Mendel analizował także dziedziczenie dwóch par cech przeciwstawnych, np. odmiany grochu o nasionach żółtych i gładkich z odmianą o nasionach zielonych i pomarszczonych. Na podstawie przeprowadzonych doświadczeń stwierdził, że przy krzyżowaniu dwóch form różniących się więcej niż jedną parą cech, każda z cech dziedziczy się niezależnie od pozostałych.
II prawo Mendla, zwane prawem niezależnej segregacji alleli (współczesne brzmienie):
Allele różnych genów są rozdzielane do gamet niezależnie od siebie i w sposób całkowicie losowy, tworząc w nich wszystkie możliwe kombinacje (przy założeniu, że leżą na różnych chromosomach, czyli są niesprzężone).
Wybrane przez Mendla odmiany pochodziły z czystych linii. Ponadto Mendel stwierdził, że każda z badanych przez niego cech posiada formę dominującą i recesywną.
Mechanizm takiej krzyżówki dwugenowej oraz jej skutki ilościowe można przedstawić graficznie:
Należy pamiętać, że barwa i kształt nasion uwarunkowane są przez allele z dwóch różnych par, każda para może zawierać różne kombinacje genu dominującego i recesywnego.
Stąd, jeśli skrzyżuje się dwa osobniki homozygotyczne różniące się między sobą dwiema parami alleli, to wszystkie mieszańce pokolenia F1 będą heterozygotyczne pod względem dwóch badanych cech.
Powstała heterozygota wytworzy cztery różne typy gamet w jednakowych ilościach, a pokolenie F2 będzie składać się z 16 osobników o czterech różnych fenotypach, z których:
– 9 osobników posiada co najmniej jeden allel dominujący z każdej pary;
– 3 osobniki posiadają co najmniej jeden allel dominujący z pierwszej pary badanych alleli;
– 3 osobniki posiadają co najmniej jeden allel dominujący z drugiej pary alleli;
– 1 osobnik posiada wszystkie allele recesywne.
Zatem obie cechy uwarunkowane przez dwie pary alleli są dziedziczone niezależnie od siebie, a w pokoleniu F2 występują wszystkie możliwe kombinacje tych cech.