Zmienność modyfikacyjną, zwaną również fluktuacyjną, stanowią wszelkiego rodzaju zmiany zachodzące w organizmie podczas całego jego życia, które są wynikiem działania na organizm różnorodnych czynników środowiska i nie są przekazywane potomstwu.
Organizm reaguje na tak powstałe zmiany dzięki zdolności przystosowawczej. Istnieją granice uwarunkowane przez genotyp, w jakich fenotyp może być modyfikowany przez czynniki zewnętrzne. Jest to tzw. norma reakcji (plastyczność genotypu).
Przykładem zmienności modyfikacyjnej są zmiany w morfologii roślin rosnących w różnych środowiskach, np. mniszka lekarskiego rosnącego w górach i na nizinie, sosny rosnącej samotnie, w otoczeniu innych drzew, lub na wydmie, wystąpienie czarnego zabarwienia ogona, nóg i pyszczka u królika himalajskiego. Zmiany w fenotypie mogą być też spowodowane spożywaniem określonego pożywienia, np. zawarty w pokarmie żółty barwnik ksantofil powoduje żółtą barwę mięsa królików. Usunięcie z pokarmu ksantofilu przywraca barwę białą.