Komórka prokariotyczna ma prostszą budowę od komórki eukariotycznej. Zawiera materiał jądrowy w postaci najczęściej kolistej cząsteczki DNA /chromosomowego/, zlokalizowanej w rejonie cytoplazmy, określanym mianem nukleoidu. Ponadto w komórkach bakteryjnych mogą znajdować się cząsteczki DNA pozachromosomowego. Komórka prokariotyczna otoczona jest błoną białkowo-lipidową oraz ścianą komórkową utworzoną z mureiny, a często też otoczką śluzową. Czasem występują dwie błony – wewnętrzna i zewnętrzna otaczająca ścianę komórkową. W cytoplazmie brak jest cytoszkieletu, retikulum endoplazmatycznego, aparatu Golgiego, lizosomów oraz wakuoli. Występują ziarna materiału zapasowego. Rybosomy są mniejsze niż w cytoplazmie komórek eukariotycznych. Funkcje mitochondriów pełnią mezosomy. U bakterii fotosyntetyzujących w cytoplazmie obecne są spłaszczone pęcherzyki tylakoidów z wbudowanymi w błonę barwnikami fotosyntetycznymi. Komórkami prokariotycznymi są komórki bakterii oraz sinic.