Po raz pierwszy nazwa ta pojawiła się w Żywocie św. Wojciecha: urbs Gyddanyzc. Później również stosunkowo często pojawiała się w dokumentach (Kdanzcw 1148 r. i Gdanzc w 1188 r.). We wczesnym średniowieczu funkcjonowała postać Gdańsk, a później – forma Gdańsko (zwłaszcza w XVI w.). W dokumentach niem. często pojawiały się zapisy Danzk. Podstawą nazwy słow. jest psłow. rdzeń *gь d-‘wilgoć, mokradło, zarośla na mokradłach’.