W V Vw.p.n.e. król Dariusz I podbił Jonię. Grecja miała od tej pory nowego, potężnego sąsiada. Ateńczykom, ciężko było się pogodzić z niewolom tych miast. Wiedzieli, że Dariusz nie poprzestanie na Jonii i wkrótce zacznie zdobywać inne polis greckie. Kiedy w Jonii wybuchło powstanie przeciw Persom, Ateny udzieliły pomocy powstańcom.
W 490r.p.n.e. armia perska znalazła się w Attyce, niedaleko Aten. Pod miejscowością Maraton doszło do bitwy. Ateńczycy wraz ze swoimi sprzymierzeńcami utworzyli armię liczącą ok. 10000żołnierzy, natomiast armia przeciwnika była kilkakrotnie większa.
Persowie posiadali świetnych łuczników, Grecy nie posiadali ich, dlatego musieli zwyciężyć sposobem. Szybko przebyli równinę i zdołali dotrzeć do armii Miltiadesa, zanim strzały zdążyły ich bardzo poranić. Armia perska przegrała bitwę i ostatecznie poddała się. Wycofała się do Persji, aby lepiej przygotować kolejną wyprawę.
Król Dariusz zmarł w czasie przygotowań do następnej wyprawy. Zastąpił go Kserkses, który zebrał armię liczącą nawet 300000 wojowników. W 480r.p.n.e. wyruszył do Grecji drogą lądową, przeprawił się przez cieśniny czarnomorskie i zaatakował Grecję. W obliczu niebezpieczeństwa grecy zjednoczyli się i bronili swojej wolności. Jedyne przejście z Grecji północnej do środkowej stanowił wąwóz Termopile. Przez dwa dni toczyły się tam walki, grecy stawiali opór. Trzeciego dnia grecy przeszli ukrytą ścieżką na tyły armii greckiej. Większość greków wycofała się, pozostali jedynie Spartiaci, Tebanie i Tespijczycy. Wszyscy zginęli.
Po bitwie termopilskiej Kserkses pomaszerował w głąb Grecji. Za namową wodza ateńskiego Temistokles, postanowili szukać rozstrzygnięcia na morzu. Ateńczycy uciekli więc na Salaminę i widzieli dym podpalonego miasta. Za radą Temistoklesa, grecy zmierzyli się z Persami na morzu. Mieli mniejszą flotę, ale ich okręty były mniejsze i lżejsze. Ponadto pomogła im burza morska i mgła. Zniechęcony Kserkses wrócił do Persji pozostawiając armię lądową, która została ostatecznie pokonana w 479r.p.n.e. w pościgu za podbitymi Persami, udało im się wyzwolić Jonię. Jednocząc się Grecy obronili swoją niezależność.