Ze względu na podobne cechy morfologiczne i tryb życia protisty można podzielić na trzy grupy: pierwotniaki, glony, śluzorośla. Grupy te nie są jednak jednostkami systematycznymi.
Pierwotniaki
Są jednokomórkowymi organizmami heterotroficznymi. Komórka otoczona jest pellikulą o różnej grubości. Nie posiadają ściany komórkowej, choć niektóre mogą tworzyć na zewnątrz komórki pancerzyki utworzone z krzemionki, węglanu wapnia, a nawet z elementów celulozowych. Z reguły poruszają się aktywnie. Wyjątek stanowią niektóre pasożyty, które zatraciły zdolność ruchu.
Wiciowce heterotroficzne obejmują zarówno formy wolno żyjące glebowe oraz planktoniczne, jak i pasożytnicze. Należą do nich np. rzęsistki, świdrowce.
Rzęsistki – przedstawicielem jest rzęsistek pochwowy, powodujący stany zapalne dróg rodnych kobiet. Świdrowce – wiele z nich to pasożyty zwierząt i człowieka, wywołujące groźne choroby, np. świdrowiec gambijski, przenoszony przez muchę tse–tse, powoduje śpiączkę afrykańską.
Formy poruszające się za pomocą nibynóżek obejmują zarówno protisty wolno żyjące, jak i pasożytnicze. Należą do nich ameby, otwornice, promienice.
Ameby – żyją w wodzie i wilgotnych siedliskach oraz w innych organizmach. Groźnym pasożytem jest pełzak czerwonki, który wywołuje czerwonkę amebową.
Otwornice – są wolno żyjącymi organizmami morskimi. Wytwarzają wapienne pancerzyki.
Promienice– również występują w morzach i wytwarzają pancerzyki z krzemionki.
Orzęski żyją w różnorodnych siedliskach wodnych lub wilgotnych. Poruszają się za pomocą rzęsek. Ciało pokrywa pellikula. Posiadają dwa zróżnicowane jądra, tworzące aparat jądrowy /mikronukleus i makronukleus/. Nie rozmnażają się płciowo, ale występuje u nich wymiana materiału genetycznego, czyli koniugacja. Przedstawicielami orzęsków są takie drapieżniki, jak np. pantofelek, wirczyk, trąbik. U przeżuwaczy występują w żołądku orzęski symbiotyczne rozkładające celulozę.
Sporowce są pasożytami o uproszczonej budowie komórki. Ich cykle życiowe są często bardzo skomplikowane, połączone ze zmianą żywiciela. Groźnym pasożytem jest zarodziec malaryczny, wywołujący malarię. W jego skomplikowanym cyklu rozwojowym występuje przemiana pokoleń. Rozmnażanie płciowe zachodzi w organizmie komara widliszka.
Glony
Są grupą protistów autotroficznych, pierwotnie wodnych, o prostej budowie. Nie są ze sobą spokrewnione, ale stanowią grupę morfologiczno–ekologiczną. Występują w wodzie oraz różnych wilgotnych siedliskach. Należą do nich zarówno organizmy jednokomórkowe o zróżnicowanej formie ciała, jak i kolonijne oraz wielokomórkowe o budowie plechowatej.
Spośród glonów można wyróżnić kilka grup organizmów, o często nie ustalonej do końca randze systematycznej, a nawet przynależności do królestwa protistów.
Eugleniny – są organizmami jednokomórkowymi, poruszającymi się za pośrednictwem wici, w pobliżu której zlokalizowana jest plamka oczna. Otoczone są pellikulą. W ciemności przechodzą na heterotroficzny tryb życia. Znanym przedstawicielem jest euglena zielona.
Okrzemki – Są organizmami jednokomórkowymi. Ich komórki otacza ściana komórkowa silnie wysycona krzemionką. Posiadają dużo barwników ksantofilowych, które nadają im żółto–brązowe zabarwienie. Występują w morzach i wodach słodkich.
Brunatnice – są organizmami wielokomórkowymi, plechowatymi. Ściany komórkowe zbudowane są z celulozy i pektyny z dużą zawartością charakterystycznego dla nich kwasu alginowego. Barwnikami asymilacyjnymi jest chlorofil a oraz c maskowane brunatną fukoksantyną. U wielu brunatnic występuje przemiana pokoleń. Przedstawicielami brunatnic są np. morsztyn, listownica, wielkomorszcz.
Krasnorosty – są organizmami wielokomórkowymi. W ścianach komórkowych mogą zawierać węglan wapnia. W chloroplastach znajduje się chlorofil a oraz d, a także fikoerytryna i fikocyjanina, które maskują chlorofil, nadając krasnorostom czerwoną barwę. Zazwyczaj występuje u nich przemiana pokoleń. Przedstawicielami są np. rurecznica i widlik.
Zielenice są grupą bardzo zróżnicowaną pod względem budowy. Posiadają ścianę komórkową zbudowaną z celulozy i pektyn, chlorofil a oraz b i mało karotenoidów. Zazwyczaj występuje u nich przemiana pokoleń. Żyją głównie w wodach słodkich jako składnik fitoplanktonu i w wilgotnych siedliskach lądowych. Przedstawicielami są np. pierwotek, chlorella, zawłotnia, toczek, skrętnica, watka, uwikło.
Śluzorośla
Są grupą protistów zaliczaną dawniej do grzybów. Żyją w glebie lub w martwych pniach drzew.
Znaczenie protistów
| Znaczenie pierwotniaków | Znaczenie glonów |
| saprofy uczestniczą w rozkładzie materii organicznej, umożliwiając włączanie pierwiastków w obieg materii | są głównymi dostarczycielami tlenu do atmosfery i producentami materii organicznej |
| stanowią pokarm dla wielu zwierząt wodnych | |
| gatunki symbiotyczne w przewodzie pokarmowym przeżuwaczy rozkładają celulozę | niektóre glony jednokomórkowe współżyją z innymi organizmami, np. z grzybami w porostach lub z pierwotniakami |
| formy pasożytnicze są przyczyną wielu chorób roślin, zwierząt i człowieka | są wykorzystywane jako pokarm i pasza dla zwierząt /np. listownica/, dodatki do pokarmów /np. agar otrzymywany z krasnorostów jako środek żelujący /, do produkcji leków i środków leczniczych /np. morszczyn zawierających jod/, witamin z grupy B; służą do nawożenia gleby |
| saprofity biorą udział w samooczyszczaniu się zbiorników wodnych | podwodne glony wielokomórkowe tworzą siedliska dla wielu zwierząt wodnych |
| wiele glonów i pierwotniaków stanowi wskaźniki stopnia zanieczyszczenia wody | |
| otwornice, promienice i okrzemki w dawnych epokach geologicznych brały udział w tworzeniu skał osadowych, a np. krasnorosty /także dzisiaj/ w tworzeniu raf koralowych | |