Dane z zakresu embriologii wskazują na zbliżony sposób przebiegu rozwoju zarodkowego spokrewnionych ze sobą grup organizmów, co wynika z takiego samego podłoża dziedzicznego. Rozmaite formy współczesnych organizmów miały zatem kiedyś wspólnego przodka. Na przykład w początkowym okresie rozwoju kręgowców w podobny sposób tworzą się listki zarodkowe, a ponadto wszystkie zarodki mają strunę grzbietową, ogon, zawiązki łuków skrzelowych. Struktury te mogą zostać utrzymane, zanikać lub przekształcać się w inne, w zależności od stopnia rozwoju ewolucyjnego organizmów, np. zawiązki łuków skrzelowych u człowieka przekształcają się w szkielet krtani oraz kosteczki słuchowe.
Dowodów z zakresu embriologii na pokrewieństwo organizmów dostarczyły też badania DNA. Okazuje się, że rozwój zarodkowy u roślin i zwierząt podlega kontroli pewnych genów nadrzędnych.
U zwierząt jest to zespół tzw. genów homeotycznych (kompleks Hox). Geny te decydują o polarności, segmentacji, planie budowy i kolejności powstawania poszczególnych organów oraz części ciała. Zespół genów homeotycznych wywodzi się od wspólnego przodka. W toku ewolucji nastąpiły różne zmiany w jego obrębie u różnych linii ewolucyjnych. Niemniej, bez względu na przynależność systematyczną, rozwój zwierząt jest kontrolowany w ten sam sposób.