Żyjące obecnie protisty mają bardzo zróżnicowaną organizację ciała. U jednokomórkowych występuje forma ameboidalna /pełzaka/, kokoidalna /nieruchliwej komórki/ lub wiciowcowa. Spotykane są także formy komórczakowe i kolonijne o różnych kształtach. Protisty wielokomórkowe mają ciało zbudowane z plechy. Wyróżnia się kilka rodzajów plechy. W budowie wewnętrznej plech tkankowych pojawia się zróżnicowanie funkcjonalne poszczególnych grup komórek, stanowiących zaczątki tkanek. Wiele protistów posiada komórki otoczone ścianą komórkową zbudowaną z celulozy, dodatkowo wysyconej innymi substancjami, przede wszystkim krzemionką i węglanem wapnia.