Cerkiew unicka (1793-1875)

Pierwsza świątynia w tym miejscu powstała w połowie XVIII w. Dzisiejszy kościół został wybudowany w latach 1790-1793 dzięki inicjatywie ks. Jana Zieniewicza jako cerkiew, przeznaczona dla wiernych obrządku greckokatolickiego, czyli dla tzw. unitów. Architekt świątyni nie jest znany. Konsekracji dokonał biskup eparchii chełmskiej Porfiriusz Skarbek-Ważyński w dniu 28 maja 1798^[8].

W okresie zaboru rosyjskiego (w Biłgoraju trwał on w latach 1815-1915) władze rosyjskie prowadziły politykę prześladowania wiernych kościoła unickiego, jednocześnie próbując rozszerzać wpływy cerkwi prawosławnej. Działania te szczególnie nasiliły się po upadku powstania styczniowego w 1864. Efektem tego procesu była likwidacja unickiej eparchii chełmskiej w 1875. W wyniku likwidacji macierzystej diecezji unicka cerkiew św. Jerzego w Biłgoraju została przemocą zamieniona w świątynię prawosławną^[8].

Cerkiew prawosławna (1875-1916)

Funkcję cerkwi dla prawosławnych obecny kościół św. Jerzego pełnił od 1875. W czasie I wojny światowej (1914-1918) Biłgoraj został zajęty przez wojska austro-węgierskie, a Rosjanie po raz ostatni opuścili miasto w 1915. Rozpoczął się wówczas proces tzw. bieżeństwa: ludność wyznania prawosławnego uciekała na wschód, próbując się dostać na tereny będące pod jurysdykcją rosyjską. W 1916 cerkiew św. Jerzego opuścił ostatni prawosławny proboszcz, a świątynia została zamknięta^[8].

Kościół katolicki (1919-1940)

W 1919 polskie władze przekazały opuszczoną świątynię katolikom obrządku łacińskiego. Dawna cerkiew stała się kościołem rektoralnym dla parafii Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP w Biłgoraju. W tym samym roku został przeprowadzony remont, w wyniku którego zatarte zostały stylowe cechy obiektu, nadające mu dotąd cerkiewny charakter. Niedługo później powstały też malowidła na ścianach prezbiterium, nawiązujące do wydarzeń wojny polsko-bolszewckiej oraz do obrony Jasnej Góry^[6].

W latach 1929-1940 rektorem kościoła był ks. Jan Samolej^[9].

Podczas działań wojennych w 1939 Biłgoraj został zrujnowany, a parafialny kościół Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP uległ pożarowi. Kościół św. Jerzego nie odniósł wtedy znacznych strat. W związku ze zniszczeniami, które miały miejsce w głównej świątyni, niewielki kościół św. Jerzego stał się miejscem odprawiania nabożeństw dla całej parafii. Funkcję tę pełnił do 1940, kiedy okupacyjne władze niemieckie zadecydowały o odebraniu kościoła katolikom i o przekazaniu go ponownie w ręce prawosławnych^[8].

Druga cerkiew prawosławna (1940-1945)

Po raz drugi obiekt pełnił funkcję cerkwi prawosławnej w latach 1940-1945. Korzystali wówczas z niego m.in. Ukraińcy, którzy kolaborowali z okupacyjnymi władzami niemieckimi i byli przez te władze osiedlani w Biłgoraju. W 1945, po zakończeniu II wojny światowej, Biłgoraj stał się miastem jednolitym etnicznie, a świątynia po raz drugi znalazła się w rękach katolików.

Drugi kościół katolicki (od 1945)

Od 1945 kościół św. Jerzego ponownie pełnił funkcję kościoła rektoralnego dla parafii Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP w Biłgoraju. Ze względu na bezpośrednie sąsiedztwo kilku dużych placówek oświatowych szkolnych stał się świątynią gromadzącą w dużej mierze dzieci i młodzież szkolną^[8]; taki charakter kościół utrzymuje po dzień dzisiejszy.

W 1978 przeprowadzono renowację świątyni, podczas której odkryto fragmenty polichromii z XIX w. 3 czerwca 1984 obiekt stał się kościołem parafialnym dla nowo erygowanej parafii św. Jerzego^[8], powołanej do życia decyzją arcybiskupa lubelskiego ks. prof. Bolesława Pylaka. Pierwszym proboszczem został dotychczasowy rektor, ks. Marian Goral. Jego staraniem w latach 1984-1990 powstała obecna plebania, a w latach 1987-1989 do kościoła dobudowano boczne nawy. Inwestycja ta zmieniła charakter były budynku, a jednocześnie znacznie powiększyła jego powierzchnię^[10][8].

W 2004 ówczesny proboszcz, ks. Czesław Szuran, sprowadził do kościoła relikwie św. Faustyny Kowalskiej. W latach 2006-2007 odbył się gruntowny remont bocznych naw. W 2009, przy okazji 25-lecia istnienia parafii, do kościoła sprowadzono relikwie św. Andrzeja Boboli. W podziemiach kościoła wybudowano też kaplicę imienia tego świętego.

W latach 2008-2015 w biłgorajskiej dzielnicy Puszcza Solska powstała nowa cerkiew prawosławna, której nadano wezwanie św. Jerzego Zwycięzcy, nawiązujące do imienia dawnej cerkwi w obecnym kościele św. Jerzego.

W 2015 staraniem proboszcza, ks. Stanisława Budzyńskiego, odkryto malowidła na ścianach prezbiterium, nawiązujące do wydarzeń wojny polsko-bolszewickiej i zamalowane w latach 1940-1945^[6]. Z jego inicjatywy w 2018 rozpoczęła się też budowa nowego budynku dla domu parafialnego i księgarni katolickiej^[11].