Małżeństwo

Napoleon, pragnąc by jego rodzeństwo, szczególnie bracia, zawierało małżeństwa z osobami ze starych rodów panujących, nie uznał małżeństwa Lucjana z Aleksandryną de Bleschamp i rodzina musiała się schronić przed jego niełaską w Rzymie pod opiekuńcze skrzydła papieża Piusa VII. Tam, w Italii, w czasie wędrówek w okolicach zamku rodzinnego w Canino koło Viterbo przyszły uczony zaczął interesować się przyrodą i szczególnie ornitologią.

Zenajda Bonaparte (około 1815)

29 czerwca 1822 Karol Lucjan poślubił w Brukseli kuzynkę Zenajdę Bonaparte (1801–1854), jedną z dwóch córek najstarszego z rodzeństwa Bonapartów Józefa, byłego króla Neapolu i Hiszpanii. Młoda para udała się do USA, gdzie już przebywał Józef Bonaparte. Od 1823 do 1826 Karol Lucjan był aktywnym członkiem Towarzystwa Naukowego w Filadelfii, w 1824 opublikował swój pierwszy artykuł z dziedziny ornitologii.

Praca

W latach 1825 do 1833 Bonaparte wydał w Filadelfii swą American Ornithology w czterech tomach, w 1826 dzieło Ornithology of North America. W tym samym roku powrócił z rodziną do Europy i osiedlił się w roku 1828 w Rzymie. W latach 1832–1841 opublikował swe dzieło o faunie włoskiej, Iconographia della Fauna Italica. Został w tych latach członkiem korespondentem Francuskiej Akademii Nauk (Institut de France), Królewskiej Akademii Nauk w Berlinie i uniwersytetu w szwedzkiej Uppsali.

Jako pierwszy dostrzegł możliwości, jakie przyniosła obniżka cen szkła i nowe rozwiązania konstrukcyjne w zakresie budowania oranżerii. W wybudowanej dużej szklarni uprawiał egzotyczne rośliny i zioła, a swoje zbiory sprzedawał aptekarzom^[1].

Nazwisko Bonapartego nadano wielu nowo odkrytym ptakom, m.in. Nothocercus bonapartei, Coeligena bonapartei i Gymnobucco bonapartei. Ornitologia zawdzięcza mu opis 181 gatunków ptaków.

W roku 1840 zmarł ojciec Lucjan i Karol Lucjan odziedziczył po nim papieski tytuł księcia Canino i Musignano oraz majątki, które wkrótce sprzedał włoskim książętom Torlonia, tracąc przy tym tytuły związane z tą ordynacją. Z Ameryki wyniósł poglądy demokratyczne; jako przekonany idealista wziął udział w powstaniu rzymskim przeciw władzy papieskiej w Państwie Kościelnym (1847–1849) i przyjął funkcję zastępcy prezydenta republikańskiego Zgromadzenia Ustawodawczego. Po interwencji wojsk francuskich i klęsce powstania udał się na emigrację do Lejdy i potem do Paryża. Od roku 1854 był dyrektorem paryskiego Ogrodu Botanicznego, Jardin des Plantes.

Dzieci

Z Zenaidą miał dwanaścioro dzieci, spośród których najbardziej wyróżnił się kardynał Napoleon Lucjan Bonaparte.

Ostatni okres życia

Po śmierci żony Karol Lucjan przyjął na parę lat przed śmiercią święcenia kapłańskie.