Związek Filomatów został założony 1 października 1817 r. przez studentów Uniwersytetu Wileńskiego (Tomasza Zana, Adama Mickiewicza, Jana Czeczota, Onufrego Pietraszkiewicza, Józefa Jeżowskiego i Franciszka Malewskiego). W momencie rozpoczęcia działalności przez to towarzystwo ich celem było głównie samokształcenie i praca nad własnym charakterem. Działalność samokształceniowa opierała się na dwóch głównych wydziałach: matematyczno-przyrodniczym oraz literackim, w którym czytano i krytykowano własne utwory, a także dyskutowano na temat przeczytanych dzieł. Później na spotkaniach Filomaci zaczęli poruszać wątki społeczne, polityczne i co najważniejsze- patriotyczne.
Rozpoczęto także oddziaływać na resztę społeczeństwa, mając na celu ukształtowanie z ówczesnych młodych pokolenia, które w przyszłości podejmie walkę o niepodległość. Jednakże działalność Towarzystwa Filomatów nie sprowadzała się tylko do pracy, spotkania odbywały się także w celach rozrywkowych, ponieważ członkowie związku byli ze sobą bardzo zżyci (łączyły ich nie tylko idee, do których dążyli, ale również zainteresowania). Mimo to nie każdy, kto miał podobne zamiłowania mógł wstąpić do Stowarzyszenia Filomatów. Chętni musieli odznaczać się ogromnym patriotyzmem, odwagą i zdolnością do poświęceń, ponieważ zadania stojące przed członkami tego związku nie były wcale takie proste.
Każdy, aby zostać przyjętym do związku musiał złożyć uroczystą przysięgę, której nie mógł pod żadnym pozorem złamać (nawet nie byłby w stanie ze względu na ówczesną moralność Polaków). Do zadań członków wszystkich tych stowarzyszeń nie należała tylko praca nad sobą, ale także praca na zewnątrz, czyli uświadamianie społeczeństwa, doskonalenie życia obywatelsko-narodowego. Ponadto część z nich w rocznice świąt narodowych wypisywała hasła patriotyczne nawet na szkolnych tablicach, za co niestety byli surowo karani
Poza głównym tajnym Towarzystwem Filomatów tworzono także odłamy prowadzące działalność jawną jak np. Związek Filadelfistów, Związek Promienistych czy też Związek Filaretów. Jednak także ich działania z czasem zaczęły przekraczać dozwolone normy i zostały one rozwiązane krótko po ich założeniu.
Organizacja filomacka przyczyniła się do nawiązania kontaktów z innymi związkami prowadzącymi tajne działania patriotyczne i samokształceniowe, np. ze Związkiem Wolnomularskim, z Węglarstwem Polskim, z Towarzystwem Patriotycznym oraz z Dekabrystami.
W roku 1823 senator rosyjski Nikołaj Nowosilcow, wydelegowany specjalnie w celu rozwiązania sprawy nielegalnych związków patriotycznych, położył kres wszelkim planom Towarzystwa Filomatów i Filaretów. Jako że nawet jemu nie udało się pozyskać wystarczająco przekonujących dowodów orzekających o istnieniu związku filomatów, musiał on oprzeć się na przypuszczeniach. Nocą z 23 na 24 października 1823 r. najważniejsi członkowie Towarzystwa Filomatów zostali aresztowani rzekomo z powodu zdrady jednego z nich. M.in.: Tomasz Zan, Adam Mickiewicz, Jan Czeczot, Józef Jeżowski, Franciszek Malewski, Onufry Pietraszkiewicz i Teodor Łoziński zostali skazani na wywiezienie w głąb Rosji za szerzenie nierozsądnego nacjonalizmu przez pośrednictwo nauki.
Wydarzenia, z którymi dane się było zmierzyć Filomatom i cena, którą musieli zapłacić za chęć uświadomienia obywateli, odznaczyły się ogromnym piętnem nie tylko w przeszłości, ale także w przyszłości. Albowiem ich czyny stały się wzorem dla działalności wszystkich tajnych związków aż do czasu II wojny światowej. W związku z powyższym, prawdziwy cel Filomatów, jakim było odzyskanie niepodległości został osiągnięty, co prawda niecałkowicie przez nich, lecz na pewno dzięki nim.