Okres pod zaborem austriackim

Po przejęciu miasta przez Austrię dokonano kasaty zakonu reformatów w 1782 r.^[3], a w 1806 r. budynki klasztoru i świątynię przeznaczono na magazyn wojsk austriackich. Po 1809 r. opustoszałe zakonne przejęło wojsko stacjonujące w zamojskiej twierdzy^[3].

Okres pod zaborem rosyjskim

Po przejęciu miasta przez kolejnego zaborcę, Rosję, klasztor został rozebrany, a budynek kościoła, tak jak większość pozostałych obiektów w okresie zaborów, pozbawiono wielu elementów architektury i wystroju na styl klasycystyczny, m.in. rozebrano barokowe szczyty oraz sygnatury. Niemniej jednak zachowane zostało barokowe sklepienie krzyżowo-kolebkowe czy też pilastry i płyciny na ścianach od zewnątrz.

Okres po I wojnie światowej

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości mieścił się tu przez krótki okres teatr, ale ostatecznie, po renowacji w latach 1925–1926, przywrócono budynkowi funkcję kościoła (szkolnego) pw. św. Katarzyny (1927). Podczas II wojny światowej w krypcie pod kościołem ukryto skrzynię z obrazem Hołd pruski Jana Matejki^[4].

Okres po II wojnie światowej

Po II wojnie światowej pojawił się tu marmurowy pomnik z urną wypełnioną prochami profesorów i uczniów zamojskich szkół średnich, jakich pozbawiono życia w czasie tej wojny. Ponadto znajdują się tu relikwie św. Andrzeja Boboli, a od niedawna relikwie św. Pio z Pietrelciny sprowadzone z Włoch. W roku 1939 w podziemiach kościoła przetrzymywano obraz Jana Matejki Hołd Pruski, który był wówczas poszukiwany przez Niemców. Obraz po niecałych trzech miesiącach trafił z powrotem do Krakowa.

Pod koniec lat 90. minionego stulecia przywrócono pierwotny wygląd zewnętrzny kościoła, zwłaszcza dach i szczyty od frontu, pośrodku i przy tylnej ścianie; wzbogacono również elewacje. Później przeprowadzono także prace remontowe wewnątrz świątyni. Po zachodniej stronie, w miejscu dawnego klasztoru, planowana jest budowa „Domu Trzeciego Tysiąclecia im. Kardynała Stefana Wyszyńskiego”^[5].