Po śmierci Josipa Broz-Tity najszybciej sytuacja zaostrzyła się w Kosowie. Tu Albańczycy nie tylko de iure, ale także de facto pragnęli realizować konstytucyjny zapis o autonomii i częściowej niezależności tej części Republiki Serbskiej, zamieszkanej przez nich w 90%. Doszło do zderzenia się dwu nacjonalizmów: mocarstwowego serbskiego („Wielka Serbia") z narodowym albańskim. Dla Serbów Kosowo to tzw. Stara Serbia, kolebka średniowiecznego państwa, miejsce najstarszych zabytków serbskiej sztuki sakralnej i siedziba (w mieście Peć, Peja) patriarchy serbskiej Cerkwi.
Albańczycy, którzy otrzymali tu wszelkie prawa kulturalne, z uniwersytetem włącznie, chcieli realizować także swoje prawa polityczne, jako nowa republika związkowa w strukturze Jugosławii, ale mogłoby to doprowadzić — jak obawiano się w Belgradzie — do oderwania tego obszaru od Jugosławii i połączenia w przyszłości z sąsiednią Albanią.
Nieustający opór ludności albańskiej w prowincji Kosowo i całkowite zdyskredytowanie projugostowiańskich polityków albańskich spowodowały, że szansę pokojowego rozstrzygnięcia sporu sukcesywnie malały. Po zajęciu Kosowa przez wojsko Slobodan Milosević, ówczesny przewodniczący serbskiego Związku Komunistów, wykorzystując uczucia serbskiej większości narodowej i nie pytając o zgodę Albańczyków, zniósł autonomię prowincji (tak samo postąpiono z drugą prowincją autonomiczną — Wojwodiną, zamieszkaną głównie przez Węgrów). Widmo „Wielkiej Albanii", które dręczyło Serbów, oznaczało też pewne zagrożenie dla Republiki Macedonii, gdzie 1/4 ogółu ludności stanowili Albańczycy.
Po wygaszeniu konfliktu w Kosowie jeszcze w kwietniu 1990 r. i po reformie walutowej przeprowadzonej przez premiera Jugosławii, Chorwata Ante Markovicia, gdy inflacja wynosiła zaledwie 1,5%, wydawać się mogło, że ze wszystkich krajów komunistycznych właśnie Jugosławia ma największą szansę dorównania Zachodowi i wejścia do Wspólnot Europejskich. Tymczasem wypadki potoczyły się inaczej.
Pretensje polityczne zaczęły zgłaszać przede wszystkim Słowenia i Chorwacja, dwie najbogatsze republiki, które sprzeciwiły się niedogodnościom wspólnego państwa. Przyczyny, które w 1918 r. skłoniły Chorwatów i Słoweńców do szukania pomocy u Serbów, już nie istniały, a zarówno Słowenia jak i Chorwacja bez politycznej wspólnoty z Serbią mogły egzystować, wolne od dotkliwych obciążeń gospodarczych na rzecz słabiej rozwiniętych republik i prowincji wielonarodowego kraju. Początkowo obie republiki zmierzały do przekształcenia Jugosławii w lużną konfederację, w której poszczególne republiki zachowałyby pełną suwerenność. 5 października 1990 r. stanowisko Chorwacji i Słowenii przedstawił w Belgradzie prezydent Chorwacji Franjo Tudjman. Propozycja nie uzyskała poparcia pozostałych republik, Chorwacja i Słowenia zaczęły więc szukać innych dróg wyjścia z federacji. 23 grudnia 1990 r. 88,5% ludności Słowenii opowiedziało się w referendum za samodzielnością państwową republiki. Kolejne posiedzenia ogólnojugosłowiańskiego prezydium nie przyniosły oczekiwanego rozwiązania. Wreszcie 15 maja 1991 r. Serbia oraz znajdujące się pod jej wpływami prowincje Kosowo i Wojwodina odmówiły uznania wyboru Chorwata Stipe Mesicia na stanowisko przewodniczącego prezydium jugosłowiańskiego. W tym wypadku nie poparły Serbii Macedonia, Bośnia—Hercegowina oraz Słowenia. Z kolei 19 maja 1991 r. Chorwaci w swoim referendum opowiedzieli się za samodzielnością państwową. Obie republiki, Słowenia i Chorwacja, ogłosiły swoją niezależność 25 czerwca 1991 r. Dwa dni później, 27 czerwca, armia jugosłowiańska pod pretekstem zabezpieczenia granic państwowych rozpoczęła interwencję zbrojną w Słowenii. Dowództwo armii jugosłowiańskiej przewidywało szybkie zajęcie Słowenii i skierowanie ataku na Chorwację. Opór w Słowenii okazał się jednak w rzeczywistości większy, niż tego oczekiwano. Nie opanowano obiektów na lotnisku w Ljublanie oraz kluczowych punktów granicznych. Słoweńcy wzięli do niewoli około 1500 żołnierzy, zarekwirowali kilka czołgów i wozów opancerzonych. Należy pamiętać, że po ogłoszeniu przez Słowenię niezależności wojska jugosłowiańskie wycofały około 60% sprzętu wojennego z tej republiki, pozostawiając w rękach Słoweńców tylko około 40% uzbrojenia.
Agresja ta, potępiona przez wiele państw, w tym przez państwa zachodnie oraz USA, nie spowodowała jednak uznania niezależności Chorwacji i Słowenii. Społeczność zachodnia stała na stanowisku integracji jugosłowiańskiej i sądziła, że rozwiązanie pokojowe konfliktu jest jeszcze możliwe.
W dowództwie armii powstała tymczasem i została zrealizowana idea, by wycofać się ze Słowenii i skierować wojska do Chorwacji. Zakładała ona utworzenie „Wielkiej Serbii", składającej się z Bośni i Hercegowiny, Czarnogóry i Macedonii oraz tych terytoriów Chorwacji, które zamieszkane były głównie przez Serbów (w Chorwacji Serbowie stanowili około 11,6% ogólnej liczby mieszkańców). Plan ten popierał 59-letni generał Blagoje AdĽić, który objął dowództwo armii ze względu na chorobę generała Veljko Kadjevicia. AdĽić żywił osobiste urazy wobec Chorwatów, gdyż jego rodzina podczas II wojny światowej została wymordowana przez ustaszów Ante Pavelicia. Nastroje antychorwackie w armii jugosłowiańskiej zdominowanej przez Serbów były bardzo silne; popierał je nie tylko Milosević, ale także około 70% korpusu oficerskiego, którego członkowie po rozwiązaniu partii komunistycznej weszli w skład powstałej na jej miejsce partii socjalistycznej. W Chorwacji armia jugosłowiańska i nieregularne formacje serbskie z tamtejszych, zamieszkanych przez Serbów, regionów utworzyły samozwańczą Republikę Krainy i rozpoczęły okupację Sławonii oraz prowadziły bombardowanie wybrzeża, w tym Dubrownika. Chorwaci, mimo ponoszonych strat, nie godzili się na terytorialną autonomię dla tych regionów.
Równolegle do tych wydarzeń w Macedonii postanowiono odwołać się do społeczeństwa i w referendum, którego datę wyznaczono na 8 września 1991 r., spytać o przyszłość republiki. Ponad dwie trzecie uprawnionych do głosowania opowiedziało się za suwerennością państwową. Jeśli uwzględnić, że miejscowa ludność albańska, stanowiąca wówczas około 21% obywateli, referendum zbojkotowała, to można stwierdzić, że 95% głosujących (tj. około 66% społeczeństwa) oddało swoje głosy za niezależnością republiki. 17 listopada 1991 r. prezydent Kiro Gligorov ogłosił powstanie suwerennego państwa — Republiki Macedonii, a parlament macedoński przyjął nową konstytucję. Tym samym Macedonia, jako trzecia z kolei republika, wystąpiła z federacji jugosłowiańskiej. Po ogłoszeniu niezależności Macedonii, 14 lutego 1992 r., Belgrad podjął decyzję o wycofaniu z niej wojska i sprzętu technicznego. Około 90% broni znalazło się w rękach Serbów. Niespełna dwumilionowa Macedonia pozostała bez armii.
l marca 1992 r. podobne referenda przeprowadzono w Bośni i Hercegowinie oraz w Czarnogórze. Ludność Bośni i Hercegowiny opowiedziała się również za samodzielnością państwową (ponad 99% osób biorących udział w referendum), Serbowie jednak, około 32% populacji, w ogóle nie głosowali, a wcześniej opowiedzieli się za utworzeniem własnego państwa z własną konstytucją.
Inne były rezultaty referendum w Czarnogórze, gdzie 95,5% głosujących (frekwencja wyniosła ok. 66%) opowiedziało się za pozostaniem w federacji jugosłowiańskiej. Dało to podstawy do utworzenia nowego państwa jugosłowiańskiego, tzw. „Trzeciej Jugosławii" (Federacyjna Republika Jugosławii), która przyjęła swoją konstytucję 27 kwietnia 1992 r. Nowa Jugosławia składa się obecnie z Serbii, Czarnogóry oraz Kosowa i Wojwodiny, leżących w obrębie Serbii. W tak utworzonych granicach pozostało około 1,9 min Albańczyków, 400 tysięcy Węgrów oraz 240 tysięcy muzułmanów, którzy zgłosili chęć utworzenia własnej republiki wewnątrz nowej Jugosławii.
Tymczasem w wyniku roszczeń tak Serbów, jak i Chorwatów wobec Bośni—Hercegowiny 9 stycznia 1992 r. została utworzona przez Serbów Serbska Republika w Bośni—Hercegowinie, a przez Chorwatów 3 lipca 1992 r. Republika Herceg—Bośnia. W republice rozgorzała wojna domowa, w czasie której przeważający militarnie bośniaccy Serbowie przez liczne mordy, gwałty i szantaże, realizując politykę „etnicznego oczyszczania", doprowadzili do największego exodusu ludności po II wojnie światowej. Ogółem 58,2% ludności Bośni i Hercegowiny opuściło swe domy. Około 640 tysięcy uchodźców znalazło się w Chorwacji, 200 tysięcy w Niemczech, 90 tysięcy w Szwecji. Koszmar „etnicznego oczyszczania" miał na celu zatarcie wszelkich śladów po uprzednich mieszkańcach.
Starania licznych międzynarodowych grup mediacyjnych, zmierzające do zakończenia konfliktu w Bośni—Hercegowinie, miały wiele etapów. Jako pośrednicy pomiędzy stronami występowały: UE, ONZ, NATO, a także forum KBWE. Początkowo muzułmanie w Bośni i Hercegowinie próbowali utrzymać jedność granic i utworzyć republikę, w której rządy sprawowałaby najliczniejsza społeczność, tj. muzułmanie (stanowili oni około 41% ludności, Serbów było natomiast 32%, Chorwatów 18%). Gdy okazało się to niemożliwe, za pośrednictwem Unii Europejskiej w marcu 1992 r. ustalono w Lizbonie zasady federacji, w której wewnętrzne granice wyznaczono według kryteriów narodowościowych. Już wtedy jasne było, że zarówno przywódcy serbscy, jak i chorwaccy zamieszkujących Bośnię mniejszości narodowych i wyznaniowych nie byli zainteresowani podziałem władzy w republice. Dlatego zakładając konieczność utrzymania jedności i pragnąc uprzedzić wydarzenia, społeczność międzynarodowa bardzo szybko, bo już w kwietniu 1992 r. uznała powstanie niezależnej od federacji jugosłowiańskiej Bośni—Hercegowiny. Niebawem także, 25 maja 1992 r., Bośnia—Hercegowina — wraz ze Słowenią i Chorwacją — została przyjęta do ONZ. Krok ten miał przyczynić się do zakończenia wojny domowej na terenie republiki. W rzeczywistości doprowadził do dodatkowych napięć i konfliktów. Uznając Serbów za głównego agresora, państwa zachodnie nałożyły na Jugosławię sankcje gospodarcze. Zakazano jugosłowiańskiemu lotnictwu poruszania się w przestrzeni powietrznej Bośni—Hercegowiny, nakazano też oddanie sprzętu wojskowego pod kontrolę przebywających tam jednostek ONZ.
Rozmieszczenie sił pokojowych ONZ na liniach frontu dla nadzorowania porozumień rozejmowych (które z reguły, najczęściej w Sarajewie, były łamane) nie przynosiło oczekiwanych rezultatów. Także kolejne plany pokojowe Vance'a—Owena, póĽniej Owena—Stoltenberga i inne nie uzyskały zgodnej akceptacji zwaśnionych stron, głównie jednak bośniackich Serbów, którzy opanowali około 75% terytorium Bośni—Hercegowiny.
Dopiero użycie siły, głównie naloty z baz NATO na pozycje Serbów bośniackich zgrupowanych wokół Sarajewa, oraz ofensywa chorwacko-muzułmańska, zadając duże straty bośniackim Serbom, zmieniły obraz wojny. Chorwaci zajęli opanowaną przez Serbów Krainę i wspólnie z muzułmanami dużą część Bośni—Hercegowiny. W listopadzie 1995 r. zarysowała się możliwość zakończenia trwającej trzy i pół roku wojny. Pod patronatem USA w Dayton prezydenci Bośni, Chorwacji i Serbii podpisali porozumienie, w myśl którego uznano, że Bośnia—Hercegowina będzie niepodległym państwem składającym się z dwóch części: serbskiej i chorwacko-muzułmańskiej. 14 grudnia 1995 r. w Paryżu podpisano układ pokojowy, wynegocjowany w Dayton, tworzący dualistyczną Federację Chorwacko-Muzuł-mańską. Nad utrzymaniem pokoju czuwała 60-tysięczna armia IFOR-u (wojska interwencyjne NATO).
Powstanie Republiki Macedonii i jej wystąpienie z federacji jugosłowiańskiej spowodowało ostry konflikt z Grecją. Głównym zarzutem było przyjęcie nazwy Macedonia dla oficjalnego określenia państwa oraz gwiazdy Yerginy jako godła państwa i emblematu flagi. Nie do przyjęcia dla Greków był też zapis w konstytucji macedońskiej, mówiący o macedońskich Słowianach żyjących w Grecji. Faktu istnienia narodu macedońskiego i jego własnego państwa Grecy nie chcieli uznać, uważając, że nazwę Macedonia, wywodzącą się ze starożytnych dziejów Grecji, może nosić tylko prowincja leżąca na północy Grecji (Grecy od 1913 r. posiadają większą część Macedonii, tzw. Macedonię Egejską).Ateny z wielkim uporem dążyły do skłonienia rządu w Skopje do zmiany stanowiska. Organizowano w Salonikach, Atenach i innych miastach greckich wielotysięczne manifestacje przeciwko republice. Weto Aten opóźniało uznanie Republiki Macedonii przez struktury międzynarodowe — ONZ oraz państwa Unii Europejskiej. Aby nie dopuścić do eskalacji konfliktu, dnia 9 kwietnia 1993 r. Republika Macedonii jako 181 państwo została przyjęta w skład ONZ, ale ze względu na protesty Grecji pod nazwą „Była Jugosłowiańska Republika Macedonii".
W obliczu nieskuteczności swej polityki (wszystkie państwa UE oprócz Grecji uznały Macedonię) Ateny zdecydowały się 16 lutego 1994 r. na blokadę gospodarczą i zamknięcie dla dostaw macedońskich portu w Salonikach, którędy sprowadzano większość ropy naftowej dla nowo powstałego państwa. Były to decyzje bolesne dla gospodarki macedońskiej dotkniętej również przez zerwanie więzów kooperacyjnych z Serbią po ogłoszeniu samodzielności.