Polityka religijna

Później Maksymilian II przejawiał niewielkie zainteresowanie sporami religijnymi. Nie kontynuował kontrreformacyjnych działań ojca, ale z drugiej strony nie udzielał protestantom poparcia. Z czasem nabierał jednak sceptycyzmu względem reformacji i starał się hamować jej dalszy rozwój, mimo że nigdy nie posunął się do szerzej zakrojonych prześladowań. Tolerował inne wyznania dopóty, dopóki nie zagrażały one jego władzy i stabilności systemu politycznego. Wydał np. dekrety przeciw braciom czeskim, tradycyjnie nastawionym wrogo wobec Habsburgów.

Maksymilian II popierał też reformę Kościoła rzymskokatolickiego. Kiedy papież Pius IV i sobór trydencki wypowiedzieli się za celibatem księży i przeciw komunii pod obiema postaciami, cesarz zakazał publikowania uchwał soborowych (mimo że niemieccy katolicy przyjęli konstytucje soboru w 1566).

Szczególnie delikatna sytuacja w związku z podziałami religijnymi występowała w Rzeszy Niemieckiej. W 1566 na Sejmie Rzeszy w Augsburgu Maksymilian II zaatakował orędownika kalwinizmu palatyna reńskiego Fryderyka III Pobożnego, jednak w obliczu zdecydowanej opozycji książąt uznał faktycznie jego konfesję. Opracowane przez palatyna wyznanie wiary stało się podstawą dla Katechizmu Heidelberskiego wydanego w 1563. Nigdy jednak cesarz nie zgodził się na formalne rozszerzenie artykułów pokoju religijnego na kalwinizm. Opierał się również żądaniom luteranów dotyczącym zniesienia obowiązującego na mocy pokoju augsburskiego z 1555 roku reservatum ecclesiasticum, czyli reguły, według której po ewentualnym przejściu biskupa na protestantyzm jego ziemie pozostają w rękach Kościoła. Sprawa ta powracała systematycznie za panowania Maksymiliana.

W 1571 cesarz wydał „edykt asekuracyjny”, w którym zezwolił protestantom w Austrii na odprawianie nabożeństw w ich domach i prywatnych dobrach. W 1567 na żądanie czeskich luteranów anulował kompaktaty praskie, pochodzące jeszcze z czasów wojen husyckich. W 1575 przyrzekł sejmowi czeskiemu wydanie edyktu tolerancyjnego dla protestantów i utrakwistów (w zamian za co sejm czeski wybrał jego syna, Rudolfa, na króla), czego jednak nie zrealizował.

Wojna z Turkami

Bezskutecznie walczył z Turkami na Węgrzech, w 1566 stracił twierdzę Szigetvár. W 1568 r. zawarł ośmioletni rozejm z rządem sułtana Selima II, na mocy którego Habsburgowie mieli płacić Porcie Osmańskiej trybut.

W 1570 r. zawarł w Spirze, za polskim pośrednictwem, traktat z księciem Siedmiogrodu Janem Zygmuntem Zapolyą. Postanawiał on, że Habsburgowie zostaną dziedzicami Siedmiogrodu w razie bezpotomnej śmierci Jana Zygmunta. Tak się jednak nie stało: tron siedmiogrodzki przejął Stefan Batory. Próby popierania zbrojnych wystąpień przeciw władzy Batorego nie przyniosły Maksymilianowi II żadnych korzyści. Nie czując się na siłach, by walczyć z Turkami popierającymi Batorego, cesarz nie zdecydował się na otwartą wojnę przeciw niemu.

Sprawy niemieckie

Władcy niemieccy rozumieli, że walki Habsburgów z Imperium Osmańskim na Węgrzech to sprawa dotycząca także Niemiec. W 1566 roku Sejm Rzeszy w Augsburgu uchwalił podatki i wystawienie armii w celu obrony Cesarstwa przed Turkami. Książętom brakowało jednak konsekwencji, obawiali się wzrostu siły cesarza w Rzeszy. Kiedy w 1570 r. Maksymilian II zaproponował obradującemu w Spirze Sejmowi Rzeszy wzmocnienie obronności Cesarstwa, zwłaszcza wschodnich granic (co wiązało się właśnie z wojną z Turkami), Sejm zareagował uchwaleniem ustawy ograniczającej kompetencje cesarskie w sprawach wojskowych. Żadnych działań zmierzających do poprawy obronności Niemiec nie podjęto.

Starania o koronę polską

W 1573 r. kandydatem na tron polsko-litewski był arcyksiążę Ernest Habsburg, syn cesarza. W 1575 r., rywalizując ze Stefanem Batorym, Maksymilian II sam kandydował do korony Rzeczypospolitej. Po stronie Habsburga stanęli katoliccy magnaci polscy. 12 grudnia 1575 został ogłoszony przez prymasa Jakuba Uchańskiego królem Polski, lecz kandydatura jego przepadła niezaakceptowana przez rzeszę szlachecką.

Sam Maksymilian zresztą ociągał się z przyjęciem i zaprzysiężeniem przedstawionych mu pacta conventa, podpisał je dopiero 22 maja 1576 w Wiedniu. Tymczasem Batory, wybrany wraz z Anną Jagiellonką przez szlachtę przeciwną Habsburgom, ubiegł cesarza i dotarł szybciej do Krakowa. Pretensje do polskiej korony ostatecznie przekreśliła śmierć cesarza.