mniej jednak nigdy nie wygnał luteran ani kalwinów.
Okres reformacji stanowił szczyt rozwoju staropolskiej kultury szlacheckiej. Piśmiennictwo różnowiercze podniosło rangę języka polskiego i rozwinęło myśl tolerancyjną. Tworzyli między innymi: Andrzej Frycz Modrzewski, Mikołaj Rej czy Wacław Potocki, zakładano wartościowe szkoły. Powstały tłumaczenia Pisma Świętego. Biblia Brzeska (zwana też Pińczowską lub Radziwiłłowską) – pierwszy protestancki przekład Pisma Świętego na język polski i jednocześnie trzeci protestancki przekład w Europie. Wydany przez polskich kalwinów w 1563 roku. Przekład był staranny i precyzyjny, wierny oryginałowi, napisany piękną, szesnastowieczną polszczyzną, o wysokim poziomie artystycznym i literackim. Następnego przekładu dokonał arianin Szymon Budny. Jego Biblia Nieświeska ukazała się w 1574 roku. Była ona znacznie słabszym przekładem niż jej poprzedniczka, gdyż Budny wprowadził do tłumaczenia wiele hebraizmów i neologizmów, a ponadto zafałszował tekst usuwając z niego wszystkie odniesienia o bóstwie Chrystusa, ponieważ uważał je za późniejszy dodatek. Ostatnim, i chyba najpopularniejszym protestanckim przekładem była służąca przez ponad trzysta lat ewangelikom na całym świecie i wydawana ponad dwadzieścia razy do XX wieku Biblia Gdańska. Przekładu dokonali polscy kalwiniści, bracia czescy oraz luteranie, Biblia Gdańska pierwszy raz ukazała się w 1632 roku.
Protestanci rozbudowali również szlacheckie stronnictwa egzekucyjne. Mimo wszystko reformacja upadła i stała się w dziejach Polski tylko epizodem.
Na wystąpienia reformacyjne na ziemiach polskich Kościół musiał zareagować. Jednak kiedy nowy nurt religijny pojawił się w Koronie w latach 20 i 30 XVI wieku, Kościół był poważnie osłabiony przez wewnętrzne spory i brak dyscypliny wśród duchowieństwa. Z tego względu początkowo kontrreformacja koncentrowała się na dysputach religijnych z protestantami, które jednak nie prowadziły do przekonania żadnej ze stron, czasem sprzyjały rozprzestrzenianiu się nowych wyznań.
Atutem katolicyzmu było ograniczone poparcie społeczne dla reformacji, która początkowo większymi wpływami cieszyła się jedynie w większych miastach Prus Królewskich i Prus Książęcych (zamieszkałych przeważnie przez Niemców), Inflantach, Księstwie Kurlandii i Semigalii, wśród średniej szlachty sandomierskiej, lubelskiej a także na pograniczu Księstwa Żmudzkiego i województwa wileńskiego. Z reguły reformacja cieszyła się poparciem tylko części magnatów, mieszczaństwa i drobnej szlachty. Od początku cierpiała na brak szerszego kręgu zwolenników, a co za tym idzie funduszy, ponieważ możnowładcy (na ograniczona skalę) woleli konfiskować majątki kościelne niż finansować parafie protestanckie (a funduszy brakowało nawet na druk Biblii Brzeskiej). W tym czasie katolicyzm zachowywał raczej niezmieniony stan posiadania. Kolejną słabością polskiej reformacji było jej utożsamianie ( w XVII i XVIII wieku) z interesami sił obcych i wrogich Rzeczpospolitej. Propaganda kontrreformacyjna podawała przykłady szykanowania katolików w Prusach Książęcych czy w Anglii, na tej podstawie domagając się uszczuplenia praw innowierców w Polsce. Ci więc wyczekiwali pomocy ze strony zagranicznych współwyznawców. To dawało pretekst do oskarżanie ich o antypolskie zamiary, chęć wszczęcia wojny domowej, czy nawet ściągnięcia obcej interwencji zbrojnej. Polscy protestanci broniąc więc wolności religijnej byli automatycznie oskarżani o zdradę.
Najwybitniejszą postacią polskiej kontrreformacji jak również i w Europie był Stanisław Hozjusz – biskup warmiński i chełmski, kardynał, sekretarz wielki koronny. Stał na gruncie religijnej ortodoksji, a swoim oddaniem wobec papieża naraził się szlachcie i królowi. Hozjusz nie był może i wybitnym teologiem, ale na pewno świetnym organizatorem. Całą swoją energię poświecił zwalczaniu polskiej reformacji, o której członkach mówił, że są inspirowani przez diabła. Na synodzie w Piotrkowie w 1551 roku przyjęto napisany przez niego „Confessio fide catolicae Christiana”, gdzie zawarł plan odnowy polskiego Kościoła. Uparcie zwalczał Andrzeja Frycza Modrzewskiego, zorganizował nawet zamach na jego życie (na szczęście nieudany). Hozjusz był jednym z pięciu legatów papieskich na sobór trydencki, przewodniczył również jego obradom. Podczas konklawe w 1565 roku miał być nawet jednym z poważnych kandydatów do tiary papieskiej. Wraz z nuncjuszem Giovannim Commendonim dążył do zreformowania Kościoła polskiego w duchu uchwał soboru trydenckiego. To w dużej mierze jego zasługą było przyjęcie reform trydenckich przez sejm w Parczewie w 1564 roku. Zmarł w 1579 roku niedaleko Rzymu. Niedługo potem rozpoczął się jego proces beatyfikacyjny, który wznowiono w 1923 roku. Hozjusz słynął z konserwatywnych i kontrowersyjnych poglądów. Twierdził m.in., że:
- Pismo Święte bez autorytetu Ojców Kościoła ma rangę Bajek Ezopa;
- Co prawda Paweł Apostoł nakazał odprawianie nabożeństw w językach zrozumiałych dla ludu, ale to przynosi złe owoce, a Kościół może podobne zalecenia zmieniać stosownie do potrzeb;
- Był przeciwnikiem przekładania Pisma Świętego na język polski, gdyż nie nadaje się on do tego, a ponadto ignorancja ludu jest pożyteczna;
- Masakra protestantów w noc św. Bartłomieja sprawiła mu „niewysłowioną rozkosz” i życzył sobie podobnych wydarzeń w Rzeczpospolitej;
- Kiedy rozjuszony tłum w Krakowie zniszczył zbór protestancki w 1574 roku, Hozjusz pisał w jednym z listów: „Czego nie śmiał ani król, ani biskup, to zrobić ośmielili się studenci Akademii Krakowskiej, godni wiekuistej pamięci, których chwalę cały Kościół sławić będzie”.
To Hozjusz w 1564 roku sprowadził na ziemie polskie Jezuitów, oddając im kolegium w Braniewie. Zakon ten założył w 1534 roku Ignacy Loyola dla służby papieżowi przez działalność duszpasterską, wychowawczą oraz misyjną. Po sprowadzeniu do Korony zakładali oni wiele szkół (w XVII wieku było ich już ponad 50), byli też często nauczycielami polskiej młodzieży. W 1579 roku założyli pierwszą na Litwie szkołę średnią – Akademię Wileńską. W 1773 roku Jezuici mieli na terenach polskich 4 prowincje, 137 placówek i 2362 zakonników, tak więc stanowili najliczniejszą rodzinę zakonną w Rzeczpospolitej. W walce z protestantami posługiwali się ich własna bronią. Ewangelicy tworzyli kulturę narodową na gruncie religijnym przez rozwijanie szkolnictwa na wysokim poziomie humanistycznym, pielęgnowanie języka narodowego, w którym drukowano katechizmy i Biblię oraz przez działalność kaznodziejską. Jezuici działali w ten sam sposób, ale wygrywali z protestantami większym doświadczeniem, lepszą dyscypliną i zorganizowaniem, a nade wszystko niezależnością materialną. Działali wg reguły: „Wielce służyć Bogu z czystej miłości, pod sztandarem Krzyża w Kościele, przez wspomaganie dusz – a to wszystko dla największej chwały Bożej”. Najwybitniejszymi Jezuitami byli: Piotr Skarga (kaznodzieja Zygmunta III), Stanisław Kostka (pierwszy jezuicki święty), Andrzej Bobola, Jan Beyzym, Jakub Wujek.
Polską kontrreformację cechowała ewolucja od pokojowych dysput protestantami w XVI wieku, przez nasilenie różnych form represji jak np.:
- Propaganda religijna (pełna przepychu, "teatralna" obrzędowość religijna, literatura polemiczna, przejęcie szkolnictwa przez zakony, głównie jezuitów i pijarów, utrwalanie negatywnego stereotypu "innowiercy-potępionego heretyka".
- Stosowanie psychomanipulacji (np. pełne emocji kazania, wzywające do pozbycia się "heretyków" jako wrogów "prawdziwej wiary", obwinianie innowierców o wszystkie złe zdarzenia, np. klęski żywiołowe oraz porażki polityczne i militarne, utożsamianie polskości z katolicyzmem, a "herezji" z interesami krajów obcych).
- Naciski polityczne i dyplomatyczne (głównie za pośrednictwem katolickich magnatów oraz nuncjusza papieskiego).
- Naciski prawne (w XVII w. częste było wytaczanie procesów protestanckiej szlachcie, oskarżanej o "szerzenie herezji", wykorzystywano też Sejm do zakazywania działalności np. arian. Chociaż wyroki przeciwko bogatej szlachcie rzadko mogły być wykonane, to jednak skutkowały społecznym napiętnowaniem skazanych).
Niektórzy historycy nazywają polską reformację "słomianym ogniem", który wprawdzie szybko rozprzestrzenił się i wydał wielu wybitnych działaczy (szczególnie wśród polskich arian). Z tego względu Kościół katolicki w Polsce nigdy nie musiał sięgać po tak brutalne środki, jakie powszechnie stosowano w krajach zachodniej Europy. Nie znaczy to jednak, że w Rzeczpospolitej do aktów przemocy w ogóle nie dochodziło. Oprócz wspomnianej już Katarzyny Weiglowej 15 lipca 1738 za przejście na judaizm został spalony kapitan Woznicyn, a Żyda Matatiasza Calahorę oskarżonego o bluźnierstwo nie tylko spalono, ale i wystrzelono jego prochy z armaty. Faktem jest, że zdarzały się w Rzeczypospolitej przypadki napaści, zabójstw, niszczenia mienia i pogromów przeciwko innowiercom. Najczęściej takich czynów dopuszczał się tłum, podburzony przez miejscowy kler katolicki lub zakonników. Przykładem takich zdarzeń jest usiłowanie zabójstwa Socyna w Krakowie w dniu 30 kwietnia 1598 roku.
Jednakże prawdziwa kontrreformacja rozpoczęła się w cztery lata po uchwaleniu konfederacji warszawskiej, na synodzie w Piotrkowie aż czternaście lat po zakończeniu obrad soboru trydenckiego. Kontrreformacja i nietolerancja nasiliły się za panowania Zygmunta III Wazy, kiedy król po stracie tronu szwedzkiego przestał przestrzegania konfederacji warszawskiej i nasilił działania kontrreformacyjne. Motorem tychże działań byli przeważnie Jezuici.
Ogromnym sukcesem kontrreformacji była Unia Brzeska. Miała na celu podporządkowanie Kościoła prawosławnego na terenach Rzeczpospolitej jurysdykcji papieskiej, przy zachowaniu dotychczasowego obrządku. Jednakże tylko część hierarchii Kościoła prawosławnego podporządkowała się ustaleniom Unii Brzeskiej.
Bezpośrednią przyczyną zawarcia unii była chęć nawrócenia na obrządek zachodni znacznej ludności państwa polskiego zamieszkującej kresy wschodnie. Już od początku XIV wieku trwały starania ze strony Kościoła katolickiego o poddanie tego wyznania pod zwierzchnictwo Rzymu. W wyniku poparcia papieża Klemensa VIII, po długich negocjacjach, doszło do ogłoszenia i zatwierdzenia unii Kościołów na synodzie krajowym w Brześciu w 1596. Część wiernych prawosławnych na czele z ruskim kniaziem Konstantym Ostrogskim nie zaakceptowała warunków unii. W tym samym, 1596 r., został zwołany Sobór prawosławny, w skład którego weszli przeciwnicy unii na czele z biskupem przemyskim Michałem Kopysteńskim oraz biskupem lwowskim Gedeonem Bałabanem. Sobór ten potępił akt unii z i pozbawił hierarchów, którzy do niej przystąpili, święceń biskupich. Konflikt wkrótce pchnął przeciwników unii do przymierza z Księstwem Moskiewskim.
Unia zamiast scalić obie religie, doprowadziła do jeszcze jednego podziału, pojawił się Kościół Unicki. Unici zobowiązali się uznać dogmaty Kościoła katolickiego i zwierzchnictwo papieża, w zamian za to zachowali swój obrządek, kalendarz juliański i organizację kościelną.
Okres reformacji stanowił nie tylko szczyt rozwoju polskiej kultury szlacheckiej, ale i paradoksalnie przyniósł duże korzyści Kościołowi, który chcąc z protestantami wygrać, musiał im najpierw dorównać. Ewangelicy zakładali wiele dobrych szkół, więc to samo musieli zrobić Jezuici. Około 1620 roku datuje się największy rozwój szkolnictwa katolickiego, a jednocześnie największy rozwój piśmiennictwa (1650 rok). Nie byłoby katolickich przekładów Pisma Świętego, gdyby nie chęć przeciwdziałania protestantom. Pierwszym z tych przekładów była wydana w 1561 roku Biblia Leopolity, której nazwa pochodzi od korektora Jana Nicza z Lwowa, natomiast tłumacz nie jest znany. Język przekładu nie był zbyt trafiony, nie mniej jednak chwalił go Czesław Miłosz. W 38 lat później wydano słynną Biblię księdza Jakuba Wujka. Jezuita opierał jednak swój przekład na wulgacie sykstyńskiej (do której Sykstus V po usunięciu pewnych rzeczy dodał to i owo), więc koniecznych było wiele poważnych poprawek, jednak przekład przeszedł do historii pod nazwiskiem Wujka. Język przekładu oddawał wiele odcieni znaczeniowych oryginału, które uwzględniono w Wulgacie (czasem przez tworzenie neologizmów, które przyczyniły się do wzbogacenia języka polskiego). Dzięki znajomości greki i hebrajskiego Jezuita ustrzegł się błędów św. Hieronima podając znaczenie oryginału w przypisach. Pod względem językowym korzystał z pracy poprzedników, również protestantów. Jego przekład jednak cechuje prostota i poważny styl. Służył za podstawowy polski przekład przez 367 lat.
Polska kontrreformacja umocniła Kościół katolicki i przyczyniła się do podniesienia moralnego poziomu duchowieństwa. Rozwinęła się też literatura katolicka. Zaczął się kształtować stereotyp polskiego patrioty- katolika. Kontrreformacja przyczyniła się również do rozwoju nietolerancji i ksenofobii.