Okres średniowiecza zamykał się w ramach od V w. do XV w. Za początek tej epoki przyjmuje się rok 476, czyli upadek cesarstw zachodnio-rzymskiego. Został wtedy pozbawiony władzy ostatni cesarz zachodnio-rzymski Romulus Augustulus. Równocześnie upadła kultura grecka, a ideologia średniowiecza kształtowana była głównie przez chrześcijaństwo. Kościół stawał się potęga nie tylko religijną, ale także polityczną, kulturową i ekonomiczną. Miało to duży wpływ na kształtowanie kultury średniowiecza. Ówczesne ideały skupiały się na życiu wiecznym. Upadek nauki i edukacji po upadku cesarstwa rzymskiego sprawił, że jedynie kler stanowił warstwę społeczną posiadającą wykształcenie, którym zazwyczaj było tylko czytanie i pisanie. Życie umysłowe wczesnego średniowiecza skupiało się głównie w klasztorach. Kolejnymi etapami wychowania średniowiecznego było wychowanie rycerskie, cechowe i duchowe. Kandydat na rycerza uczył się władać bronią, jazdy konnej oraz układania pieśni. Uczono ich ogłady towarzyskiej, jednak większość nich nie potrafiła nawet czytać i pisać. Wychowanie cechowe obejmowało etap ucznia, czeladnika i mistrza. Po kilku latach przyglądania się pracy mistrza, uczeń zostawał czeladnikiem, pracował pod jego ( mistrza) okiem i mógł go czasem zastępować, a po długich latach nauki zostawał mistrzem. Trzecim charakterem wychowania była szkoła duchowa. Główną metodą nauczania była metoda scholastyczna, polegająca na uczeniu się na pamięć bez zrozumienia, a główną metodą wychowawczą były kary cielesne. Cierpienie miało, bowiem zapewnić uczniom życie wieczne.
Termin „akademia” znany był już od czasów Akademii Platońskiej. Miejsca tworzenia pierwszych uniwersytetów to Bolonia. Paryż i Oxford. Średniowieczne uniwersytety posiadały cztery wydziały: prawo, medycyna, filozofia oraz teologia, na której otwarcie musiały wyrazić zgodę władze kościelne. W Europie środkowej pierwszym uniwersytetem był Uniwersytet Praski, który powstał w 1348r. Jego istnienie było bardzo ważne dla powstałej później Akademii Krakowskiej., ponieważ wywodziło się z niego wielu profesorów późniejszej Akademii w Krakowie. W roku 1363 król Kazimierz Wielki poprosił Papieża Urbana V o pozwolenie na założenie Uniwersytetu w Krakowie. Zgody tej nie uzyskał, jednak 12 maja 1364 r. król ustanowił Akademię Krakowską, zwaną też Studium Generale. W związku z brakiem zgody papieża na akademii powstały tylko jedynie wydziały prawniczy, medyczny oraz sztuk wyzwolonych. Pierwszą siedzibą Akademii był zamek na Wawelu, a następnie podkrakowski Kazimierz. Główną przyczyną utworzenia Studium Generale była potrzeba wykształcenia dobrej kadry dla administracji państwowej. Podstawowym przedmiotem zainteresowania miały być nauki prawne. Pierwowzorem dla Akademii był uniwersytet w Bolonii. Dlatego też to scholarzy sprawowali tam władzę. Jednak w roku 1370 uczelnia podupadła, a po śmierci fundatora jej działalność ustała. W roku 1400 rozpoczęły się jej właściwe losy. Została odnowiona na zlecenie Królowej Jadwigi oraz Władysława Jagiełły. Była to już uczelnia pełna z czterema wydziałami: prawniczym, medycznym, sztuk wyzwolonych oraz teologii. Pierwszym rektorem Uniwersytetu został Stanisław ze Skarbmierza. Wydział teologii i paryski charakter bardzo pasowały do celów, jakie stawiano przed Studium Generale tekście odnowienia Studium czytamy:
[…] aby mieszkańców i poddanych ziem naszych litewskich, tych zwłaszcza, którzy w zastarzałym pozostając błędzie ciemności, byli naszymi towarzyszami, a których przyjęciem wiary katolickiej do łona Świętej Matki Kościoła przywiedliśmy z woli Tego, który niebiańskimi i ziemskimi rzeczami rozporządza i włada, przyzwyczajeniem, praktyką i poznaniem uczynków nabożnych, bez których wiara sama jest próżna na synów światła nawrócić z pomocą i współdziałaniem tych, których umysły mądrości i nauki pełność ozdobiła, to jest w ludzkich postawach i tajnikach pisma biegłych, których radą także tron królewski się umacnia, a cnotliwymi ich czynami Rzeczpospolita stale w zdrowe siły wzrasta […] . Wynika z tego, że drugim celem odnowienia Akademii było nawrócenie Litwy. Połączeni Litwy z Polską było dla zakonu niewygodne, dlatego, ze narastał konflikt polsko-krzyżacki. Konflikt powodowała krzyżacka doktryna prawna Henryka z Suzy. W myśl tej doktryny innowiercy stali poza prawem, co pozwalało zadekretować wojny krzyżackie jako „wojny sprawiedliwe”. Polemikę z krzyżackim rozumieniem wojny sprawiedliwej podjęli prawnicy krakowscy, ponieważ pojecie takich wojen było dla Polaków nie do przyjęcia. N ich czele stanął pierwszy rektor Akademii Krakowskiej- Stanisław ze Skarbmierza oraz Paweł z Włodkowic. Dzięki osiągnięciom „ krakowskiej szkoły prawnej” Polska stała się oazą religijnej tolerancji. Dzięki temu, podczas gdy w XVI w. Europa była areną religijnych walk, do Polski licznie napływali prześladowani innowiercy. Również z Pragi napływało wielu uczonych i studentów. Przypływ ten spowodowany był problemami na Uniwersytecie Praskim, związanymi z działalnością Husa i sporów miedzy nacją niemiecką i czeską. Dlatego też w Pradze stało się niebezpiecznie. I to właśnie przybysze z Pragi w dużej mierze zbudowali potęgę Akademii Krakowskiej.
Stojąc nieco na uboczu prądów humanistycznych i reformacyjnych Akademia pozostała do XVIII w. Uczelnią dość zapóźnioną w naukowym rozwoju. Jednak po przemianach ustrojowych po 1989 roku Uniwersytet Krakowski ( zwany później Uniwersytetem Jagiellońskim) zaczął działać w nowych warunkach, w których przywrócono mu należytą uczelniom wyższym autonomię. W roku 1993 włączono Collegium Medium i do 2004 roku Uniwersytet Jagielloński był jedynym uniwersytetem w Polsce posiadającym wydziały medyczne. Na zakończenie można powiedzieć, że od czasów średniowiecza do dnia dzisiejszego Uniwersytet Jagielloński kształcił i dostarczał Polsce wielu uczonych i miał duży wkład w rozwój Polskiej nauki.